Несмотря на физическую слабость, император продемонстрировал свою не уменьшающуюся умственную силу, начав богословский спор. От любого мусульманина, обращенного в христианство, требовалось отречься от своей веры в бога Мухаммеда как истинного Бога, который и не породил никого, и сам не был рожден. Мануил считал такое экстремальное отвержение оскорбительным для потенциальных новообращенных и еще до марта 1180 г. предложил убрать его из катехизиса и надписи в Святой Софии. Духовенство немедленно отреагировало, и, когда император попытался перехитрить их, издав гражданский указ, общественное мнение сделало его распоряжение недействительным. Разгневанный таким противодействием и своей болезнью, Мануил собрал епископов в Скутари в мае 1180 г. и пригрозил им собрать полный собор, включая папу римского, так как, по его словам, существующая формулировка отлучает от церкви Самого Бога. Евстафий, митрополит Солунский, поддержанный патриархом Феодосием, высказался против предложения императора. Спор продолжался, но после проволочек и увиливаний Мануила обе стороны осознали необходимость прийти к компромиссу. Соглашение, заключенное в мае 1180 г., исключило былое предание анафеме бога Мухаммеда; новообращенные вместо этого должны были проклясть самого Мухаммеда, его учение и его последователей. Император одержал победу в том, что убрал оскорбительные упоминания мусульманского Бога, тем самым облегчив путь для новообращенных, а епископы предотвратили любое обвинение в том, что Аллах это еще одно имя христианского Бога, как явствует из православного катехизиса.
В то время как Мануил боролся с иерархами, он также прикладывал большие усилия в дипломатии. Наша информация об этой его деятельности исходит в основном от Вильгельма Тирского, который в 1179 г. возвратился с Третьего Латеранского собора, который проходил в Риме, и добрался до Константинополя в конце сентября. Там он вел беседы от имени папы Александра, хотя и неизвестно, какое именно дело у него было к императору. (Находясь в городе, он имел возможность видеть бракосочетания юного Алексея и Марии Порфирородной.) Вильгельм понимал греческий, и Мануил уважал эту его способность и знал, что Вильгельм занимает высокое положение в Иерусалиме. Архиепископ свидетельствует, что правитель осыпал его и его епархию привилегиями. 23 апреля 1180 г. он получил разрешение возвратиться в Палестину вместе с посольством Византии, состоявшим из знатных и известных людей. 12 мая четыре имперские галеры достигли порта Антиохии.
Вильгельм сообщает нам, что император доверил ему некую миссию к князю Боэмунду III и патриарху Эмери. Боэмунд незадолго до этого сочетался браком с Феодорой Комниной и, очевидно, был с ней еще в хороших отношениях. Как полагал Мануил, он мог быть сговорчивым, услышав предложения от Византии. То, что Эмери был тем, кто должен был принимать посольство, следовало из его необычного положения: будучи патриархом с 1139 г. (Боэмунд правил всего лишь с 1163 г.), Эмери был гордым, амбициозным и искусным политиком, а его авторитет и власть в Антиохии равнялись авторитету и власти самого князя. В 1159 г., когда Мануил контролировал Антиохию, Эмери сотрудничал с ним, хотя согласие между ними было нарушено появлением греческого патриарха наряду с латинским. Эта причина разлада, однако, уже давно исчезла, и император свободно обращался к обоим обладателям власти в княжестве. Какой именно была тема переговоров, Вильгельм на раскрывает.
Из Антиохии Вильгельм отправился в Бейрут, где встретился с королем Иерусалима Балдуином IV, с которым он и византийские посланники, очевидно, вели дела. Вильгельм просто пишет, что он вернулся в Тир 6 июля. Однако какая-то важная просьба была передана Балдуину, так как тот отправил в Константинополь посланника своего дядю Жослена де Куртене, королевского сенешаля. О его миссии ничего не известно, за исключением того, что он поехал по поручению короля, остался в Константинополе и после смерти Мануила и все еще находился там 1 марта 1181 г. в обстановке заговоров, среди которых находился Алексей II.
