На основе своего системного представления о структуре мироздания Сведенборг пытался создать универсальную картину природы, в которой объекты разных масштабов объединялись бы в общую цепь. Она охватывала объекты всех мыслимых в природе масштабов от мельчайших частиц до грандиозных космических систем. Сведенборг, по-видимому, первым высказал идею космической иерархии существования сложных систем высших порядков, элементами которых являются целые млечные пути, и т. д.
Сведенборг выдвинул также молекулярную теорию, развивал теорию космических атомов, основал науку кристаллографии, изобрел слуховой рожок для глухих, создал проекты пулемета, подводной лодки и летательного аппарата и др.
Впоследствии в качестве побочного результата исследования местоположения человеческой души и доказательства ее бессмертия разработал современную теорию атомной структуры материи.
Сведенборг первым выделил ряд функций коры головного мозга, а также функцию дыхательного движения в тканях мозга. Эти открытия впоследствии указали путь для развития нервной и сенсорной физиологии. Современная медицина отдает должное его гениальным догадкам о функциях и значении желез внутренней секреции и особенно гипофиза для жизнедеятельности человека.
За что бы ни брался Сведенборг, он отличался универсальными способностями и воображением, сочетающимся с тщательным подходом к делу
и практичностью. Его обязанности, как человека и гражданина, всегда были для него предметом самого добросовестного исполнения.
Научная стезя. Первым научным трудом Сведенборга в 1709 г. была его академическая диссертация на степень доктора философии, имевшая предметом изречения римских философов сентенции Сенеки и Публия Сирийца (Мима) с примечаниями Эразма и греческим переводом Скалигера. Вернувшись из путешествия в Англию, Голландию и Францию, он издал два сборника стихотворений (в 1714 и в 1715 гг.). По квалификации Соловьёва, «не обладая поэтическим вдохновением, он писал правильными и изящными латинскими стихами».
В 1716 г. он предпринял периодическое издание своих и чужих исследований и статей по естественным наукам «Daedalus hypcrborcus» («Дедал Гипербореец», в 6 т). Этот журнал Сведенборг на протяжении двух лет публиковал за свой счет. Всего вышло 6 номеров, куда вошли сообщения о механико-математических проектах Сведенборга и «его учителя [Г. Польгема]» (16611759). (Именно обратив внимание на этот журнал, король Карл XII и призвал Сведенборга ко двору.)
Физические и математические опыты, а также содержащиеся в журнале работы по механике и изобретательству принесли Сведенборгу известность в научных кругах. Его же «Алгебра» (1718) была в Швеции первым трудом по этому предмету. Первая из серии значительных философских работ Сведенборга «Принципы химии» была издана в 1720 г. В ней он начал развивать теорию, по которой все в природе поддавалось объяснению в терминах математики.
В 1722 г. была осуществлена публикация «Разнообразных наблюдений» Сведенборга. Со временем Сведенборг со всевозрастающей силой стал интересоваться вопросами философии. В первом томе трехтомных «Трудов по философии и минералогии» (1734) он изложил свои основные выводы в сфере космологии, выдвинув теорию происхождения материи от «исходной точки», побужденной к действию и развитию Божественным импульсом. Во втором томе идет речь о железе и стали, в третьем о меди и бронзе. При этом Сведенборг не только анализирует технологию изготовления и употребления этих металлов, но и приходит к определенным выводам о происхождении и развитии Вселенной. Его не устраивало чисто материалистическое ее объяснение. Он исходил из того, что Божественная сила первопричина всей материи. На эту тему Сведенборг написал книгу «Философский трактат о бесконечном и первопричине творения, а также о механизме работы души и тела».
В 1734 г. он, в частности, стал почетным членом Петербургской академии наук. (Намного позже, в 1763 г Парижская академия наук опубликовала его трактат о железе на французском языке, напечатав в своем «Описании искусств и ремесел», что эта работа в данной области признается лучшей.)
В 1736 г. Сведенборг издает текст «Principia», в котором рассуждает об элементах мира, используя довольно непривычные суждения. Так, например, о сотворении Адама он говорит примерно следующее: « росло дерево жизни. Это дерево было выражением всего совершеннейшего, и потому все остальные деревья его защищали, охраняли и ублажали. На этом дереве появился плод в виде яйца. Из этого-то яйца и появился Адам». Не менее фантастично также аналогичное повествование о творении Евы. В это же время является его сочинение о «бесконечном», где рассматривается цепь мироздания и соотношение между душою и телом. Постепенно в этот период творчества в своих сочинениях он поднимается выше и выше от железа и камня к телу и крови, чтобы затем перейти к душе, духу и Высшему Существу.
В 1736 г. Сведенборг снова предпринимает путешествие в Голландию, Бельгию, Францию и Италию, во время которого усиленно занимается физиологией и особенно анатомией. Результаты своих трудов он излагает в двухтомном сочинении о строении животного царства (1741). В 1744 г. он издает (в Гааге и Лондоне) три тома другого сочинения о животном царстве, сохранившего свое значение и через 100 лет, когда один из ученых членов Лондонского медицинского общества издал его английский перевод. В обоих биологических сочинениях Сведенборг не касается систематики и описания животных; к зоологии в общепринятом смысле они вовсе не относятся. Сведенборг берет животное царство или зоологическую ступень мироздания в ее высшем и нормальном представителе человеке, и предмет этих двух его сочинений может быть точно обозначен как морфология и механическая физиология человеческого организма.