Все это происходило в последние месяцы 585 года, а в начале следующего Фредегонда посетила Руан.
Там ей довелось снова встретиться с епископом Протекстатом, возвращение которого из ссылки казалось ей вызовом ее могуществу Протекстат к тому времени с одобрения жителей города был восстановлен на епископском престоле Руана. Вероятно, она ожидала найти его робким и униженным. Но Протекстат вместо того, чтобы проявить к королеве почтительное внимание, повел себя с ней надменно. Не сдержав ненависти и досады, Фредегонда во всеуслышанье заявила ему в лицо: «Этот человек должен знать, что он снова может вернуться в ссылку». Протекстат отвечал ей: «Как в ссылке, так и вне оной я не переставал быть епископом и всегда им буду; но можешь ли ты сказать, что всегда будешь пользоваться королевской властью? Из далекого изгнания, если бы я и вернулся туда, Бог призовет меня в Царство небесное, а ты, из твоего земного царства, будешь низвергнута в адские бездны. Пора бы тебе оставить ныне все твои безумства и злодеяния и идти по лучшей дороге, дабы заслужить жизнь вечную и взрастить ребенка, рожденного тобою». Речь епископа только разъярила Фредегонду, но, не выказав прилюдно своих чувств, она удалилась готовить мщение в уединении своего жилища.
Ей пришло в голову отыскать между рабами человека, которого можно было бы склонить к преступлению обещанием свободы ему и его семье. Такой человек нашелся ради свободы он согласился совершить двойное преступление: убийство и святотатство. В виде поощрения он получил двести золотых монет, убийство было назначено на воскресенье 24 февраля 586 года. В этот день руанский епископ рано отправился в церковь. Во время службы, когда Протекстат простерся ниц для молитвы и не мог видеть, что происходит вокруг, убийца приблизился к нему сзади и, выхватив нож, висевший на поясе, поразил его. Епископ вскрикнул, но помощь подоспела не сразу, и убийца успел скрыться.
Узнав о происшедшем, Фредегонда захотела насладиться зрелищем смерти своего врага и поспешила в дом епископа. Протекстат умирал, но сохранял еще сознание и память. Королева, скрывая свою радость и приняв сострадательный вид, сказала умирающему с царственным достоинством: «Прискорбно, святой епископ, и нам и всему твоему народу, что такое бедствие постигло твою особу. Дай Бог, чтобы нам указали того, кто дерзнул совершить такое ужасное дело, дабы воздать ему казнью, соразмерной с его преступлением». Епископ, подозрения которого с появлением королевы превратились в уверенность, отвечал ей: «А чья рука нанесла этот удар, как не та, которая умерщвляла царей, так часто проливала кровь невинных и причинила столько бед королевству». Королева не выказала ни малейшего смущения и продолжала самым спокойным и ласковым голосом: «У нас есть искусные врачи, которые могут излечить эту рану, позволь им посетить тебя». Терпение епископа лопнуло, и в порыве негодования, истощившем его последние силы, Протекстат сказал: «Я чувствую, что Богу угодно призвать меня к себе, но ты, замыслившая и устроившая покушение, лишившее меня жизни, ты будешь во веки веков предметом омерзения, и небесное правосудие отомстит кровь мою на главе твоей». Фредегонда удалилась, не сказав ни слова, и через несколько минут Протекстат испустил последний вздох.
В довершение ко всему, королева приказала схватить и привести к себе раба-убийцу. «Так это ты, сказала она ему с притворным негодованием, заколол Протекстата, руанского епископа, и породил клевету, которую обо мне распространяют?» Потом она приказала подвергнуть его пытке и выдала родственникам епископа. Племянник покойного епископа подвергнул раба новым пыткам, вынудившим убийцу признаться: «Я нанес удар и для того получил сто золотых солидов от королевы Фредегонды, еще сто от ее соучастников; мне обещали, сверх того, отпустить на волю вместе с семьей». Впрочем, эти показания не имели последствий для Фредегонды. Племянник Протекстата, не решившийся бросить вызов королеве, покончил все дело способом, характерным для того времени, обнажил меч и изрубил раба-убийцу на куски.
До самой старости Фредегонда не отказывалась от любовных приключений, но не забывала и об упрочении королевского престола своего сына Хлотаря, все удлиняя кровавый список жертв. Умерла она королевой в своем дворце. Ее похоронили рядом с супругом (гримаса истории!) в парижской церкви Св. Германа, и надгробие Фредегонды одно из древнейших средневековых погребальных камней Франции.
Искусная мозаика изображает Фредегонду в царском одеянии, с покрывалом на голове в знак вдовства.
Сын Фредегонды Хлотарь в 613 году объединил Ней-стрию, Австразию и Бургундию в единое государство под своей властью. Вельможи Австразии выдали ему Брунгильду (ей тогда было 66 лет ), пытавшуюся ограничить их власть. Хлотарь вменил Брунгильде в вину гибель десяти франкских королей и приказал в течение трех дней пытать ее. Затем перед лицом всего войска ее привязали за волосы, руку и ногу к хвосту не укрощенного коня. «Так от камней и быстроты бега коня она была разорвана на части», записал средневековый хронист Фредегарий.