В 155556 г. составлен «Государев родословец» родословные книги, генеалогические записи о происхождении, родственных связях и службе предков княжеских и боярских фамилий. Велись с 40-х г. 16 века, но в 1682 г. уничтожены. В 1687 г. в Палате родословных дел создана Бархатная книга. С 16 века боярские списки, именные перечни по чинам членов Государева двора с пометами об их служебных назначениях, пожалованиях, местонахождении и пригодности к службе, составлялись в Разрядном приказе, сводились в боярские книги. Боярские книги, своды именных перечней по чинам членов Государева двора с указанием их поместных и денежных окладов составлялись в Разрядном приказе. Боярские книги упоминаются с начала 17 века, (записи до 17 века уничтожены).
Полагают, что в 1682 г. были сожжены Разрядные книги «Государевы разряды», своды записей (разрядов), назначений на военные, гражданские должности и придворную службу в 16 начале 18 веков. Они велись Разрядным приказом, который ведал служилыми людьми, военным управлением, а также «украинными» районами государства, жалованьем дворян. Через него осуществлялось руководство военными действиями, распределение служилых людей по полкам, назначение полковых и городовых воевод и т. д.
Разрядный приказ был упразднен в 1711 г. Видимо тогда, а не в 1682 г. и сожжены все его архивы.
Уничтожены все дела Приказа Большого Дворца это дела государева двора, дворцовых волостей, а с 1619 г. и Патриархии, непосредственно касавшиеся управления страной до 1676 г. (С. Веселовский. Т 1.)
Полностью был уничтожен и архив Костромской чети, а ведь ее документы касались престолонаследия, избрания Михаила Романова на престол и дел ополчения 161113 г. (но и те документы, что сохранились в архивах других ведомств являются одними из важнейших для изучения Смуты). (Г. В. Вернадский. Россия в средние века.)
Из дел Казачьего приказа (с 1613 г. ведал делами с казаками) и Челобитного приказа (с 1615 г. ведал земельными пожалованиями) «сохранилось лишь несколько столбцов», остальные уничтожены. (А. Л. Станиславский)
Утрачены посольские книги об отношениях с другими государствами, столбцы соответствующих книг тоже не сохранились.
Утрачены книги о взаимоотношениях с Астраханским ханством. В Описи архива зафиксированы книги 150817 г., 152134 г. В посольской книге по связям с Ногайской Ордой 154849 г. имеется запись о приезде от астраханского царя посла Халкомана «лета 7058», отмечено, что приезд «писан в астароханских книгах». Следовательно, они исчезли позднее.
Утрачены «книги тюменские» по сношениям с Тюменским ханством, которое находилось на реке Терек. Известно, что летом 1551 г. прибыл тюменский князь Бибарс Растов, в декабре 1556 г. приезжали тюменские послы и вслед послы 1559 г. и 1560 г.
Не сохранился комплекс посольских книг по связям с Казанским царством. В ногайской посольской книге под 1501 г. есть упоминание о «казанских тетратех». Существовали «5 тетратей» о связях с казанским царем Шиг-Алеем (155264 г.) и дипломатических отношениях царей Федора Ивановича и Михаила Федоровича с касимовским царем Арсланом Али (15851614 г.). За десять лет 155867 г., русские послы шесть раз отправлялись к кабардинскому князю Темрюку Айдаровичу, однако о посольских книгах сохранилось только упоминание.
Утрачены «сибирские книги» 155563 г.
Отдельный комплекс представляли «книги цысаревых послов и францовского магистра вулфьянковых послов отписки», существовали книги «шамохейские» с материалами посольств из Шемахи.
Лишь семь книг 16691742 г. характеризует связи с Бухарским ханством. Утрачены документы 15491644 г.
Сохранилось шестнадцать «иверских» посольских книг 15861700 г. Имеется свидетельство о более ранних документах 14911577 г.
