Примечательным в организации Люфтваффе было то, что все, имевшее отношение к ВВС, включая зенитную артиллерию и гражданскую противовоздушную оборону, было подчинено Министерству авиации. Такая унификация имела ряд преимуществ во Франции, к примеру, зенитная артиллерия была подчинена армейскому руководству, гражданская оборона МВД: такое разделение могло породить только борьбу за компетенции и неразбериху. Единственным недостатком системы организации Люфтваффе было разделение компетенций генерального штаба Люфтваффе и Министерства воздушного флота. Первый начальник генерального штаба
Люфтваффе Вальтер Вефер планировал значительное превосходство своего ведомства над министерством, но Геринг и его статс-секретарь Мильх сильно потеснили преемников Вефера Кессельринга и Штумпфа. Постепенно генштаб Люфтваффе утерял контроль не только над конструированием и производством самолетов, но и над кадровой политикой. Геринг хотел создать систему борьбы компетенций и с этой целью в 1938 г. против воли Штумпфа создал пост генерального инспектора Люфтваффе, который был приравнен к посту начальника генштаба Люфтваффе. В его компетенции входили контроль над качеством самолетов и подготовка пилотов. Вефер вообще планировал подчинение общему Генштабу и Люфтваффе тоже, но Геринг рассматривал это как покушение на свои компетенции. После гибели Вефера и отставки Блом-берга вермахт потерял главных сторонников общего Генштаба. ОКВ, по существу, было маленьким личным штабом Гитлера, в котором из 358 офицеров в 1942 г. только один принадлежал к Люфтваффе. Иными словами, в Германии не было единого армейского штаба, как в других воюющих странах.
Вместе с тем, как ни странно, такая децентрализация ничуть не мешала взаимодействию Люфтваффе с сухопутными силами: одной из примечательных особенностей Люфтваффе была его постоянная нацеленность на оперативное сотрудничество с армией и флотом, в отличие, например, от США, где руководство ВВС всячески препятствовало такому сотрудничеству. Вальтер Вефер настоял на подготовке специальных офицеров связи и координации действий сухопутных войск и Люфтваффе. В 1940 г. во Франции удивительная оперативность, быстрота, своевременность, точность и мощь налетов Люфтваффе на вражеские боевые порядки произвела на союзников огромное впечатление и во многом предопределила победу вермахта на Западе.
В ходе дальнейших боевых действий немцы развили особую тактику сведения в корпуса различных соединений ВВС; этими корпусами руководили опытные и подготовленные офицеры. Вероятно, самым лучшим знатоком тактики использования авиации в годы Второй мировой войны был фельдмаршал Вольфрам фон Рихтхофен. Уже в 1941 г. он посылал в танках на передовую линию фронта опытных пилотов пикирующих бомбардировщиков в качестве координаторов действий Люфтваффе и наземных сил. Это было тактическое новшество, перенятое англичанами и американцами лишь два года спустя. Люфтваффе смогли доказать свою готовность сотрудничать с пехотой на тактическом уровне, сами предлагая свои услуги и великолепно ориентируясь в своих возможностях и в потребностях пехоты . Ярким подтверждением тому было то, что на Курском выступе родилась противотанковая эскадрилья Руделя «штуки», вооруженные 37-мм противотанковой пушкой. Вместе с новыми бронированными двухмоторными самолетами «Хеншель» Hs-129 они с удивительной эффективностью вмешивались в танковые сражения. Пилот «штуки» с подвешенной противотанковой пушкой атаковал танковую колонну сзади или сбоку. Приблизительно в 15 метрах пилот выходил из пике, выпустив снаряд по танку. Через мгновение самолет снова заходил на стрельбу, имея возможность выбрать для выстрела наиболее уязвимые места танка . Правда, сам Рудель в своих, мемуарах писал, что успешно использовать такую тактику, вследствие ее сложности, могли немногие летчики.
Другим примером эффективного взаимодействия с сухопутными войсками была воздушная разведка. Немецкий самолет-разведчик «Фокке-Вульф-189» («рама») вместе с самолетом «Хеншель-126» («костыль») ненавидели все советские фронтовики это были фронтовые разведчики и корректировщики артиллерийского огня. В советских войсках авиацию вовсе не использовали для корректировки артиллерийского огня это была очень большая ошибка. По сравнению с огромным парком самолетов, который построили немцы, самолетов-разведчиков и корректировщиков было построено очень мало: «рамы» 846 машин, а «костыля» 510, но эффект от их применения был поразительным .