На это государь ответил:
Петр Аркадьевич, я вас очень прошу принять этот пост.
Ваше величество, не могу, это было бы против моей совести.
Тогда я вам это приказываю.
Столыпину ничего не оставалось делать, как только принять назначение.
П. А. Столыпин министр внутренних дел, с супругой. (1906 г.)
Ко времени его вступления в должность министра внутренних дел 26 апреля 1906 года, то есть ко времени начала его широкой политической деятельности, ему было 44 года. Это был мужественный, почти богатырского сложения человек, с привлекательным, величаво-спокойным, внушавшим невольное доверие и уважение лицом.
Начало его работы на новом посту совпало с началом работы I Государственной думы, которая была в основном представлена левыми, с самого начала своей работы взявшими курс на конфронтацию с властью. Столыпин оказался хорошим оратором, а некоторые его фразы становились крылатыми. Всего на посту министра внутренних дел Столыпин выступал перед депутатами I Государственной думы трижды. При этом все три раза его речи сопровождались шумом, криками и выкриками с мест «Довольно», «Долой», «Отставка».
Столыпин изначально дал понять, что «надлежит справедливо и твердо охранять порядок в России». Отвечая на упреки о несовершенстве законов и, соответственно, невозможности их правильного применения, он произнес фразу, которая получила широкую известность: «Нельзя сказать часовому: у тебя старое кремневое ружье; употребляя его, ты можешь ранить себя и посторонних; брось ружье. На это честный часовой ответит: покуда я на посту, покуда мне не дали нового ружья, я буду стараться умело действовать старым».
О революционности Думы говорит ее отказ принять к требованию общей политической амнистии поправку депутата М. А. Стаховича, осуждавшую террор против власти. На его доводы о том, что на 90 казненных за последние месяцы приходится 288 убитых и 388 раненых представителей власти, большей частью простых городовых со скамей левых кричали: «Мало!»
Председатель Совета Министров, Статс-Секретарь П. А. Столыпин (1907 г.)
Такое противостояние между исполнительной и законодательной властью создавало трудности для выхода из послевоенного кризиса и революции. Последним решением Думы, которое окончательно склонило царя к ее роспуску, стало обращение к населению с разъяснениями по аграрному вопросу и заявлением, что она «от принудительного отчуждения частновладельческих земель не отступит». 8/21 июля 1906 года I Государственная дума была распущена императором. Столыпин заменил И. Л. Горемыкина на посту председателя Совета министров с сохранением должности министра внутренних дел.
На посту премьер-министра Столыпин действовал весьма энергично. Его запомнили как блестящего оратора, многие фразы из речей которого стали крылатыми, человека, справившегося с революцией, реформатора, бесстрашного человека, на которого было совершено несколько покушений.
Отношения Столыпина со II Государственной думой были весьма напряженными. В законодательный орган власти входило более сотни представителей партий, которые напрямую выступали за свержение существовавшего строя, РСДРП и эсеры, чьи представители неоднократно устраивали покушения и убийства высших должностных лиц Российской империи. Польские депутаты выступали за выделение Польши из Российской империи в отдельное государство. Две самые многочисленные фракции Думы, кадетов и трудовиков, ратовали за принудительное отчуждение земель у помещиков с последующей передачей крестьянам.
Члены революционных партий, ратовавших за смену государственного устройства, попав в Государственную думу продолжали заниматься антигосударственной деятельностью, о чем вскоре стало известно полиции, руководителем которой являлся Столыпин. 7 мая 1907 года он обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против него самого.
Правительство предъявило Думе ультиматум, требуя снять депутатскую неприкосновенность с предполагаемых участников заговора, предоставив Думе кратчайший срок для ответа. После того, как Дума не согласилась на условия правительства немедленно и перешла к процедуре обсуждения требований, царь, не дожидаясь окончательного ответа, 3 июня распустил Думу. Акт 3 июня формально нарушал «Манифеста 17 октября» и Основные законы 1906 года, в связи с чем противниками правительства был назван «Третьеиюньским государственным переворотом».
Следующим шагом, который предпринял Столыпин для нормализации политической жизни в стране, стало изменение избирательной системы. Взаимоотношения Столыпина с III Думой представляли собой сложный взаимный компромисс, который позволил правительству под руководством П. А. Столыпина укротить революцию и заняться проведению реформ.
Во время революционных событий 19051907 годов были осуществлены десятки тысяч террористических актов, в результате которых погибло более 9 тысяч человек. Столыпин лично столкнулся с актами революционного террора. В него стреляли, бросали бомбу, направляли в грудь револьвер, революционеры приговорили к смерти путем отравления единственного сына Столыпина, которому было всего 2 года.
Среди погибших и пострадавших от революционного террора были родные, друзья и ближайшие знакомые Столыпина. И во многих случаях убийцам удалось избежать смертной казни вследствие судебных проволочек, адвокатских уловок и гуманности общества.
19 августа 1906 года был принят «Закон о военно-полевых судах». Он предусматривал отдавать преступников под суд в течение суток после акта убийства или вооруженного ограбления. Рассмотрение дела в суде не более двух суток, приговоры утверждаются командующими военными округами и выполняются в течение 24 часов.
Закон о военно-полевых судах не был внесен правительством на утверждение в III Думу и автоматически потерял силу 20 апреля 1907 года. В итоге, вследствие принятых мер, революционный террор был подавлен, перестал носить массовый характер, проявляясь лишь единичными спорадическими актами насилия. Государственный порядок в стране был восстановлен.
Разгром революционного движения позволили П. А. Столыпину приступить к реализации своей основной реформы аграрной. Началом реформы явился указ от 9 ноября 1906 года «О дополнении некоторых постановлений действующего закона, касающихся крестьянского землевладения и землепользования». Указом был провозглашен широкий комплекс мер по разрушению коллективного землевладения сельского общества и созданию класса крестьян полноправных собственников земли.
П. А. Столыпин со своим семейством на террасе Елагинского Дворца (1907 г.)
Особое значение Столыпин уделял восточной части Российской империи. Политика Столыпина относительно Сибири состояла в поощрении переселения на ее незаселенные просторы крестьян из европейской части России. Это переселение было частью аграрной реформы.
Со второй половины 1909 года наступило время думского затишья. Наладившаяся в ней работа не вызывала более необходимости выступлений Председателя Совета Министров. Общее успокоение страны требовало тоже меньшей затраты его сил. Свою кипучую энергию Столыпин мог поэтому еще с большей силой направить на созидательную деятельность. Наибольшее его внимание было, как и раньше, обращено на реализацию закона о землеустройстве. К этому времени относятся его поездки по разным местностям России для ознакомления с землеустроительными работами и осмотра новых отрубных и хуторных хозяйств; поездка в Сибирь на Амурскую дорогу и поездки в Полтаву и Киев. За это же время он принимал участие во многих мелких делах. Так, он принял участие в борьбе с холерой, в работах по водоснабжению г. Петербурга и т. п.