В первых числах апреля 1941 г. подполковник Гельмут Гросскурт показал копии секретных документов, разработанных Варлимонтом, двум противникам нацистского режима бывшему послу Ульриху фон Хасселю и генералу Людвигу Беку. «Волосы встают дыбом, писал фон Хассель в своем дневнике, когда узнаешь о мерах, которые планируется предпринять в России, а также о том, как систематически будут нарушаться военные законы на захваченных землях. На деле там возникнет форма самого неприкрытого деспотизма злейшей карикатуры на любые законы. Подобное состояние дел превратит Германию в такое государство, какое существовало лишь в образе, созданном вражеской пропагандой Армии придется принимать на себя бремя ответственности за убийства и погромы, которые прежде связывали только с СС» .
С целью регулирования деятельности опергрупп СД и полиции безопасности, с одной стороны, и вермахта с другой, 26 марта 1941 г. было подписано соглашение между СС и руководством вермахта о разделении полномочий. Операционный район (Operationsgebiet) вермахта был разделен на зону боевых действий (Kampfzone), армейский тыл (Rückwärtige Armeegebiet) и расширенный войсковой тыл (übergreifende Rückwärtige Heeresgebiet). В двух последних допускалась деятельность опергрупп СД и полиции безопасности в целях борьбы с саботажем, терроризмом, а также мероприятий на их усмотрение по отношению к гражданскому населению. Таким образом, объектом полицейской активности было только гражданское население, поскольку военные не допускали вмешательства в их компетенции в отношении советских военнопленных. С одним исключением, касающимся лиц, которые, строго говоря, не являются военнослужащими, но включены в состав Красной армии. Понятно, что речь идет об армейских комиссарах.
Две недели спустя после принятия разъяснений ОКБ, 30 марта 1941 г. Гитлер выступил перед 200 высшими офицерами
вермахта. В этом выступлении он уже не разделял функции полиции и вермахта во время восточного похода. Гитлер заявил, что коммунист не может рассматриваться как солдат: с ним следует обращаться, как с преступником. Таким образом получалось, что Гитлер передавал дело ликвидации комиссаров в руки вермахта При этом никакого протеста со стороны высшего военного руководства не последовало. Гудериан и Гальдер после выступления Гитлера обедали с ним, но ни словом не обмолвились об этом чудовищном распоряжении. Еще через месяц 28 апреля 1941 г. в отдел Варлимонта в ОКВ пришел официальный документ, подписанный руководством ОКХ, с предложением довести до войск приказ о расстрелах захваченных комиссаров. Это было неслыханно ОКХ, наследник старого прусского Генштаба, выступил с предложением о массовых расстрелах пленных
Как указывалось выше, Гитлер планировал Крестовый поход против большевизма, что в современных условиях было чревато многими осложнениями. Английский генерал Джон Фуллер писал: «Если вы, ведя войну, не имеете политически здравой и стратегически возможной цели, то, по всей вероятности, вы уподобитесь тем безумцам, которые пытались истребить идеи пулями, а политические убеждения бомбами. Цель Гитлера была логичной и возможной, цель японцев логичной, но невозможной, хотя обе они были чудовищно несправедливы (правда, не более чем империалистические цели других глав правительств и других наций в прошлом). Хотя средства, применяющиеся для достижения здравых целей, и бывают иногда жестокими, однако в случае безумных целей они всегда жестоки. Именно по этой причине крестовые походы и гражданские войны так уничтожают духовные и материальные ценности и губят так много людей». Далее Фуллер указывал, что самым худшим в Крестовых походах было то, что их идеологические цели оправдывали применение любых средств, как бы ужасны и жестоки они ни были. Так, хотя Латеранский собор в 1139 г. под угрозой анафемы запретил пользоваться арбалетом «как оружием, ненавистным богу и недостойным для христианина», однако он разрешил его использование против неверных. И в Тридцатилетнюю войну, когда неистовым религиозным фанатизмом простой народ был вовлечен в борьбу, люди поверили, что для очищения или поддержания религии, в зависимости от обстоятельств, их святая обязанность убивать врагов самыми зверскими способами. Такое же положение было и во Вторую мировую войну войну против ереси, войну между догмами. Император Священной Римской империи германской нации Фердинанд II Габсбург (1578637), известный своей борьбой с протестантами, говорил: «Лучше пустыня, чем страна, управляемая еретиками» . Именно следуя логике Фердинанда II стремился действовать Гитлер, что не оставляло советской правящей верхушке никакого выбора победа или поражение доктрины (жизнь или смерть), без всяких нюансов, без альтернативы.
Нацисты были убеждены в своем превосходстве над славянами в культурном и научно-техническом развитии, поэтому особенно нетерпимо относились к любым попыткам оппозиции в Юго-Восточной Европе, безоговорочно пресекая любое сопротивление своим планам и намерениям. Поэтому, обеспечивая правый фланг вторжения в СССР, в апреле 1941 г. немцы атаковали одновременно Югославию и Грецию (чтобы помочь итальянцам). Проблема была в том, что аннексия Албании, осуществленная итальянцами 7 апреля 1939 г. в подражание немецкой аннексии Чехии, не удовлетворила честолюбия Муссолини. Поэтому Муссолини, не уведомив Гитлера, 28 октября начал наступление на Грецию. При этом он не учел ни способности греческого народа к сопротивлению, ни силу его армии. Гитлер вынужден был помочь своему союзнику.