17 февраля Бонапарт с дивизией Боннэ подошел к Эль-Аришу, куда за день до этого прибыл Клебер. Генерал Ланн, который принял командование дивизией Виаля, присоединился к ним на следующий день. 20 февраля после упорного сопротивления Эль-Ариш сдался.
21 февраля войска продолжили свое движение, однако дивизия Клебера, которая шла в авангарде, сбилась с пути, но все же смогла догнать основные силы еще до того, как они подошли к Газе. 24 февраля город был взят без сопротивления. Французская армия, учинив грабежи, оставалась в нем в течение четырех дней, а затем пошла дальше. Первого марта французы остановились в Эр-Рамие, между Яффой и Вифлеемом, в котором остались христиане мусульмане покинули город. Выступив через двое суток, французы в тот же день подошли к Яффе.
4 марта начались приготовления к штурму города. Несмотря на проломы, которые французам удалось проделать в стенах, гарнизон не принял условий сдачи, и 7 марта в 2 часа дня город был взят штурмом. Взятие Яффы закончилось ужасной резней и грабежами, что было одним из крайних проявлений жестокости за всю кампанию. 8 марта Бонапарт послал в город Эжена Богарне и Круазье, чтобы определить, можно ли восстановить там хоть какой-то порядок. Они возвратились с тысячей пленных, которых уверяли в том, что их обменяют, однако по какой-то неизвестной причине, то ли из-за недостатка продовольствия, то ли из опасения того, что они вновь возьмут в руки оружие, то ли из-за желания произвести впечатление на гарнизон Акры, но Бонапарт всех их казнил.
Именно в это время среди французов началась бубонная чума. Тем не менее армия продолжила свой путь к Сен-Жан-дАкр (или просто Акр) и захватила порт Хайфа в южной части залива Акр. Французский осадный парк прибыл морем через два дня и был разгружен в течение следующего дня. Вместе с ним высадились 4000 человек пехоты, недавно прибывшей из Франции. По пути в Палестину французская эскадра захватила в плен британского коммодора сэра Сиднея Смита, уничтожив два его корабля. (Сэр Сидней командовал небольшой эскадрой, в состав которой входили лишь пять кораблей. Перед ним была поставлена задача вступить в дипломатические переговоры с Турцией. Захват коммодора и потеря двух кораблей вынудили оставшиеся три корабля прекратить выполнение задачи и сделать попытку прорыва в относительно безопасный Гибралтар.)
Стены Акры, одного из городов, возведенных крестоносцами, хотя и нуждались в ремонте, однако были еще достаточно прочными. Они выделялись на фоне полуострова, который на две трети был окружен водой, а над стенами горделиво возвышалось несколько башен. Общая длина стен города составляла приблизительно тысячу ярдов, а население от 10 до 12 000 человек. Однако обороне города не уделялось должного внимания, и французский флот сумел блокировать город.
Осада продолжалась тридцать четыре дня. Отчаянная попытка турок помочь защитникам города закончилась поражением, которое 16 апреля на горе Табор нанес противнику генерал Клебер. Через два дня взятые в плен турецкие военачальники были отправлены с белым флагом к воротам Акры, чтобы убедить его защитников в том, что их положение безнадежно, и в том, что в случае сдачи их не постигнет участь защитников Яффы. Победил здравый смысл и инстинкт самосохранения город капитулировал на следующий день. По совпадению за день до этого французам удалось сделать пролом в стене. В результате капитуляции падение Акры не сопровождалось такими жестокостями, какие имели место в Яффе. Напротив, с населением обошлись мягко, и представители города вошли в состав новой местной администрации.
Сопротивление теперь стало раздробленным, и в лагерь французов прибыла делегация сирийских вождей и шейхов, чтобы заключить мир. Через пять дней после падения Акры Бонапарт совершил триумфальный въезд в Дамаск. Дорога была усыпана пальмовыми ветвями, вдоль улиц стояли толпы людей,
которые бросали цветы. Молодому генералу были преподнесены в дар драгоценности, которые он и принял. После этого Бонапарт приступил к реформам государственного устройства страны. Он назначил новую администрацию, ввел новые законы, поощрял торговлю и убеждал население в том, что система налогообложения не нанесет ущерба экономике.
Многое было заимствовано из опыта Каира. Члены Каирского Института были доставлены морем и приступили к созданию аналогичного института в Сирии. Бонапарт ездил в Иерусалим, чтобы там направить деятельность института. Тем временем были заключены контракты на ремонт фортификационных сооружений главных городов, а из местного населения были сформированы полки, которые должны были оказать французам помощь, неся гарнизонную и полицейскую службу, Были разработаны планы строительства целого ряда фортов, расположенных в стратегически важных пунктах дороги, ведущей в Каир. Кроме того, были сформированы конные и пешие полки из арабов. Они были созданы и обучены по образцу французской армии и впоследствии вошли в состав той ее части, которая была отправлена для оказания помощи индийским князьям в их борьбе против британцев.
Именно в Дамаске Бонапарт познакомился с Ясмини дочерью одного из местных принцев. Эта прекрасная юная девушка вместе со свитой Бонапарта сопровождала его во всех поездках по стране, и он был страстно увлечен ею. Однако перед отъездом из Дамаска он навсегда распрощался с Ясмини, которая через семь месяцев родила сына. Бонапарт официально так и не признал мальчика в качестве своего отпрыска, но все же оказал Ясмини весьма щедрое благоволение. Когда мальчик вырос, он стал губернатором Французской Сирии, и многие называли его Али Бонапартом.