Лишившись сначала отца, а затем и матери, 11-летний Алик Зайцев был отдан под опеку тетке Марии Борисовне, но жил с бабушкой Агатой, матерью отца. Когда началась война, они не смогли сразу эвакуироваться и провели в Ленинграде первый, самый страшный год блокады. Бабушка, отдававшая ему свой хлеб, умерла от голода зимой 1941-42 гг. Летом 1942 г. Алик с тетей были эвакуированы в Казахстан, откуда перебрались к родственникам в Уфу. Здесь А. И. закончил на «отлично» школу и сдал экзамены в Ленинградский университет, утаив в анкете, что он сын «врагов народа».
19-летний Александр Зайцев поступил на кафедру классической филологии сложившимся человеком, знавшим античность гораздо лучше многих выпускников университета. Ярким свидетельством о Зайцеве-студенте служат записки О. М. Фрейденберг, в те годы заведовавшей кафедрой, которая, как и другие преподаватели, увидела в нем незаурядную личность.
«У меня был студент Зайцев, совершенно исключительный мальчик. Знания его были феноменальны. Глубоко, по-настоящему образованный, он знал всю научную литературу на всех языках в области античности, Древнего Востока, всей основной культуры. Но его душой была философия, которую он возвел в примат свой жизни, Платон был его идеалом. Выдержать теоретического спора с ним не мог ни один профессор. Этот прозрачно-бледный юноша, в очках, с прямым взглядом, на каких-то слабых, спичкообразных ногах, в допотопном сюртуке, выделялся одним своим видом. Черты его характера поражали: он был «несгибаем», абсолютно упорен в поисках своего идеала, честен и прям до суровости, высок помыслами, необыкновенно чист. Если Зайцев окончил школу и дошел до III курса Университета, то лишь благодаря своим феноменальным знаниям, способностям и торжествующей моральной силе, которая чудесно проводила его сквозь советский жизненный застенок.Я перевела его со II курса на III. В три дня он сдал на пять все недостающие предметы. Занятия, которые я проводила на III курсе, стали для меня очень интересны. Моральный облик юноши восхищал меня и отвечал мне больше, чем его научная мысль, значительно чуждая моей умственной душе. Ригоризм, маниакальность, непримиримость, чрезмерная дискурсивность суждений этого я органически не выносила.
В то же время занятия с Зайцевым держали меня в таком напряжении, что я буквально обливалась холодным потом. Он спорил, задавал убийственные вопросы, не устрашался отстаивать идеализм и показывать гносеологическую несостоятельность материализма, который знал лучше всех наших «диаматчиков». Но ведь отвечать ему на прямо поставленные вопросы я не могла! Из десяти студентов 4-5 обязательно были осведомителями.
Зайцева пронизывала любовь к ученью и к знанию. Он ел в жалкой студенческой харчевне, но забывал о еде, просиживая в библиотеках или посещая различные лекции, которые его интересовали. В любой стране мира такого мальчика выдвигали бы и гордились им. Из него вышел бы крупнейший ученый. Однажды, по сдаче экзамена на пять, Зайцев исчез. Его бросили в тюрьму».
воспоминаниям соучеников А. И., он особенно не скрывал своих взглядов ни в беседах с товарищами, ни на семинарах по истории партии. То, что человек, не боявшийся называть Сталина «людоедом», сумел проучиться в университете три семестра, можно считать чудом. Арестованный 21 января 1947 г. в студенческом общежитии на ул. Добролюбова по обвинению в антисоветской агитации (статья 58-10 УК), он, по решению Ленгорсуда в сентябре того же года, был отправлен не в лагерь, а в печально знаменитую Казанскую тюремно-психиатрическую больницу МГБ.
Вспоминать о Казанской ТПБ А. И. не любил даже в семье. Если и говорил, то о том, что много читал, совершенствовался в немецком языке, в том числе и с сидевшими там фашистами, встречался с интересными людьми. Несмотря на все превратности судьбы, о пребывании А. И. в Казани сохранилось любопытное письменное свидетельство. Оно принадлежит Владимиру Гусарову, сыну первого секретаря ЦК КП Белоруссии, оказавшемуся, тем не менее, на тюремно-психиатрических нарах:
«В Перми у нас в доме неделю гостил вице-президент Академии наук СССР И. П. Бардин. Может быть, я и ошибаюсь, но думается, что он бледно бы выглядел, если бы свести его с Александром Иосифовичем Зайцевым. Хотя в Казани содержалось немало интеллектуалов, авторов солидных трудов, но другого такого, как Зайцев, не было. Физики, химики, врачи, инженеры спрашивали его мнения, будто он являлся специалистом именно в их области. На каком бы языке к нему ни обратились, он тут же безо всякого затруднения отвечал, не прекращая своего бесконечного хождения по кругу».
Проведя в заключении более семи лет, А. И. был освобожден весной 1954 г. и в том же году восстановился в университете. По возвращении в Ленинград он навещал О. М. Фрейденберг, к тому времени уже отстраненную от работы, хотя это общение и не смягчило фундаментальные различия в их подходе к науке. Много позже, участвуя в обсуждении творчества Фрейденберг на заседании СНО кафедры античности истфака (1979 г.), А. И. говорил: