Причины возникновения «дела авиаторов» были весьма веские. В 1944 году военные чиновники ВВС Шиманов и Селезнёв фиксировали на предприятии забракованные около 100 шт. «Як-9у». Однако Новиков дал добро на продолжение выпуска «сырого» самолёта. Военные части получили порядка 4 тысяч самолётов, 50 % из которых оказались проблемными. Эту информацию чиновники утаили от руководства ЦК ВКП(б). Подобные и другие факты брака сотрудники СМЕРШ выявили у истребителя «Як-3», штурмовиков «Ил-2», взятых на вооружение в 19421943 годах.
Шахурину вместе с руководителями ВВС СССР при содействии кураторов аппарата ЦК ВКП(б) ставилось в вину поставки в течение 3,5 лет в ВВС СССР некачественной авиатехники. В итоге было сорвано порядка 45000 вылетов на боевые операции, а также гибель многих лётчиков, которую списывали на их неумелые действия.
Одной из версий появления дела «авиаторов» называли конфликт конструктора Яковлева с руководством авиационной отрасли. Яковлев неоднократно критиковал своих оппонентов за нежелание развивать реактивное самолётостроение, предлагая свою модель реактивного аппарата, а Шахурин поддерживал идею копирования разработок немцев с целью экономии времени и денег.
В ходе предварительного расследования по делу, обвиняемые полностью признали свою вину либо сделали это с незначительными оговорками. Однако Абакумов помимо «дела авиаторов» собирал компромат и на маршала Жукова, частично ему это удалось. В ходе допросов Новиков показал, что имел неоднократные беседы с Жуковым, в ходе которых тот часто возвеличивал собственную роль в деле Победы над фашистской Германией, принижал вклад остальных полководцев, в том числе и самого Сталина. Показаний на Георгия Жукова следователи собрали достаточно много.
В начале марта 1946 года Сталин позвонил в Берлин и предложил Жукову пост Главнокомандующего сухопутными войсками. На следующий день Жуков сдал все дела в Германии генерал-полковнику Василию Соколовскому и вылетел в Москву. Тучи над Жуковым продолжали сгущаться.
Показания Александра Новикова 1 июня 1946 года зачитали во время заседания Высшего военного совета, прошедшего при участии Сталина. По итогу приняли решение снять Жукова с основных государственных должностей. Совмин это решение утвердил. На тот момент Георгий Константинович занимал пост замминистра ВС СССР и Главнокомандующего сухопутными войсками. 9 июня Сталин как Министр ВС СССР подписал Приказ 009, утвердивший решение Высшего военного совета и Совмина, где указывались основные обвинения против Георгия Жукова:
публичное выражение недовольства решениями Правительства СССР в среде подчиненных;
приписывание себе заслуг по разработке и проведению многих основных удачных военных операций в ходе ВОВ;
противопоставление своего мнения руководству страны путем группирования вокруг себя недовольных начальников, отстранённых от управления из-за допущенных ими ошибок.
В завершении Приказ гласил, что Жукова назначают командующим войсками Одесского Военного Округа.
Позже продолжилась опала маршала Победы в связи с так называемым «трофейным делом» после того, как в августе 1946 года министр вооруженных сил Николай Булганин сообщил Сталину о задержании под Ковелем семи следовавших из Германии железнодорожных вагонов, заполненных принадлежавшей Жукову мебелью (194 предмета).
А за год до этого, в июле 1945 года генерал-полковника Василия Гордова назначили командовать небольшим приволжским военным округом, и в ноябре выпроводили в отставку.
Считая себя несправедливо обиженным, Гордов часто вёл откровенные разговоры с женой, не стесняясь в выражениях, о положении в стране, о неумелых её руководителях. Такие же разговоры он вёл с двумя своими товарищами по несчастью разжалованным из маршалов в генерал-майоры Григорием Куликом и отозванным из Германии (также за чрезмерную любовь к трофеям) генерал-майором Фёдором Рыбальченко. Эти разговоры были записаны сотрудниками МГБ. В январе 1947 года арестовали генералов Филиппа Рыбальченко, Василия Гордова, Григория Кулика. Арестовали и жену Гордова Татьяну Владимировну, которая после угроз и запугиваний подписала показания против своего мужа, а также против его заместителя и начальника штаба. Спустя годы, бывший заместитель начальника следственной части по МГБ СССР Лихачев валил всё на министра: "Абакумов, осуществляющий непосредственное руководство следствием по делам Гордова, Кулика и Рыбальченко, давал прямые указания о применении к ним физических мер воздействия".
Потом состоялось несколько судебных процессов, свидетельствовавших о неблагополучном положении дел в Группе советских оккупационных войск в Германии, которую возглавлял Жуков.
Три друга: Иван Серов, Георгий Жуков, Константин Телегин
За несколько месяцев до своего ареста генерал-лейтенант Телегин в 1947 году был уволен из армии вследствие скандала, связанного с вручением боевых орденов и медалей 27 артистам, в числе которых оказалась известная певица Лидия Русланова (Прасковья Лейкина). Георгия Жукова и Константина Телегина обвиняли в незаконности такого награждения.
В декабре 1947 года были арестованы подчиненные Ивана Серова: генерал-майоры С. А. Клёпов, Г. А. Бежанов (Бежанян) и А. М. Сиднев (начальник оперативного сектора в Берлине). У Сиднева в ходе обыска было изъято около сотни золотых и платиновых изделий, полсотни дорогостоящих ковров и много другого ценного имущества.
Арестованные офицеры и генералы, в том числе адъютант маршала подполковник Сёмочкин, дали показания о присвоении Серовым и Жуковым большого количества трофейного имущества.
В первых числах января 1948 года были проведены обыски в московской квартире маршала, а также на его подмосковной даче. Искали шкатулку и чемодан с золотом, другими драгоценностями. Чемодана не нашли, зато изъяли предметы мебели, ткани, ковры, картины, 7 ящиков с хрусталем и фарфором, 2 ящика серебряных гарнитуров, 20 ружей. Золотых изделий было немного 13 кулонов и брошей, 9 часов, 16 колец, 2 пары сережек Драгоценности из чемодана нашли позже при обыске у подруги жены маршала певицы Лидии Руслановой.
В постановлении Политбюро от 20 января 1948 года говорилось: «Тов. Жуков, в бытность главнокомом группы советских оккупационных войск в Германии встал на путь мародёрства, занявшись присвоением и вывозом из Германии для личных нужд большого количества различных ценностей».
Маршала сняли с должности командующего Одесским военным округом и обязали «немедленно сдать в госфонд все незаконно присвоенные им драгоценности и вещи».
Тогда же, в январе, был арестован бывший член Военного совета ГСОВГ К. Ф. Телегин. При обыске у него изъяли несколько килограммов серебряных изделий, большое число отрезов шерстяных и шелковых тканей, 18 охотничьих ружей, много других ценных антикварных изделий.
Дело К. Ф. Телегина Военная коллегия рассматривала дважды в 1951 и 1952 годах.
В итоге Телегина осудили за антисоветские беседы с братом, по закону от 7 августа 1932 года Военная коллегия определила ему наказание в виде 25 лет лагерей, с лишением генеральского звания и поражением в правах.
18 сентября 1948 года в Москве был арестован Герой Советского Союза генерал-лейтенант В. В. Крюков, а через несколько дней во время гастролей арестовали его жену известную певицу Лидию Русланову. Они обвинялись в присвоении большого количества антикварной мебели, картин, драгоценностей и др.