В настоящее время исследователи располагают 82 посольскими книгами об отношениях с Крымом 14741695 г. Не сохранились книги 154044 г. и 154962 г. Исчезли «тетради гирейские» о взаимоотношениях с Крымом времен правления дома Гиреев.
По связям с Калмыцким ханством сохранилось семь посольских книг 167284 г. Не сохранились 161872 г., 16771683 г., 16851719 г.
По связям с Ногайской Ордой имеется 12 книг 14891659 г. Не сохранились 152334 г., 157176 г., 158385 г., 161957 г.
По Империи сохранилось 49 книг за период с 14881698 г. Существовала еще более ранняя посольская книга «лета 6993-году по лето 7035-й год» (14851527 г.). Наиболее значительные лакуны приходятся на периоды с 151975 г. и 160053 г.
По связям с Англией имеется 20 посольских книг15811688 г. Хронологические лакуны приходятся на периоды с 15931613 г. и 162162 г.
По связям Посольского приказа с греческим православным духовенством дошло 12 книг 15091694 г. Наибольшая лакуна приходится на 15941627 г.
По Дании в наличии 24 посольские книги 15591698 г., есть лакуны в 38 и 15 лет. Но есть данные о существовании более ранних книг с «лета 7001-го по 7009-й» (14931501 г.).
В настоящее время существует пять посольских книг по связям с Молдавией и Валахией 164391 г. В архиве Посольского приказа хранились более ранние «книги волоские с лета 6990-го по 7080-го» (14821572 г.).
За период 15161689 г. сохранилось шесть посольских книг по связям России с Тевтонским орденом и Пруссией. Наибольшая хронологическая лакуна 15201650 г. В дополнение к трем существующим посольским книгам по связям с римской курией за 15761606 г., опись указывает на книги 152334 г.
По Швеции 129 посольских книг 15551699 г. Утрачены «Книги свейские с лета 6996-го по 7045-й год» (14881536 г.).
В настоящее время наличествуют 256 посольских книг, отражающих русско-польско-литовские отношения с 14871701 г. Посольские книги за 150514, 153849, 1572, 160510 г. годы утрачены. За период 15121699 г. сохранилось 28 турецких посольских книг.
Часть Актов Тихвинского монастыря, хранится в Архиве СПбИИ РАН, часть в Государственном архиве Швеции в Стокгольме, куда они поступили в дар от шведа. В 1919 г. Тихвинский монастырь был превращен в коммуну, и началось разграбление монастырских хранилищ. Краевед И. Мордвинов писал о состоянии монастырской библиотеки: «В монастырской библиотеке я положительно опустил руки. Здесь больше сотни коробок со столбцами, и в каждой коробке тоже целые сотни. Навалены кучами. Несколько шкафов с архивными документами, в связках сотни тетрадей. Библиотека в хаотическом беспорядке, все разбросано кое-как. В монастырской библиотеке было сделано много хищений. Сырость ужасная. В одном углу провалился потолок, течет на рукописи, они гниют. Столбцы целыми мешками высылались в Устюжну кому-то на прочтение: были ли возвращены оттуда неизвестно».
Новгородский Оккупационный архив, хранимый в Государственном архивe в Стокгольме, уникален своим объемом и своей древностью. Весь объем составляет около 30 000 листов. Он относится к 161117 годам, когда шведские войска находились в Новгороде. Оккупационный архив считается самым целостным комплексом русских государственных документов такого раннего периода, сохранившимся до наших дней. Полагают, что в 1617 г. воевода Якоб Делагарди велел отправить архив в Ингерманландию. В городе на Неве он хранился до конца 17 века, когда его переправили в Стокгольм, в Государственный архив.
Смоленский архив, относится к 160910 г., и отражает делопроизводство воеводской избы. Он содержит около 1000 листов, в виде столбцов. Поляки увезли архив в Польшу. В середине 17 века архив был захвачен шведскими войсками в Варшаве. В Швеции он попал в библиотеку полководца Карла Густава Врангеля. В 1893 г. все рукописи библиотеки были переданы в Государственный архив. В России такие архивы уничтожены.