В период службы в Каспийской военной флотилии (ноябрь 1918 года май 1919 года) Колбасьев был командиром миноносца «Прыткий». Несмотря на своё название, этот корабль под управлением молодого командира не прошёл ни одной мили: очевидно, он простаивал из-за зимы.
В мае 1919 года Сергей Колбасьев был переведен на Балтийский флот, где стал служить в должности артиллериста миноносца «Украина». Этот корабль в основном находился в резерве и базировался в Шлиссельбурге, на Ладожском озере. В начале сентября 1919 года приказом начальника базы и коменданта штаба крепости Шлиссельбург Колбасьев был назначен временно исполняющим должность артиллериста 2-го дивизиона сторожевых судов.
Однако вскоре Сергея перевели к новому месту службы вахтенным начальником и ротным командиром на линкор «Петропавловск». Фактически же он исполнял обязанности плутонгового, а впоследствии башенного командира на этом линкоре, стоявшем в Кронштадте.
Зима 1919/1920 гг. оказалась для военного моряка Колбасьева весьма тяжелой. В феврале Сергей перенес «тяжелую форму инфлюэнцы, осложнившуюся невралгией лицевого нерва». В конце апреля его освидетельствовала медицинская комиссия, которая пришла к заключению, что по состоянию здоровья Колбасьев «подлежит переводу для службы на Юг России».
25 апреля 1920 г. Сергей был откомандирован в распоряжение начальника Морских Сил Черного моря и получил назначение на должность начальника 2-го дивизиона канонерских лодок Азовской флотилии, которые были переоборудованы из ледоколов, паровых шхун («ростовских барж») и землеотвозных шаланд.
Поскольку белые на Азовском море действовали активно, то лето для Колбасьева и его боевых товарищей выдалось горячим.
С сентября 1920 года начался штабной период в службе Сергея Колбасьева. Сначала он был флаг-секретарем по оперативной части в штабе Азовской флотилии (с октября в штабе базы Азовского моря), а после окончания боевых действий в Крыму начальником оперативной части штаба действующего отряда Черного моря. С апреля по июнь 1921 года Колбасьев по совместительству исполнял обязанности еще и начальника
дивизиона истребителей. Затем он был откомандирован на Балтийский флот. С августа 1921 года Колбасьев стал начальником группы строящихся тральщиков типа «Демосфен» в Петрограде.
Еще находясь в Крыму, Сергей Колбасьев познакомился с поэтом Н.С. Гумилевым, и эта встреча повлияла на его дальнейшую жизнь. Склонность к литературе Сергей Колбасьев обнаружил еще в период обучения в Морском корпусе. В Центральном военно-морском музее хранится заветная тетрадь с черновиками его первых рассказов. Писал он и стихи.
В Петрограде Гумилев привел Колбасьева в Дом искусств (Невский пр., 15), и Колбасьев был принят в Петроградское отделение Всероссийского союза поэтов. В Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга хранится членский билет Колбасьева 79, подписанный Гумилевым (в августе 1921 года он был расстрелян за контрреволюционную деятельность).
Вместе с Николаем Тихоновым Сергей Колбасьев стали инициаторами создания поэтической группы «Островитяне» (туда входили также К.К. Вагинов (Вагенгейм) и П.Н. Волков).
В конце 1921 года Колбасьев закончил работу над поэмой «Открытое море», которая увидела свет в начале 1922 года. Первые успехи на литературном поприще окрылили Сергея. Ради продолжения творческой деятельности он решил «сменить штык на перо» оставить военную службу, ставшую после окончания Гражданской войны достаточно рутинной. В декабре 1921 года, будучи в отпуске, он отправился в Москву, где, вероятно, встречался с наркомом просвещения А.В. Луначарским и сумел убедить его в целесообразности своих творческих занятий. В то же время невозможность дальнейшего прохождения службы на флоте подтверждалась удостоверением, выданным доктором медицины П.М. Нечаевым. В нём, в частности, отмечалось, что «Колбасьев Сергей Адамович, 23-х лет, страдает хроническою маляриею... и расширением сердца... а также полным расстройством нервной системы... мигренями, бессонницею...».
28 декабря 1921 г. Луначарский обратился к помощнику Главнокомандующего Вооруженными Силами Республики по морским делам Э.С. Панцержанскому с просьбой откомандировать Сергея Колбасьева с морской службы для работы в издательстве «Всемирная литература», состоящем в ведении Наркомпроса (ранее главным редактором переводов французских и английских поэтов в этом издательстве был Гумилёв). 2 января 1922 г. Панцержанский удовлетворил просьбу Луначарского. Таким образом, судьба Колбасьева была решена.
Однако вскоре выяснилось, что литературный труд не мог обеспечить хлебом насущным Сергея Колбасьева, женившегося весной 1922 года на Вере Петровне Семеновой (19011976). По протекции отца Ларисы Рейснер, профессора И.М. Рейснера, он в феврале 1923 г. был зачислен на службу в Народный комиссариат иностранных дел. До августа того же года Колбасьев работал переводчиком в полпредстве РСФСР в Афганистане, откуда из-за ссоры с полпредом Ф. Ф. Раскольниковым вынужден был уехать.
В 19231926 гг. Колбасьев работал в полпредстве в Финляндии, затем до марта 1928 г. в торгпредстве в Финляндии: переводчиком и товароведом. Там у него был роман с молодой девушкой-шведкой. Вернувшись в Ленинград, Сергей Адамович расстался с женой, но дочь оставил при себе.