Посольства, возглавляемые Вильгельмом и Жосленом, установленные факты, а Мануил, как вскоре будет отмечено, отправил аналогичных посланцев и к султану Коньи. Несмотря на разрыв отношений между императором и Кылыч-Арсланом перед битвой при Мирикефалоне, между ними существовали давние дружеские отношения. Самое последнее нападение турок на Клаудиополис совершили, вероятно, туркмены (бродячие кочевники приграничных регионов), а не люди по указке из Коньи. Если сдержанность подходила его политике, Мануил, возможно, считал Кылыч-Арслана невиновным в их действиях.
Вильгельм Тирский скрывает суть своих дискуссий с Боэмундом, Эмери и Балдуином IV. Ключ к их содержанию лежит в отрывке из записей Евстафия Солунского, который в 1185 г. написал свой отчет о правлении Андроника Комнина, пока память о недавних событиях у всех была еще свежа. Упомянув о некоторых тиранических действиях Андроника против аристократии, он пишет о бегстве знати за границу. Он утверждает, что те, с кем Андроник поступил несправедливо, «уехали в качестве посланников среди многих величайших правителей восточных и западных регионов. Одни обратились к султану, говоря о произошедшем позоре смерти недолго царствовавшего императора Алексея, которому предводитель агаренов давал клятву как наследнику своего отца Мануила; другие [обращались] к правителям Антиохии светскому и церковному, а третьи к королю Иерусалима, жаждая справедливости, так как оба эти правителя питали истинную братскую любовь и обещали помощь после смерти Мануила его сыну Алексею, которому было причинено зло». Историк далее приводит обращения к западным правителям; и ни про одного из них не сказано, что он имел обязательства перед Византией или Алексеем II.
Из этого отрывка явствует, что Кылыч-Арслан, Боэмунд III, Эмери и Балдуин IV давали «клятвы питали искреннюю братскую любовь и обещали помощь» Алексею II. Беглецы из Византии полагали, что у них есть право апеллировать к турецкому и латинским владыкам и искать у них справедливости в отношении убийцы Алексея II. Такое допущение наводит на мысль, что в последние месяцы своей жизни Мануил просил этих иностранных правителей гарантировать трон его сыну. Поиски гарантий объясняют причину отправки посольства во главе с Вильгельмом Тирским в Антиохию и Бейрут. Действительно, то, что Вильгельм и Евстафий явно ссылаются на двоих правителей княжества Антиохия Боэмунда и патриарха Эмери, доказывает реальность такой договоренности: оба они дали слово и были обязаны выслушивать просьбы о помощи. Вдобавок Никита Хониат отчасти подтверждает тот факт, что султан Коньи имел обязательство защищать Алексея, когда он рассказывает, как в 1192 г. один из нескольких лже-Алексеев II отправился в Конью к Кылыч-Арслану за помощью. Молодой человек упрекнул султана за его небрежность и напомнил ему обо всех привилегиях, которыми его «отец» того удостоил. Очевидно, он потребовал от турок помощи, положенной ему согласно условиям старой договоренности. Сначала Кылыч Арслан принял юношу с большими почестями.
Зная о своей приближающейся смерти, Мануил предпринял последние дипломатические усилия, чтобы защитить своего сына; но что именно он предложил турецкому и крестоносным владыкам в обмен на их гарантии, остается тайной. В семье Кылыч-Арслана были волевые, непокорные сыновья, любимцем из которых был его самый младший сын. Император, возможно, пообещал взаимные гарантии в отношении турецкого престолонаследия, но в равной степени возможно и соглашение о границах или территории. Перед королем Иерусалима стояла такая же проблема, что и перед Мануилом: он не мог прожить долго, а его наследник был ребенком. Палестине также нужна была помощь в борьбе с Саладином, растущая сила которого была очевидна каждому наблюдателю. Ситуация в Антиохии в то время менее ясна, но Боэмунду, возможно, понадобилась бы помощь против соседей-турок и армян. Вероятно, Мануил делал предложения, основанные на нуждах своих союзников. Тот факт, что Жослен де Куртене не успел завершить свою миссию до смерти Мануила, наводит на мысль о том, что соглашение с королем Иерусалима осталось не заключенным. Однако позднее беглецы из Константинополя считали его обязывающим, значит, какие-то обязательства, очевидно, все же существовали.