«Айк» Эйзенхауэр всегда питал доверие к братьям Даллесам. В течение шести лет (Джон умрет в мае 1959 года от рака) Джон и Аллен будут представлять грозный тандем, способный во имя борьбы с коммунистической опасностью идти в первой линии фронта официальной и секретной дипломатии, разведки и подпольной деятельности.
Каверт Экшн (секретная операция) ключевое слово в лексиконе ЦРУ времен Аллена Даллеса. В августе 1953 года «Компания» участвует в свержении премьер-министра Ирана Моссадыка и воцарении шаха на троне. В следующем году она свергает гватемальское правительство Хакобо Арбенса. Эти две операции, увенчавшиеся успехом, ознаменуют резкий поворот от «культурных» традиций ОСС в сторону большей активности, чем у разведки в ее традиционной форме.
Нет необходимости говорить о том, что Даллес прекрасно сознает, к чему могут привести эти секретные операции. Не втягивается ли мир в новую войну, на этот раз против коммунизма?
Войну, состоящую из «черных» (секретных) операций, пропагандистских выпадов, манипуляций в науке. В ее ведении человеку с трубкой помогают блестящие мастера своего дела, такие, как Чарлз Пирр Кейбелл, генерал авиации из Техаса (заместитель директора), Роберт Эймори-младший, юрист, брат известного писателя (помощник директора в сфере разведки), и Ричард Мервин Биссел-младший, доктор экономических наук, работающий в «Компании» с 1954 года, будущий «мозг» десантной операции в бухте Свиней (помощник директора по проведению секретных операций).
Доктрина остановить распространение коммунистического влияния, а затем и вытеснять его. Эйзенхауэр тоже вносит свою лепту. Именно этот генерал-президент позаботился о том, чтобы создать структуру, которую Дэвид Уайз и Томас Росс окрестят «невидимым правительством» США в действительности, речь идет о власти небольшой группы доверенных людей, собранных в «Спешиал Груп 54/12» под руководством директора ЦРУ Аллена Даллеса, помощника его брата Джона, министра или помощника министра обороны и представителя Эйзенхауэра.
Спокойно и уверенно Аллен Даллес руководит этим «кабинетом для решения кризисных дел», проявляя завидное мастерство. Так же как и ЦРУ, где он правит железной рукой, одетой в велюровую перчатку. В июне 1956 года он убеждает членов кредитной подкомиссии в Палате представителей ассигновать несколько миллионов долларов на строительство в Лэнгли (штат Вирджиния) штаб-квартиры в местности, вполне соответствующей «требованиям безопасности для подготовки операций ЦРУ». Через три года состоится закладка первого камня. А в 1961 году «Компания» полностью переселится в Лэнгли, чье имя отныне прочно будет связано с ее именем. Кто говорит Лэнгли, подразумевает ЦРУ.
За более чем три тысячи дней, которые он возглавлял «Компанию», Даллес станет свидетелем многих событий, часть из которых была плодом стараний его подчиненных. ЦРУ прямо противостоит коммунистическому влиянию в Берлине: оно финансирует организацию Герлена, который создает 11 июля 1955 года в Федеративной Республике Германии БНД («Серый генерал»); оно поддерживает Насера и его «Свободных офицеров» до разрыва с ними; оно забрасывает за железный занавес эмигрантов с Востока, из которых мало кто выйдет живым после всех авантюр; оно вытесняет из Индокитая побежденных французов, не предполагая, что их американским преемникам придется ввязаться там в новую войну; оно тщетно пытается свергнуть президента Индонезии Сукарно; толкает венгров на восстание, а потом бросает их на произвол судьбы; оно поддерживает китайских националистов на Тайване в их борьбе против коммунистического режима в Пекине; оно позволяет Фиделю Кастро обосноваться в Гаване, только после этого осознав, что этот человек не просто демократ; оно играет двойную игру в Алжире, охваченном огнем войны; операции воздушной разведки над территорией СССР, затеянные ЦРУ с помощью самолетов У-2, дают предлог Никите Хрущеву отказаться от встречи на высшем уровне с Эйзенхауэром.
Короче говоря, итог противоположный тому, который ожидался в те годы Холодной войны, когда каждый должен был обязательно выбирать, к какому лагерю присоединиться. Даллесу, так же как и Эдгару Гуверу, удается выглядеть незаменимым, и преемник демократа Эйзенхауэра, Джон Ф. Кеннеди, решает в ноябре 1960 года оставить его на посту директора ЦРУ. И только провал вторжения на Кубу, неудачная попытка высадить десант в бухте Свиней в апреле 1961 года, стала тем камнем, о который споткнулся бывший представитель ОСС в Берне. В связи с масштабами неудачи его репутация мастера шпионажа показалась преувеличенной и тотчас же поблекла. 20 ноября 1961 года Аллен У. Даллес выходит в отставку после двух десятков лет, отданных секретным службам.