Вскоре Япония, развивавшая энергичную промышленную и политическую работу в Корее, была встревожена явным поползновением России на эту страну. Повод к такой тревоге давала лесная концессия на пограничной с Манчжурией р. Ялу, полученная частной компанией во главе со статс-секретарём А. Безобразовым. Япония выступила тогда с поддержкой США, с неудовольствием смотревших на появление нового конкурента на тихоокеанском торговом просторе, и Англии, крайне раздражённой русскими интригами в Тибете. После ряда настойчивых представлений со стороны этих держав, Россия согласилась очистить Манчжурию и назначила даже срок эвакуации 3 октября 1903 г.
С 1901 г. в руководящих сферах России боролись два течения: одно, которое почти единолично представлял Витте, стояло за сближение с Англией, другое, по меткому выражению генерал-губернатора М. И. Драгомирова, гонявшееся за «маньчжурским, корейским, монгольским, тибетским и персидским зайцами»31, прислушивалось к внушениям из Берлина, толкавшему Россию на азиатский восток, на повсеместное столкновение с английскими интересами. К этой же эпохе принадлежит немаловажный эпизод и в русских отношениях с Японией. В это время там также боролись две партии, одна за войну, другая за соглашение с Россией. Великолепным поводом к соглашению и сближению с Японией была в этот момент нужда японского правительства в займе, на основе которого главный сторонник примирительной политики, премьер-министр маркиз Ито в ноябре 1901 г. предлагал мирный раздел сфер влияния. Но в Санкт-Петербурге местные «империалисты» затянули дело; после бесплодных переговоров Ито уехал в Лондон. Там заем был немедленно заключен. Уже 15 января Англия заявила в Пекине, совместно с Японией, протест против русской оккупации Манчжурии, а 30 января был подписан англо-японский союз о «нейтралитете» в случае войны одной из сторон с третьей державой.
Лондон методично подталкивал Японию к войне, признавая «несомненные» японские стратегические и экономические приоритеты в Корее и Манчжурии. 20 марта 1902 г. Франция дала вместе с Россией ответ на англо-японскую ноту, который, к несчастью, давал повод думать, что в случае войны Россия может рассчитывать на свою союзницу. Весь 1903 г., то замирая, то обостряясь, шли между Россией и Японией переговоры об эвакуации Манчжурии. До последнего момента дело можно было покончить миром, истолковав в смысле желаний Японии соглашений 1898 г. о Корее. Но мирный исход предприятия никак не устраивал Лондон.
19 января французскому и лондонскому кабинетам, наконец, было сообщено, что Россия представляет Японии всю Корею и открывает всю Манчжурию для международной торговли, но с условием, чтобы японцы не возводили укреплений на Ялу и на корейском побережье. На следующий день, при открытии парламента в тронной речи прозвучали слова, что английское правительство считает невозможным не принять русского предложения.
Война, казалось, предотвращена. Донесение японского посла было получено в Токио 21 января. Стоявшая у власти военная партия вняла указаниям из Лондона, что английское правительство будет поставлено в необходимость поддержать мирное разрешение конфликта. 22 января императорский совет решил прервать переговоры, ссылаясь на затяжки со стороны России. Это формально было исполнено 24 января, за несколько часов до получения русской ноты, о скором прибытии которой знали.
Уже в 1903 г. становилось очевидно, что японские правящие круги действительно готовятся к войне. Сам Николай II смотрел на Японию и на возможности с ней военного конфликта несколько снисходительно: «Всё-таки, это не настоящее войско, и если бы нам пришлось иметь с ними дело, то от них лишь мокро останется». Вместе с тем, возникла идея маленькой победоносной войны, которая приподнимет в глазах общественности моральный вес власти, отчего мирное разрешение дальневосточной проблемы Николай II всё время оттягивал.
