Неудачный исход Крымской кампании нисколько не отразился на карьере Лефорта. Летом 1687 года по возвращении в Москву князь Василий Голицын представил Лефорта государям и царевне Софье как доблестного героя. Государыня удостоила его денежной премией и произвела в полковники.
В феврале 1689 года состоялся Второй Крымский поход, который так же, как и предыдущий, закончился полным провалом. Вместе со всеми испытал горечь поражения и Франц Лефорт. В Москве же началось открытое противостояние между Петром I и царевной Софьей, закончившееся победой будущего реформатора. Софью отправили в монастырь, Василия Голицына в ссылку.
Казалось, над близким к ним Лефортом нависли тучи, но гроза прошла стороной. Петру I импонировал образованный чужеземец, в общении с ним он получал ответы порой на самые каверзные вопросы. Молодого государя интересовало практически все, что было связано с заморскими традициями, методами ведения хозяйства, но больший акцент неизменно ставился на принципах государственного устройства и военном деле.
18 февраля по случаю рождения сына государя, Алексея Петровича, Лефорту пожалован чин генерал-майора. Петр все чаще наведывался в Немецкую слободу и останавливался именно у женевца, дом которого превратился в своего рода место паломничества.
Некоторых завсегдатаев не смущало даже отсутствие хозяина: и без него можно было расслабиться, отдохнуть, перекинуться в карты и, конечно же, вкусно отобедать в обществе гостеприимной хозяйки. В 1686 году эту вопиющую простоту Лефорт описывал в одном из писем старшему брату: «Вы высказали мне некоторые упреки по поводу моего хозяйственного быта. Я должен сознаться, что, в известном отношении, вы правы, но поверьте мне, что я не господин и того немногого, что у меня есть, ибо наши князья (бояре), старые и молодые, оказывают мне честь своими более нежели частыми посещениями. Даже когда меня не бывает дома, они не преминут покурить и попить у меня, как будто я и не отлучался. Дом мой очень им нравится, и я не могу сказать по справедливости, что другого, лучше устроенного, здесь нет».
Судя по описаниям, дом Лефорта, хотя и небольшой, по меркам того времени, впечатлял изяществом интерьера: каждая его комната обставлена со вкусом на французский манер. Исторические хроники тех лет свидетельствуют, что царь не слишком жаловал просторные залы дворцов, в них он чувствовал себя неуютно, ему более импонировали небольшие комнатушки с низкими потолками. Но дом Лефорта, который стал для него второй резиденцией, требовал особого подхода, поэтому масштабы и внутреннее убранство строения должны соответствовать статусу лица, пребывавшего в его стенах.
Еще одним немаловажным обстоятельством было то, что в силу своего характера Петр часто любил совмещать приятное с полезным, или наоборот. Часто заседания государственных мужей под председательством царя заканчивались грандиозными попойками.
Вокруг монарха собралась весьма разношерстная компания прихлебателей в количестве 200300 человек различного социального статуса, звания, уровня интеллекта и национальности. Собирать подобный коллектив в стенах Московского Кремля Петр Алексеевич счел нецелесообразным. Выбор пал на дом Лефорта, а мнением хозяина по этому вопросу никто не поинтересовался. Поскольку строительство нового дома заняло бы немало времени, а помещение для встреч было необходимо еще вчера, Петр распорядился сделать пристройку к дому Лефорта в виде внушительных размеров залы, на строительство и убранство которой не пожалел казенных денег. Красноречиво описывает интерьер и масштабы залы в своем письме к родственникам некий Сенебье, приходившийся Лефорту дальним родственником: «Его превосходительство выстроил весьма красивую и обширную залу для приема 1500 человек. Она обита великолепными обоями, украшена дорогою скульптурною работою, везде вызолочена и, действительно, может быть названа прекраснейшею Императорскою залою. Наш государь пожаловал ему (Лефорту) пятнадцать больших кусков шелковых тканей, с богатою золотою вышивкою. Помещение так велико и во всех частях исполнено так превосходно, что представляет нечто удивительное. Издержки простираются, говорят, до 14 000 талеров. Меблировка роскошная; много серебряной посуды, оружия, картин, зеркал, ковров, разных украшений все вещи в высшей степени интересные и многоценные У генерала большое число прислуги; на конюшне двадцать кровных лошадей; у ворот дома постоянно караул из двенадцати человек».
После столь фееричного описания общую картину архитектурного ансамбля может дополнить лишь письмо самого Лефорта, обращенное к старшему брату Ами: «В саду есть пруды, каких нелегко найти здесь, изобилующие рыбою. За садом, на другой стороне реки, имею я парк, где содержатся различные дикие звери. Рабы и рабыни, которых у меня довольно, все освобождены мною.
Петр I
Словом, мой дом красивейший и приятнейший в целом околотке. Русские приезжают осматривать его как диковинку». Торжественное открытие залы, приуроченное ко дню бракосочетания племянницы Лефорта и отъезду государя в Архангельск, отпраздновали шумным застольем с музыкой, танцами, фейерверком и пушечным салютом из 20 мортир. С 30 июня по 3 июля 1693 года праздник гремел на всю Немецкую слободу. В общей сложности в торжественном мероприятии участвовало свыше 200 человек.
В 1691 году милостью государя Петра Алексеевича Франц Лефорт произведен в генерал-лейтенанты.
Через Франца Лефорта Петр вступил в дипломатические сношения с Женевской Республикой, и для своих земляков он стал чуть ли ни национальным героем.
20 декабря 1692 года Женевский сенат направил в адрес обоих государей благодарственное послание за милости и благоволение, коими пользовался их знаменитый земляк, что «соотечественникам дорог столько же по его прекрасным, от природы полученным качествам, сколько по благородству и древности его фамилии. Он брат благородного Ами Лефорта, с отличием занимающего ныне должность синдика или консула в нашем государстве». Петр был весьма польщен прочитанными строками, грело душу, что он не ошибся в выборе товарища. В ответ женевцам он отправил не менее лестное письмо, превозносящее их соплеменника до небес. Итогом подобных реверансов стало очередное воинское звание полного генерала, пожалованное государем Лефорту 29 июня 1693 года.
Этот год был нелегким для всей Швейцарии, повсеместный неурожай грозил голодной зимой. Заручившись благоволением российских царей, Женевский сенат нашел в себе смелость просить Россию о помощи. Петр, не раздумывая, приказал отправить хлеб страждущим. Соблюдая принципы взаимовыручки, царь искренне надеялся на ответную услугу со стороны Женевы. Он неоднократно наставлял Лефорта не терять связь с родными, особенно со старшим братом. Такая отеческая забота преследовала свои интересы. Через Ами Лефорта государь хотел переманить в Россию как можно больше знающих специалистов различного профиля. В перспективе для преобразования государства на европейский лад Петру требовались инженеры, строители, корабельных дел мастера, квалифицированные медики и, конечно же, опытные военные.
Противники России, в свою очередь, занимались дискредитацией, отговаривая европейских специалистов перебираться в «дикие земли, лишенные элементарных основ цивилизации». Панический страх перед Россией во многих западных странах перерастал в настоящую фобию. Подобное обстоятельство сильно огорчало Лефорта, прекрасно осведомленного о причинах многочисленных отказов своих соотечественников.