В смутное время для борьбы с Польшей русский царь Василий IV Иванович Шуйский в 1609 году заключил со шведами договор о помощи, в котором по секретному протоколу Швеции передавалась территория Корельского уезда Новгородской земли. Однако шведы этим не ограничились и в 1611 году захватили и другие земли русского северо-запада, в том числе, Приневье. Согласно Столбовскому миру оно осталось Швеции. Эта территория вошла в состав одной из шведских провинций, а после перехода в 1634 году на ленное административное деление стала частью Нотебургского лена. В 1611 году на левом берегу, в устье реки Охты, на месте русского торгового поселения шведы заложили крепость Ниеншанц, а на противоположном правом берегу этой водной артерии город Ниен. Выгодное географическое положение близость к Балтике и полноводность Охты, позволявшая в нее заходить морским судам способствовали быстрому развитию городов Ниен и Ниеншанц, большому товарообороту между ними и русскими землями.
«Выгодная торговля с русскими сделала купцов Ниена чуть ли не самыми богатыми подданными шведского короля. Ниеншанц являлся одной из важнейших крепостей на территории земель, захваченных Швецией у России».
Владимир Васильевич Мавродин,
советский историк, специалист по истории
древнерусской государственности и этнической
истории русского народа, доктор исторических наук,
профессор исторического факультета ЛГУ,
Заслуженный деятель науки РСФСР
В 1656 году русские захватили крепость, но итоги Русско-шведской войны 16561658 годов не позволили России расширить свои территории в этом регионе. К концу XVII века Ниеншанц стал крупным торговым городом, ежегодно принимающим до 100 купеческих судов. Напротив него на противоположном берегу Невы находилось село Спасское. На месте современного центра Санкт-Петербурга находилось около 40 поселений. Еще до начала Северной войны шведы начали укреплять Ниеншанц и Ниен, строить оборонительные сооружения: валы и редуты. 23 апреля (4 мая) 1703 года 16-тысячная русская армия дипломата, одного из первых русских генерал-фельдмаршалов графа Бориса Петровича Шереметева подошла к крепости и пригороду, а 1 мая (12-го по новому стилю) захватила Ниеншанц. К 8 (19) маю русские войска вступили в Копорье, а чуть позже в Ям (совр. Кингисепп). В это время стал вопрос о создании для защиты новых рубежей крепости. Петр I изучил карту дельты Невы и местом строительства города выбрал Заячий остров (фин. Jänisaari). В 1721 году Северная война окончилась, и по договору со Швецией Приневье официально перешло России.
По решению русского царя Петра I 16 (27) мая 1703 на отвоеванных у шведов землях, называвшихся Ингерманландией, была заложена крепость Санкт Питербурх, так же стал называться и город.
«Между тем временем господин капитан бомбардирской изволил осматривать близ к морю удобного места для здания новой фортеции и потом в скором времени изволил обыскать единой остров, зело удобной положением место, на котором в скором времени, а имянно маия в 16 день, в неделю Пятидесятницы, фартецию заложили и нарекли имя оной Санкт Питербурх».
Петр I,
(из записи в походном журнале)
Название Петр I выбрал в честь святого апостола Петра. Первоначальное Sankt-Piter-Burch было имитацией голландского произношения Sint-Petersburg, используемого Петром после его жизни и обучения в течение некоторого времени в Нидерландах. В 1720 году название Санкт-Питербурх было заменено на Санкт-Петербург (близкое к нем. Sankt Petersburg). Помимо официального названия, в народе появилось сокращенное, на русский манер «Питер-град» или просто «Питер».
Поскольку этот город начал строиться во время Северной войны (17001721 годов), первым и главным сооружением в нем стала крепость («фортеция»). Она была заложена в дельте реки Невы в нескольких километрах от Финского залива на Заячьем острове. Дата закладки Петропавловской крепости официально считается днем основания выросшего из него города. Существует распространенная легенда о том, что ее первый камень заложил лично царь Петр и что во время этого события в воздухе был замечен орел. Однако данные утверждения не подтверждаются однозначно источниками: орлы в этой местности не водятся, а царь, вероятнее всего, в это время находился в Лодейном поле, где строились корабли для будущего Балтийского флота.
Возведение основных городских построек шло за пределами крепости по берегам реки Невы. Для этого осушались расположенные в ее дельте болота. Работы по строительству нового города проходили под руководством, приглашенных Петром I в Россию, иностранных инженеров. С целью ускорения возведения каменных домов в Санкт-Петербурге, Петр I запретил каменное строительство по всей России, кроме него. Каменщики были вынуждены прибывать на работы в «Северную столицу». Кроме того, с каждого въезжавшего в этот город воза брался «каменный налог»: надо было привезти с собой определенное количество камней или заплатить специальный сбор. Для работы на строительстве нового города со всех окрестных областей в него прибывали крестьяне.
С 1712 года европейской столицей Российского государства был провозглашен город Санкт-Петербург. Из Москвы в него были переведены все официальные учреждения и царский двор. Это уникальный в мировой истории казус, когда столица одного государства (России) на протяжении девяти лет находилась на территории формально другого государства (Швеции) перенос состоялся до присоединения земель к России по Ништадтскому договору.
Во время царствования Петра II российская столица была временно возвращена из Санкт-Петербурга в Москву. Официально «Северная Пальмира» оставалась главным городом России до 1918 года.
Осуществленный Петром I перенос столицы в, располагавшийся в тот момент практически за пределами российского государства, Санкт-Петербург можно считать форматом пространственного и политического воплощения идеи культурно-государственного «эксцентризма», согласно которой, центр конструируемой религиозно-политической и культурной модели переносится за пределы своего государства. Этим действием Петр I декларативно повернул столицу России к Европе. Современниками географическое положение и Москвы начало восприниматься как полемическое противопоставление «западного» Петербурга «восточной» Москве.
Основание новой столицы на западном рубеже государства стало определяющим всей дальнейшей судьбу города в историко-политической реальности России и ее культурно-государственной мифологии. Начиная с этой эпохи противоположные характеристики древнее/новое, историческое/мифологическое, получали черты противопоставления концентрического/эксцентрического, исконного/чужеземного. Из этого противопоставления следовала антитеза двух коренных государственно-культурных моделей.
После закладки и начала строительства Петропавловской крепости продолжилось возведение и других оборонительных сооружений. В декабре с целью оградить Петропавловскую крепость от артобстрела с противоположного берега, 1706 Петр I издал приказ о строительстве Кронверка, а двумя годами ранее было заложено Адмиралтейство.
В первые годы гражданское строительство шло медленно, но уже в 1703 году появляется Домик Петра I, в 1704 году Троицкая церковь и Гостиный двор, носивший в то время название «ростовские ряды», потому что большинство торговцев было из Ростова.