В 1944 г. дипломатов, внёсших значительный личный вклад, а достижений у них было немало, Наркомат иностранных дел предлагает отметить высокими государственными наградами, А.С. Панюшкина орденом Боевого Красного Знамени. Списки подали И.В. Сталину и он, зачеркнув это предложение, написал: «Орденом Ленина». В Указе Президиума Верховного Совета СССР указано, что награждение произведено за выдающиеся заслуги перед советским государством и успешное выполнение заданий Правительства.
Следующий этап советско-китайского сотрудничества был связан с непосредственной подготовкой и осуществлением вступления СССР в войну с Японией, но А.С. Панюшкин участвовал в нем уже из Москвы.
Колоссальные информационные потоки, физическое напряжение и интенсивные поездки по стране, ни с чем не сравнимые каждодневные эмоциональные и психологические нагрузки на протяжении почти 5ти лет, неблагоприятные климатические и санитарные условия привели к рецидиву старого заболевания, на которое наложились новые болячки. Но ситуация была еще хуже Среди иностранного дипломатического корпуса распространялись слухи о возможном отравлении советского посла, особенно с учетом исторических особенностей и китайского менталитета, оставался единственный вопрос кто мог на такое пойти? В середине мая 1944 г. Александр Семенович вместе с семьей едет в Москву, где проходит полное обследование и длительное лечение. Несмотря на то, что молодой организм успешно поборол недуг, врачи запрещают ему продолжить работу в Китае.
Официально А.С. Панюшкин с 28 августа 1939 г. выполнял функции полномочного представителя СССР, а с 16 февраля 1943 г. в ранге Чрезвычайного и Полномочного посла Советского Союза, до 3 апреля 1945 г.
Один из ветеранов внешней разведки, работающий в самом начале своего профессионального пути в чунцинской резидентуре с Александром Семеновичем, позже вспоминал, что Панюшкин был энергичным, обаятельным человеком, требовательный к себе и другим. Простота, скромность, принципиальность, чуткость и внимательность к людям, особенно к начинающим сотрудникам, снискали ему большое уважение коллектива советской колонии.
Невзирая на незавершенное лечение, уже в сентябре 1944 г. Панюшкина приглашают на беседу в Центральный комитет партии и информируют о его назначении 1м заместителем заведующего отделом международной информации ЦК ВКП(б). Руководил отделом сам Георгий Димитров, бывший председатель исполкома Коминтерна. Отдел координировал деятельность международного коммунистического движения и поддерживал связи, в том числе конспиративные, с иностранными компартиями и национальными (рабочими) движениями. В декабре 1945 г. решением Политбюро вместо отдела международной информации создан отдел внешней политики, во главе с М.А. Сусловым, задачей которого была подготовка и проверка кадров по внешним сношениям, связи с компартиями за границей и другими рабочими организациями. Помимо общих вопросов отдела А.С. Панюшкин, сохранив свои позиции, непосредственно курирует Китай, Югославию, а по отдельным вопросам Германию. Становится незаменимым помощником Суслова, не имевшего опыта работы в сфере международного коммунистического движения, внешнеполитической деятельности и информации.
С приходом Суслова отдел заметно расширил свои функции, ему
предоставили право расстановки кадров, в том числе в МИД СССР, появился новый аспект деятельности «оперативная работа», предусматривающая наблюдение за методами пропаганды, изучение кадров в советских организациях за рубежом и др., руководство получило право знакомиться с материалами дипломатов и разведчиков: отчетами, докладами, шифрограммами послов и резидентов и т. д.
Комиссия отдела, ряд исследователей указывают на ее руководство А.С. Панюшкиным, проводила проверки деятельности антифашистских организаций, в том числе, Еврейского антифашистского комитета.
5 апреля 1945 г. Москва заявила о денонсации советско-японского пакта о ненападении. Сталин полагал, что потребуется полтора месяца, чтобы нанести «смертельный удар» Японии. Для этого у границ Северо-Восточного Китая сосредоточивались необходимые военные силы и средства. Ближе к началу военных действий Китай был проинформирован о намерениях СССР, и началась подготовка договора о совместном участии в войне и об отношениях двух стран в послевоенный период. 9 августа 1945 г. советские войска развернули массированное наступление на японские позиции. А 14 августа в Москве были заключены Договор о дружбе и союзе между СССР и Китайской Республикой, а также ряд дополнительных соглашений .
После разгрома Японии А.С. Панюшкин представлял интересы Советского Союза в Дальневосточной комиссии, созданной державами-победительницами для урегулирования вопросов, касавшихся Японии после капитуляции, результатом работы комиссии стал Сан-Францисский договор 1951 г., не подписанный Советским Союзом .
После окончания Второй мировой войны обстановка в Китае оставалась чрезвычайно сложной. Две основные политические силы КПК и Гоминьдан, располагающие собственными многочисленными армиями, выдвинули разные программы послевоенного развития страны, которые могли реализоваться только в условиях их вооруженной борьбы между собой. В стране развернулась гражданская война, длившаяся с лета 1946 по 1950 гг.