В декабре 2004 года для взыскания налогов принудительно продаётся с торгов основной актив ЮКОСа 79,79% акций ОАО «Юганскнефтегаз». Покупателем
становится ООО «Байкал Финанс Групп», зарегистрированное за две недели до аукциона в Твери по одному адресу с рюмочной «Лондон». Сразу после выгодного приобретения компанию «Байкал Финанс Групп» покупает возглавляемая Сечиным «Роснефть».
Ещё до завершения процесса по первому уголовному делу против Ходорковского и Лебедева возбуждается второе. Новое обвинение им предъявят в феврале 2007 года по двум эпизодам. Первый о хищении в 1988 году акций дочерних структур Восточной нефтяной компании путём обмена их на бумаги ЮКОСа. Второй хищение нефти у дочерних структур ЮКОСа и легализация полученной от её продажи выручки.
На процессе по этому делу одним из свидетелей защиты выступил бывший премьер-министр РФ Михаил Касьянов. Он показал, что методы работы в компании ЮКОС находились в русле общепринятой тогда практики всем нефтяным компаниям были свойственны вертикальная интеграция, применение трансфертного ценообразования и использование зон льготного налогообложения.
Выступая в суде, Касьянов дал и такие показания:
«Когда началось напряжение между президентом Путиным и компанией ЮКОС, я обратился к Путину и попросил его объяснить происходящее. Он сказал примерно следующее: что компания ЮКОС финансировала не только политические партии СПС и Яблоко, которые он, президент Путин, разрешил финансировать, но также финансировала и коммунистическую партию, которую он, президент Путин, не разрешал финансировать».
Приговор: по 14 лет лишения свободы, кассационная инстанция уменьшила срок на год. В 2012 году президиум Мосгорсуда снизил срок заключения до 11 лет. 20 декабря 2013 года Путин подписал указ о помиловании Михаила Ходорковского, который в тот же день покинул колонию и вылетел в Европу.
В январе 2014 года пленум Верховного суда снизил срок наказания Платону Лебедеву до фактически отбытого и постановил освободить его.
В 2011 году Европейский суд по правам человека усмотрел процедурные нарушения при аресте Ходорковского и Лебедева, установил факты унижения человеческого достоинства при содержании под стражей. Постановлением 2020 года ЕСПЧ определил, что Ходорковский и Лебедев были осуждены за деяния, которые не являлись преступлением, но не счёл процесс политически мотивированным.
Amnesty International признала Платона Лебедева и Михаила Ходорковского узниками совести, Правозащитный центр «Мемориал» политзаключёнными.
«ПРИГОВОР ПО ЭТОМУ ДЕЛУ СТАНЕТ ЧАСТЬЮ ИСТОРИИ РОССИИ»
Последнее слово Михаила Ходорковского
2 ноября 2010 года
Уважаемый суд! Уважаемые присутствующие!
Сегодня для меня очередная возможность оглянуться назад. Я вспоминаю октябрь 2003 года. Последний мой день на свободе. Через несколько недель после ареста мне сообщили, что президент Путин решил: я должен буду «хлебать баланду» восемь лет. Тогда в это было сложно поверить.
С тех пор прошло уже семь лет. Семь лет достаточно большой срок, а в тюрьме особенно. У всех нас было время многое переоценить и переосмыслить. Судя по смыслу выступления прокуроров: «дайте им 14 лет» и «наплюйте на прежние судебные решения», за эти годы меня опасаться стали больше, а закон уважать ещё меньше. В первый раз они хоть озаботились предварительно отменить мешающие им судебные акты. Теперь решили и так сойдёт, тем более что отменять теперь потребовалось бы не два, как в прошлый раз, а 60 судебных решений. Я не хочу сейчас возвращаться к юридической стороне дела. Все, кто хотел что-то понять, давно всё поняли. Я думаю, признания вины от меня никто всерьёз и не ждет. Вряд ли сегодня кто-нибудь поверит мне, если я скажу, что похитил всю нефть в своей собственной компании. Но также никто не верит, что в московском суде возможен оправдательный приговор по делу ЮКОСа.
Тем не менее, я хочу сказать о надежде. Надежда главное в жизни.
Я помню конец 80-х годов прошлого века. Тогда мне было 25. Наша страна жила надеждой на свободу, на то, что мы сможем добиться счастья для себя и для своих детей. Отчасти надежда осуществилась, отчасти нет. Наверное, за то, что надежда осуществилась не до конца и не для всех, несёт ответственность всё наше поколение, и я в том числе.
Я помню и конец прошлого десятилетия. Тогда мне было 35. Мы строили лучшую в России нефтяную компанию. Мы возводили спорткомплексы и дома культуры, прокладывали дороги, доразведывали и разрабатывали десятки новых месторождений, начали освоение
Восточно-Сибирских запасов, внедряли новые технологии, в общем, делали то, чем сегодня гордится «Роснефть», получившая ЮКОС. Благодаря значительному увеличению добычи нефти, в том числе и в результате наших успехов, стране удалось воспользоваться благоприятной нефтяной конъюнктурой. У нас у всех появилась надежда, что период потрясений, смуты позади, что в условиях огромными трудами и жертвами достигнутой стабильности мы сможем спокойно строить новую жизнь, великую страну.
Увы, и эта надежда пока не оправдалась. Стабильность стала похожа на застой. Общество замерло. Хотя надежда пока живёт. Живёт даже здесь, в зале Хамовнического суда, когда мне уже почти пятьдесят.