Ключевым событием в идеологической жизни страны стала публикация нового курса истории ВКП(б). Осенью 1938 года в газете «Правда» начала выходить «История ВКП(б). Краткий курс», вскоре появившаяся отдельным изданием и затем многократно переиздававшаяся многомиллионными тиражами.
На фоне идеологической и методологической перестройки советской исторической науки прошел ряд ключевых дискуссий по узловым историческим проблемам. Центральное место среди них занял спор о характере социально-экономического строя Киевской Руси. В ходе дискуссии вырабатывались критерии классового подхода, ставился вопрос о взаимоотношениях базиса и надстройки, обсуждались проблемы становления и развития формаций применительно к русской истории. В 1933 году Б. Д. Греков в ГАИМК представил доклад «Рабство и феодализм в Киевской Руси», в котором отстаивал положение, согласно которому славяне, подобно германцам, перешли к феодализму, минуя рабовладельческую стадию. Тогда это утверждение вызвало активную полемику, в ходе которой выделились две основные группы: сторонники грековской схемы ранней феодализации древнерусского общества и поборники обязательного рабовладельческого этапа в отечественной истории (П. П. Смирнов, И. И. Смирнов и др.). Второй этап дискуссии прошел в 19391940 годах и был связан с выступлениями А. В. Шестакова и Б. И. Сыромятникова, ратовавших за признание рабовладельческим социально-экономического строя Киевской Руси.
В дискуссии была и идеологическая подоплека. Дело в том, что синхронизация исторического развития России и Западной Европы рассматривалась как научное обоснование неизбежности социалистических революций в Европе. Отталкиваясь от постулата об универсальности формационной теории, советские лидеры рассматривали победу большевизма в Советском Союзе как первую ласточку в череде глобального формационного обновления при переходе от капитализма к социализму. Наконец, играли важную роль и сугубо патриотические соображения. Построение социализма «в отдельно взятой стране» требовало культивирования идеи о том, что русская история развивалась в одном русле с общеевропейской. Поэтому мнение о том, что в Древней Руси господствовало рабовладение, в то время как на Западе установился классический феодализм, могло расцениваться как утверждение об отсталости Руси. В то же время сторонники трактовки социально-экономического строя Древней Руси как рабовладельческого стремились представить себя борцами за сохранение чистоты марксистско-ленинского учения и доказать, что формационная теория является универсальной и никакие отклонения от этой исторической схемы невозможны. Концепция Б. Д. Грекова победила просто потому, что лучше соответствовала духу времени.
Другой сотрудник ГАИМК, В. В. Струве, сформулировал теорию рабовладельческого характера обществ Древнего мира: государств Месопотамии, Египта и др. Принято было говорить и о рабовладельческом характере Античности.
На протяжении всего десятилетия накануне Великой Отечественной войны шла трансформация исторической политики сталинского режима. Она становилась все более популистской и интегрирующей различные идеологические компоненты. Д. Бранденбергер писал:
Отмежевываясь от строгого использования идеалистических и утопических лозунгов, Сталин и его соратники постепенно перекроили себя под государственников и начали выборочно реабилитировать известные личности и общепризнанные символы из русского национального прошлого. Ранние марксистские лозунги были интегрированы в реконцептуализированную историю СССР, делавшую значительный акцент на русских аспектах советского прошлого. В то же самое время главный нарратив был упрощен и популяризирован, чтобы максимально увеличить его привлекательность даже для самых малообразованных граждан СССР.
Война на короткое время заставила оставить противоречия в среде историков. Перестройка на «военные рельсы» исторической науки наглядно демонстрирует деятельность Института истории АН СССР. В качестве приоритетных были намечены две задачи: концентрация усилий на разгроме врага и воспитание советского патриотизма. Исследования велись в следующих направлениях:
1. Проблемы, связанные с разоблачением фашизма. 2. Проблемы, посвященные героическому прошлому нашей страны. 3. Проблемы, посвященные истории русской культуры. 4. Проблемы, посвященные истории славянских стран. 5. Проблемы, связанные с разъяснением роли антигитлеровской коалиции и отдельных ее участников как наших союзников и друзей по осуществлению исторической задачи разгрома гитлеровской Германии.
Естественный рост патриотических настроений в годы войны стал питательной почвой для все более решительного поворота исторической науки в сторону патриотизма и своеобразного национал-большевизма. 31 марта 1944 года в Управлении агитации и пропаганды ЦК ВКП(б) прошло совещание, посвященное положению на идеологическом фронте. Несмотря на высокую интенсивность идеологической работы, было признано, что сделано недостаточно. Начальник Управления агитации и пропаганды ЦК ВКП(б) Г. Ф. Александров обозначил организационные планы на будущее. В частности, он предлагал организовать Академию общественных наук для подготовки кадров. В этот же день Александров отправил письмо на имя начальника Главного политического управления РККА А. С. Щербакова с подробными предложениями по улучшению пропагандистской работы. Заметное место в нем уделялось вопросам исторической науки и преподаванию истории в вузах. Признавалось, что преподаватели недостаточно освещают студентам героическое прошлое Родины. Среди некоторых преподавателей «появилась в последнее время тенденция поменьше говорить о классовой борьбе в истории СССР и рассматривать деятельность всех царей, как деятельность прогрессивную». Некоторые из них, утверждалось в письме, увлеклись буржуазной историографией и игнорируют марксистскую.
Несмотря на это, в военное время произошло относительное ослабление идеологического давления на историческую науку в том смысле, что быстрое изменение идеологии еще накануне войны, поворот к традиционным ценностям, который тем не менее не отменял коммунистической риторики, привели к некоторой идеологической неопределенности. Многие историки по-своему трактовали сложившуюся ситуацию. Например, Е. В. Тарле прочел лекцию, в которой утверждал, что нельзя рассматривать завоевания Российской империи с негативной точки зрения, поскольку именно большая территория, приобретенная в ходе экспансии, теперь позволяет успешно воевать Советскому государству. В принципе, историк в значительной мере развивал мысли Сталина, высказанные им в статье, критиковавшей позицию Ф. Энгельса. Но его лекция вызвала протест А. М. Панкратовой, которая усмотрела в ней отход от марксизма.
Апогеем конфликта стало совещание историков в ЦК ВКП(б) в 1944 году. Формально инициатором встречи была А. М. Панкратова, написавшая письмо в ЦК с просьбой разобраться с возмутительными, по ее мнению, случаями апологетики царской России и неверными трактовками отдельных событий. Она писала, что в исторической науке все громче звучат требования о пересмотре марксистского понимания истории, что эти требования главным образом исходят от представителей «школы Ключевского», которые «теперь открыто гордятся своей принадлежностью к этой школе». Инициатива Панкратовой пришлась кстати: во властных кругах давно зрела идея созыва собрания историков, на котором можно бы было обсудить ключевые идеологические проблемы.