Шпаликовы поселились на северо-западе столицы, в Покровском-Стрешневе, недалеко от Тушинского аэродрома, где «вождь и учитель, лучший друг советских пионеров и физкультурников», любил лицезреть воздушные парады. Местность получила название по сохранившейся дворянской усадьбе Стрешневых. В 1930-е годы о дворянском прошлом этих мест не очень-то вспоминали. Не такую уж и далёкую по времени дореволюционную эпоху с её «сословными пережитками» быстро оттеснили приметы другой жизни. Район был наскоро застроен неказистыми типовыми домами в три-четыре этажа, выкрашенными в жёлтый цвет, то с зелёными заборами, то с палисадниками и столиками для игры в домино, одновременно служившими, естественно, и для других целей. Вместо домино на них порой появлялись бутылочка и нехитрая закусочка. На протянутых между врытыми в землю столбами верёвках сушилось постиранное бельё, в которое порой попадал грязный мяч тут же игравших в футбол мальчишек. Уныло-однообразный пейзаж, типичная окраина, как будто и не Москва вовсе. О большом городе напоминал разве что трамвай 23-й номер, на котором можно было доехать в центр, до Тверского бульвара. В Покровском-Стрешневе Шпаликовы, семья которых пополнилась в декабре 1938 года дочкой Леной, жили до и после войны. Но между «до» и «после» была сама война.
Отец работал в это время в своей альма-матер в Академии им. Куйбышева. Будучи уже опытным военным инженером и организатором, он занимался эвакуацией различных предприятий. Сведения о том, где была в военные годы его семья, разноречивы. Сам Гена позже напишет в автобиографии: «Осенью 1941 года нас эвакуировали в г. Фрунзе, вернее жили мы в деревне Аларче, это недалеко от города». Правильное название села Нижняя Ала-Арча. Фрунзе же советское название города Бишкек, столицы Киргизии в ту пору одной из республик СССР. В самом деле, академия была эвакуирована во Фрунзе, здесь противоречия нет. Но двоюродная сестра Геннадия Зинаида Алексеевна Шкаликова вспоминает, что семья Фёдора Григорьевича находилась во время войны в Зиргане, у его родных, и даже приводит эпизод, когда непоседливый Гена, которому всё в селе было в диковинку, упал в погреб слава богу, без серьёзных последствий. Могло быть так, что длившаяся два с лишним года эвакуация (семья вернулась в Москву в конце 1943 года) вобрала в себя жизнь и в Зиргане, и во Фрунзе. Допустим, отец сначала устроился в киргизской столице сам, а потом вызвал туда семью, переждавшую это время в Башкирии.
Со Шпаликовыми эвакуировалась и бабушка Даша. 23-летняя
Людмила с двумя детьми на руках сама нуждалась в поддержке, и бабушка, многое повидавшая на своём веку, мужественно взяла на себя роль главы семьи. В тесноте и неуюте вагона, а затем и теплушки, с постоянной необходимостью думать о питании и о воде, опасаясь бомбёжек, которые несколько раз случались в пути, они ехали через Куйбышев (советское название Самары), ставший в те месяцы как бы эвакуационной столицей страны, на восток.
В памяти Гены сохранились кое-какие воспоминания об эвакуации. Жили трудно, еды было мало. Киргизия фруктовый край, но одними фруктами сыт не будешь. Мясо в семье полагалось только кормильцу отцу, очень сильно похудевшему в ту пору. Гена однажды потихоньку умыкнул с кухни две котлеты, но не для себя: ребята с улицы обещали сделать ему рогатку за этот «гонорар». Обманули, не сделали, а за котлеты ему влетело: родители выгнали из дома в холодный вечер в одной рубашке, он страшно замёрз, через полчаса был прощён и впущен домой. Запомнилось ещё, как провинился соседский мальчишка по имени Славка. Отец с матерью поручили ему коптить свинью он прокоптил так, что остались одни кости. Боясь, что дома его побьют, спрятался у Шпаликовых
Почему-то то ли от скуки, то ли от любопытства Гену тянуло в школу. Учиться ему было пока рано, но он приходил в класс и сидел, слушал учительницу Дарью Сергеевну тем более что она оказалась полной тёзкой бабушки. Его не прогоняли, оставляли в классе как ему казалось, для смеха: вот, мол, ребёнок, уже к знаниям тянется, в то время как ребятам постарше, наоборот, полениться бы да пропустить урок. А ему нравилось не только вникать в объяснение учительницы, но и петь вместе с «одноклассниками», и даже плясать. Здесь, в киргизском селе, услышал он впервые протяжную ямщицкую песню «Степь да степь кругом, путь далёк лежит», и так и осталась в его душе эта ассоциация: степь да степь, Киргизия и бородатый ямщик, почему-то похожий на школьного сторожа.
Между тем положение на фронте уже переломилось в нашу пользу. В августе 1943-го советские войска взяли Орёл. По этому поводу был устроен первый за время войны праздничный салют. Взятие Орла Гене запомнилось: как раз накануне он играл с ребятами в войну семечками. Белые тыквенные семечки («наши») сражались с тёмными арбузными («фрицы») и должны были «взять Орёл» (ребята каждый день слушали сводки Совинформбюро и были в курсе событий). И взяли.
Пора было возвращаться в Москву. Привыкший к Ала-Арче мальчик в поезде грустил, а когда семья после долгой дороги добралась наконец до места, вошла в свою квартиру в Покровском-Стрешневе и увидела, что в их отсутствие там кто-то крепко «похозяйничал», стало совсем неуютно. В разорённой квартире надо было заново обживаться, а пока, в первый вечер, их приютили соседи по подъезду, покормили ужином. Непривычной и странной казалась после киргизской деревни забытая (а для Гены не то что забытая, а считай что и вовсе незнакомая) московская жизнь.