В ночь на 27 января 1904 г. 10 японских эсминцев внезапно атаковали русскую эскадру на рейде Порт-Артура и вывели из строя 2 броненосца и 1 крейсер. Утром следующего дня в корейском порту Чемульпо японская эскадра в составе 6 крейсеров и 8 миноносцев напала на крейсер «Варяг» и канонерку «Кореец». Лишь 28 января Япония объявила войну России.
В ряде западных стран не скрывали ликования. Лондонская «Таймс» писала 19 февраля: «Сказка о японском предательстве, несомненно, пущена в оборот Россией для домашнего употребления, и она не обманет никого даже в странах, благоприятно относящихся к России»32. Американская «Нью-Йорк Таймс» 13 февраля отметила, что «практика официального объявления войны вышла из употребления»33. (Когда в декабре 1941 г. японцы также вероломно нанесут удар по американской военной базе Пёрл-Харбор, то «Нью-Йорк Таймс» будет неистовствовать по поводу «варварства» и нарушения Японией «международного права»).
Война оказалась не удачной для России, которая переоценила возможности своего вооружения на Дальнем Востоке, возможности по переброске войск и способности своих военачальников, и недооценила Японию, на стороне которой выступили Англия и США, предоставлявшие ей сырье, вооружение и финансовую поддержку, выгодный для нее геополитический фактор, но главная причина в том, что Россия к войне не готовилась, считая, что японцы «не посмеют»34.
Японское командование разработало план, в соответствии с которым японская армия должна была нанести серию молниеносных ударов по русским силам, захватить главнейшие пункты русской армии и закончить войну её полным разгромом за несколько недель. Несмотря на то, что закончить войну за несколько недель не удалось, в целом этот план оказался действенным.
13 апреля вице-адмирал флота С. Макаров вывел свою эскадру на внешний рейд для боя с противником, надеясь заманить его под обстрел береговых батарей. Но уже в самом начале сражения корабль «Петропавловск» взорвался на мине и затонул. Погибла большая часть команды, сам командующий С. Макаров и весь его штаб. Новый главнокомандующий адмирал Е. Алексеев отказался от активных боевых действий на море.
Боевые действия на суше складывались также неудачно для русской армии. В феврале-апреле японский десант, не имея должного сопротивления, высадился в Корее и на Ляодунском полуострове, в мае он отрезал от основных сил крепость Порт-Артур. Оборона этой крепости продолжалась 157 суток, выдержав шесть штурмов. 50-тысячной армии гарнизона противостоял почти 200-тысячная японская армия. 20 декабря 1904 г., вопреки решению совета обороны, генерал А. М. Стессель сдал японцам крепость (за что был приговорён военным судом к смертной казни, но помилован императором Николаем II). В августе 1904 г. состоялось сражение при Ляояне, где русская сторона потеряла 17 тыс., а японская 24 тыс. человек. Через месяц на реке Шахэ в сражении русские потеряли 42 тыс., японцы около 30 тыс. человек. Самым кровопролитным яростным на суше стало сражение при Мукдене в феврале-марте 1905 г. Русская армия потерпела поражение и потеряла около 80 тыс. человек, японцы около 70 тыс. человек.
На море особо неудачным для России стало сражение в Корейском проливе около островов Цусима (Цусимский бой) в мае 1905 г., где японский флот нанёс поражение русской военной эскадре под командованием вице-адмирала З. П. Рожественского. Цусимский разгром русского флота произошёл в день коронации Николая II 14 мая. Некоторыми современниками это было воспринято, как плохое предзнаменование его царствования. После Цусимского сражения наступило затишье. К этому времени Япония, хотя и одержала серию побед, но её ресурсы были исчерпаны и, наоборот, потерпев ряд неудач на полях сражений, Россия отнюдь не была повержена. К весне 1905 г. на Восток были переброшены большие силы. Общая численность военных превышала миллион человек. В военном отношении Россия могла продолжать войну и добиться реванша за предыдущие неудачи. Но общая ситуация в стране к середине 1905 г. складывалась неблагоприятно. В стране начиналась общественная смута.