Какую цель преследовали Махин и Герман, следуя в Москву, мне не было известно, тем более что оба они были сторонниками Временного правительства и могли быть каждую минуту там арестованными. В мае месяце я получил весть от Махина, извещавшего, что он поступил на службу в Красную армию и приглашал меня делать то же. Зная политические убеждения Махина, бывшего социалистом-революционером, его поступок был для меня необъяснимым» .
Махин состоял в специальной военной комиссии ПСР . В 1918 г. он по приказу ЦК партии поступил на службу в Красную армию . Как впоследствии вспоминал Г.И. Семенов (Васильев), некоторое время возглавлявший в ПСР красноармейский отдел, «мы сосредотачивали особое внимание на работе в красноармейских частях: на вливании в формирующиеся части возможно большого количества наших людей, подборе нашего командного состава для этих частей и создании наших ячеек» . Таким путем подполковник Махин оказался в рядах Красной армии, где вскоре достиг высоких постов.
На судебном процессе эсеров в 1922 г. Семенов (Васильев) показал: «У нас была связь со штабом Красной армии через посланного нами туда помощника [К.А.] Мехоношина. При его посредстве мы проводили на ответственные командные посты своих людей. Начальником штаба красноармейской пехотной дивизии был назначен поручик эсер Тесленко, через последнего командирами двух полков этой дивизии эсеры. Командиром артиллерийской бригады эсер полковник Карпов, который подбирал в бригаду эсеровских людей; командиром одной из бригадных батарей эсер Блюменталь, эсер прапорщик Прокофьев зав[едующим] хозяйственной частью, эсер Попов работал в канцелярии бригады. Командир химического батальона, меньшевик, был назначен на ответственный пост в Главное артиллерийское управление» .
Практически о том же свидетельствовал член военной комиссии ЦК ПСР И.С. Дашевский: «Мы считали необходимым принять активное участие в ее (Красной армии. А.Г.) формировании, как по соображениям иметь в частях и на командных постах преданных нам людей, так и потому, что в случае близкого, как нам казалось, свержения власти большевиков Красная армия оказалась бы единственным зародышем организованной военной силы для обороны государства» .
Газета «Народовластие», издававшаяся в Хвалынске, в июле 1918 г. в посвященном Махину панегирике отметила, что «в качестве специалиста военного дела он был привлечен к работе в военной секции при Центральном Комитете партии соц[иалистов]-революционеров. Благодаря участию этого человека с законченным военным образованием и богатым опытом войны, секции удалось наметить план работы и создать необходимые центры, связанные с партией» . Похожие сведения были напечатаны и в самарском «Городском вестнике»: «Ф.Е. Махин много работал в военной секции при Ц.К. партии с.-р. Благодаря его участию в этой работе удалось безболезненное освобождение Уфы от большевизма» .
Подробнее роль Махина осветил член ЦК ПСР М.А. Веденяпин: «Восьмым советом партии с.р. было принято, что основными задачами партии являются борьба за восстановление независимости России и возрождение ее национального государственного единства на основе разрешения социально-политических задач, выдвинутых Февральской революцией, и что главнейшим препятствием к осуществлению этих стремлений является большевистская власть.
Поэтому ликвидация ее составляет очередную и неотложную задачу. Для проведения в жизнь этого постановления военной секции Центрального комитета партии с.-р. пришлось вести методическую и всестороннюю конспиративную работу для свержения советской власти. В число работников секции в качестве военного специалиста вошел бывший председатель бюро партии с.-р. 3-й стр[елковой] дивизии, начальник штаба этой дивизии, Генерального штаба подполковник Феодор Евдокимович Махин.
Благодаря его участию как человека с законченным военным образованием и богатым опытом войны, военной секции удалось наметить план правильной организационной работы и создать необходимые центры, связанные с партией, при некоторых большевистских военных учреждениях. Это обстоятельство позволяло быть в курсе военно-организационных и оперативных предположений самозваных вершителей судеб России» .