С опаской к Евгению относится и Николай Петрович, питающий к нему скорее непонимание и отчуждение, чем презрение и ярую неприязнь. Николай чужд спорам и вражде, питает склонность к мирному созерцанию природы. Все действия его сдержанны, и в нем не пылает вулкан, как в брате. Он с твердостью и без особого презрения просит Базарова уехать, после чего уже не погружается в мысленное противоборство с чуждым ему человеком.
Другими последователями Базарова, по-своему понявшими его учение, являются Ситников и Кукшина. Ситников есть слабый духовно, не имеющий сил справиться даже с мелкими трудностями жизни человек; он не ощущает своего высокого предназначения и влачит низменное существование, пребывая во власти своей жены. Для него явление Базарова, предложившего отрицание авторитетов и свободу от «предрассудков», оказалось спасительным от непонятной ему жизни средством. Он знакомит Базарова с Кукшиной, которую описывает как женщину, принявшую взгляды Базарова и ведущую подобающий им вольный образ жизни. Но неблаговидный вид Кукшиной отталкивает Базарова: пустота ее неспокойной души, развязность и небрежность в поведении, свидетельствующие о непостоянстве ее характера и отсутствии великой всеупорядочивающей мысли, грубость в душе Кукшиной, явившаяся следствием окружавших ее беспорядка и неустроенности, не могли оставить в душе Базарова, чуждого, однако ж, принципов и предубеждений, высокого представления о ней. Несовместимость взглядов Кукшиной и Базарова впервые проявляется в их разговоре при обсуждении положения женщин, принижаемых, по взгляду Кукшиной, Базаровым. Однако никакое разногласие не способно сильно повлиять на Кукшину, увлекаемую вечно непостоянным потоком мыслей, словно носимых ветром по бушующим волнам моря. Кукшина очарована не столько философией Базарова, сколько его смелым отрицанием всяких принципов и ценностей, позволяющим ей оправдывать перед собой свой развязный и порочный образ жизни, не останавливаясь перед вином и праздностями и не стремясь к положительным переменам в жизни. Таким образом, перед Базаровым открывается живой пример неблагоприятного и гибельного влияния его вольнолюбивого учения, не призывающего к духовному совершенствованию и помышлению о великом. Через события жизни главного героя небеса представляют перед Базаровым не только крайности и противоречия провозглашаемого и несомого им в мир учения, но и его бессмысленность и пагубность для человека, ищущего источник внутренних сил извне.
Базаров, представляющий себя познавшим естественные законы, по которым существует мир, и открывшим заветную истину, сокрытую от других людей, действительно оказывается проницательным человеком, понимающим стремления своего народа и видящим душу простого человека. На такую способность Евгения, лекарского сына, указывает, главным образом, его разночинное происхождение. Все в доме Кирсановых привыкают к Базарову, и слуги даже принимают его за своего брата: подобное отношение имеют к Евгению Петр и дворовые мальчишки, ценящие в нем докторские познания. Базаров не равнодушен к бедственному положению народа, ибо видит болезненные последствия необразованности и суеверности крестьян, держащихся древнего и нелепого представления о земле, будто бы лежащей на спинах животных, о мифических существах, населяющих ее, и сверхъестественности природных явлений, не знающих ни чтения, ни письма. Полагая причиной сего невежества патриархальность народа, превозносимую, напротив, Павлом Петровичем, Базаров только уверяется в своем призвании бороться с заблуждением и, вооружившись в непробиваемые одежды воина и защитившись от своих врагов мечом разума и стрелами обличения, видит своим достойным противником Павла Петровича.
Утомившись от внутренней борьбы с миром, Евгений встречает новое испытание в своей жизни, которое проявляется в его неспособности справиться с любовной страстью к Анне Одинцовой. Первый раз он встречает ее на балу и при столкновении с ней ощущает неуверенность, свидетельствующую о его неравнодушном отношении к героине. Сей испуг и невольная робость вызывают у Базарова недовольство самим собой, и он, желая подавить внезапно вспыхнувшие чувства, принимает приглашение Одинцовой в гости. Во время очередной встречи он ощущает новую страсть, вспыхнувшую в нем, о существовании коей он не мог представить вследствие отрицания любви и всех ее проявлений. Высказывая свое презрение к романтическому в разговоре, Базаров замечает романтика в самом себе и не может побороть сие душевное противоречие столкновение его убеждений с реальностью. В душе своей Евгений ощущает невозможность избавления от страсти, полностью захватившей его существо, и с удивлением осознает, что отвернуться от Одинцовой не имеет сил. Базаров решается излить свои любовные чувства перед возлюбленной, к коей вместе с тем питает и некоторое презрение из-за возобладавшей над ним ее притягательной силы; он не получает взаимности и потому начинает стыдиться своего поступка, своей слабости перед страстью, противной духу его отрицающего любовное пламя учения. Он понимает, что Одинцова не приемлет его воинственную, стремящуюся к схваткам натуру, обладая сама нравом тихим и мирным. И вот высшее провидение бросает душу Базарова в огонь непримиримой внутренней борьбы с самим собой. Тогда, не смея обратить очи к небу, герой уже слышит трубный звук торжествующего времени, призывающего его к принятию поражения и воздаяния. Базаров бежит от громового гласа, сотрясающего основания его учения и уличающего героя в отступлении от своих же взглядов. Любовь, презираемая им, настигла нигилиста, душевное терзание, неведомое прежде, охватило его всего и повергло ниц к разрушенному молнией истины основанию учению. Он был вынужден выйти за ограждение, самим установленное, и ощутить чувства, свойственные всякому из сынов человеческих. Ощутив собственную немощь, герой не захотел положиться на небо и принять потерянную истину как ниспосланную свыше весть.
И вот, оказавшись за пределами своего мировоззрения, в безысходном и изнурительном блуждании по пустыне, Базаров принимает поражение и, сраженный насланным небом наказанием, уже ощущает приближение скорой смерти. Евгений со стойкостью дожидается часа, когда с него спадут тяжелые доспехи, в которые он самовольно облек себя для войны с миром. Величественная мантия самолюбия, прежде укрывавшая от взоров людей его уже ослабевшую душу, спадает с героя, и он, лишившись земной опоры в последние дни своей жизни, взывает к Одинцовой, могущей еще вдохнуть в него жизнь и духовно поднять со смертного одра. «Великодушная! шепчет он. Ох, как близко, и какая молодая, свежая, чистая» Базаров ощущает прилив живительных сил, пытается насладиться последними радостями в своей земной жизни, в изнеможении протягивает руки к приятному существу, желает получить те возвышенные чувства, которые входят в одухотворенный разум человеческий. Настал час раскаянья в заблуждении и готовности принять божественное слово с неба, неслышимое при жизни, но уже поздно изменять свою сущность. Вот смерть уже стоит у подножия одра и приближает свой смертоносный лик к безмолвным устам впавшего в беспамятство, во мраке желая похитить пребывающую в теле душу. И настает тот миг, в который Базаров принимает распростертую над ним смерть. Да воссияет над такими свет и не покроет их тьма за содеянное на земле!