Детальная оценка роли операции Ультра в войне не входит в наши задачи. Следует отметить, что она оказала огромное влияние на ход боевых действий, но все же не являлась средством, приблизившим победу на два года, как полагают некоторые исследователи. Информацию противника мало прочесть, нужно еще иметь материальные возможности реализовать ее. Сведения о концентрации подводных лодок в конкретном регионе имеют существенное значение лишь тогда, когда туда можно направить дополнительные противолодочные силы или направить конвой в обход, в противном случае командованию остается лишь бессильно наблюдать за итогами успешных действий известных ему сил противника. Кроме того, следует принять во внимание и другие факторы.
Прежде всего, далеко не вся оперативная переписка немцев велась по радио, и поэтому перехват ее значительной части был просто невозможен. Германские службы связи постоянно пытались использовать телеграф и прокладывали провода, где только могли. Это косвенным образом свидетельствует о том, что в Третьем рейхе вовсе не были абсолютно уверены в стойкости шифров Энигмы, как полагают многие историки. Судя по всему, демонстративное прочтение ее шифров германским криптоаналитиком Георгом Шредером в 1930 году все же заставило соответствующих специалистов задуматься. Исследователи проекта Ультра отмечали, что немцы нередко передавали по этому каналу дезинформацию, что свидетельствует о понимании ими потенциальных возможностей криптографов противника. Далее, хотя ПШКШ/ШКПС уверенно читал переписку люфтваффе, с вермахтом дело обстояло сложнее. Шифры абвера поддавались прочтению, но это относилось лишь к переписке с резидентурами в нейтральных странах и с абверштелле на германской или оккупированной территории. Комитет по дезинформации успешно использовал перехваченные по этому каналу данные, однако радиообмен с агентурой осуществлялся по книжным шифрам или блокнотам разовых ключей и поэтому оставался недоступным. Это же относится к переписке гестапо и СД, дальновидно не пользовавшихся Энигмами. Англичане испытывали значительные сложности в перехвате немецких радиограмм в определенных географических районах, в частности, на Восточном фронте и в высоких широтах. Одним из факторов, наиболее сильно помешавших реализации материалов программы Ультра на начальном этапе деятельности, явилась ее высокая степень секретности. Легендируя источник сведений, МИ-6 направляла полученные по этому каналу материалы в правительственные круги в форме информации от некоего агента Бонифация, якобы внедренного в высшие властные структуры рейха. Однако у глав министерств и ведомств Британии давно уже устоялось крайне низкое мнение о достоверности и качестве информационных документов разведки, и они не видели причин доверять Бонифацию более, чем кому-либо другому. Мензис просто приходил в отчаяние при виде игнорирования столь важной и своевременной информации ее потребителями и решил переговорить на эту тему с осведомленным о программе Ультра Черчиллем. Тот отнесся к проблеме вполне серьезно и под большим
секретом проинформировал ведущих членов кабинета о том, кто такой Бонифаций, после чего использование данных ПШКШ резко улучшилось.
Пожалуй, наиболее наглядно возможности операции Ультра проявились в войне на море. Как известно, из-за весьма высокой стойкости шифров подводного флота англичане начали относительно регулярно вскрывать их лишь в 1943 году. Это немедленно отразилось на потерях немцев. За 4 месяца 1939 года союзники потопили 9 германских лодок, в 1940 году 22, в 1941 году 35, в 1942 85, в 1943 237, в 1944 241, за 4 месяца 1945 года 152. Безусловно, к этим результатам привела не одна Ультра, огромную роль сыграли и радиолокация, и активное строительство авианосцев, и совершенствование системы конвоев, и воздушные удары по пунктам берегового базирования, но роль криптографии здесь неоспорима.
ПШКШ активно работала по советским кодам и шифрам, всплеск интереса к которым вызвали два заключенных в августе 1939 года советско-германских договора. С февраля 1940 года радиоразведку территории СССР к западу от Каспийского моря вел пост в Сара-фанде (Палестина), район Владивостока относился к зоне ответственности Дальневосточного объединенного бюро (ФЕКБ) в Гонконге, а всем остальным ведала армейская точка в Абботабаде (Индия). Однако с момента вступления Советского Союза в войну на стороне антигитлеровской коалиции подобные действия в отношении союзника являлись бы грубым нарушением духа и буквы подписанных на этот счет документов. Официально британская разведка прокомментировала это следующим образом: Вся работа по русским кодам и шифрам была прекращена с 22 июня 1941 года, дня нападения Германии на СССР, за исключением удовлетворения потребностей в ежедневном получении метеосводок с Восточного фронта, для чего русский метеорологический шифр вновь вскрывался с октября 1942 года . В действительности дело обстояло несколько иначе. Фактически англичане просто уменьшили интенсивность перехватов советского радиообмена, которыми теперь занимались две станции во Флауэрдауне и две в Чидле, а вскрытие сообщений они поручили группе польских криптоаналитиков в Стэнморе. Таким образом достигалась внешняя лояльность Лондона по отношению к Москве и создавалось прикрытие на случай утечки информации к союзнику. Действительным сокращением работ на этом направлении явилось полное переориентирование поста перехвата в Сарафанде на итальянские и германские станции в бассейне Средиземного моря. Считается, что поляки полностью или частично вскрыли Общий командирский код 5 (ОКК-5), Авиационный код-39 (АК-39), Черноморский код и один из кодов НКВД, а также несколько шифров. По мере назревания послевоенного геополитического противостояния двух систем к процессу вновь осторожно подключились британцы. Помощник руководителя МИ-6 Роберт Сесил вспоминал, в частности, о перехваченных и дешифрованных СИС инструкциях Кремля партизанским группам и движению Сопротивления под контролем коммунистов в период после роспуска Коминтерна в 1943 году.