Для понимания особенностей жизни Парацельса необходимо помнить, что в то время в Европе свирепствовала Святая инквизиция и любая новая мысль, расходящаяся с Церковным догматом, могла привести на костер. В тоже время в Европе бушевал ураган свободомыслия: Мартин Лютер во главе протестантского движения выпустил на волю не только религиозную, но и научную мысль. В Европу активно проникали знания из Арабского мира. Эти знания в виде тайных доктрин привозили вернувшиеся на родину крестоносцы, их распространяли «новые испанские христиане» (принявшие христианство испанские евреи, которым был предоставлен выбор или крещение или депортация). Можно сказать, что научная мысль вообще и медицинская в частности вновь вернулась к интуитивно-мистическим представлениям. Существовали детально разработанные пособия по диагностике ведовства и одержимости демонами (достаточно вспомнить «Молот ведьм», опубликованный в 1487 году доминиканскими монахами Шпренгером и Иститориусом). По всей Европе на протяжении столетий пылали костры инквизиции, на которых сжигали заживо депрессивных больных с идеями самообвинения, лиц с истерическими расстройствами в сумеречном состоянии, параноиков с бредом преследования, да и зачастую, с индуцированным помешательством, охватывающим временами целые деревни (последняя «колдунья» погибла в 1782 году!).
Парацельс много писал, в ряду ставших классикой книг можно назвать: «Лабиринт заблуждающихся медиков» (1533), «Парамирум» (1562), «Философию» (1564), «Парамагнум» (1565), «Книгу о нимфах, сильфах, пигмеях, саламандрах, гигантах и прочих духах» (1566), «Великую астрономию» (1571), «Хроники Каринтии» (1575).
Парацельса считают отцом современной фармакологии. Разделяя взгляды Гипократа и Эмпидокла, он считал, что болезнь есть дисбаланс в организме человека химических элементов. Парацельс исходил из представления, что все вещества состоят из элементов, способных соединяться и разъединяться друг с другом. Как европейский алхимик, он верил в природу Троицы и подчеркивал вещественный характер трех начал: «горючести» «серы», «летучести» «ртути» и «огнепостоянства» «соли». Считая, что каждый из четырех элементов древних должен состоять из этих начал, он утверждал: «Каждый элемент состоит из трех начал: ртути, серы и соли». Ему принадлежит знаменитая фраза: «Все есть яд, и ничего не лишено ядовитости; одна лишь доза делает яд незаметным». Возможно, к подобному пониманию он пришел, обучаясь у мастеров итальянской медицинской традиции, которые вывели на качественно новый уровень гиппократовкое лечение ядами.
По мнению Парацельса, врач нуждается в алхимических знаниях, чтобы, опираясь на аналогию с болезнями минералов, диагностировать болезни людей. И сам врач является объектом алхимического процесса превращений, то есть подвергается воздействию архетипа трансформации. Позже об этом писал Юнг (1959): «Алхимия не просто химическое предприятие в нашем смысле, а быть может, в ещё большей степени философская процедура преобразования, то есть своеобразный вид йоги, поскольку и йога нацелена на душевные изменения. По этой причине алхимики и усматривали параллель между «transmutatio» и христианско-церковной символикой преобразования». Кроме того, врач должен быть и астрологом, так как вторым источником познания для него является небосвод, который по Парацельсу, не просто звёздное небо, а «corpus» суть видимого человеческого тела. Знание законов астрологии и влияния планет на человека для Парацельса важно, так как позволяет не только правильно поставить диагноз, но и определить методы лечения. Даже сам процесс изготовления лекарства зависит не только от свойств данного вещества, но и от временных характеристик, связанных с астрологией.
В тоже время Парацельс одним из первых обращает внимание на существование «душевных болезней». Он пишет: «Все болезни, за исключением тех, что вызваны механическими причинами, проистекают из невидимого, и об источнике их обычная медицина знает весьма мало. Люди, лишенные силы духовного восприятия, не способны постичь, что существует нечто такое, что невозможно увидеть Однако число болезней, возникающих по неизвестным причинам, значительно превышает число тех, что возникают по механическим причинам, и от таких болезней наши медики не знают лекарств, ибо, не ведая причин, они не могут устранить их». Сам Парацельс такие болезни предлагал лечить силой Природы, утверждая, что врач это лишь проводник этой силы. «Поскольку врач лучше всех других может славить и прославлять Бога, он должен и знать больше остальных». Совершенный врач, таким образом, есть «средство, через которое природа начинает действовать», (Юнг, 1958).
В трактате: «О невидимых болезнях» Парацельс изложил свои соображения по поводу болезней религиозного безумия (характерного для сект анабаптистов). Он отверг традиционный для своего времени подход к психически больным, обосновал никчемность и опасность распространенных в народе магических ритуалов. В данном сочинении он писал также о «порхающих фантазиях», толкающих человека на путь самоубийства и рекомендовал для предотвращения суицидальных тенденций вспомнить о Боге, который «для каждого положил пределы» и мобилизовать все силы души. Этим трактатом Парацельс начал длинную цепь исследований «тоталитарных сект», ставших визитной карточкой швейцарской психиатрии.
Праматерией Парацельс считал магнитную энергию, утверждая, что именно магнитная энергия рождает из небытия твёрдое вещество и все известные виды энергий. Кроме этого, магнитная энергия наполняет весь видимый мир, пронизывает собой звезды, планеты и человека. Парацельс полагал, что мозг человека в особом трансе с помощью магнитной энергии может управлять внешней средой и другими людьми, т. е. в основе психической энергетической силы человека лежит магнитная энергия, она же определяет и состояние физического здоровья.
Парацельс открыто выступал против догматизма в медицине, так, в Базельском университете на глазах изумленных студентов он сжёг сочинения Гиппократа, Галена и Авиценны (подобно тому, как Мартин Лютер за несколько лет до этого публично сжёг папскую буллу). Да и сам курс медицины читался Парацельсом на немецком языке, что было вызовом всей университетской традиции, обязывавшей преподавать только на латыни. А практические занятия он старался проводить у постели больного. «Не титул, не ораторское искусство, не чтение книг создают врача, утверждал он, но единственно знание вещей и сил природы». Несмотря на яркий афоризм (а он был мастером «красного словца»), менее всего Парацельса можно упрекнуть в чистом эмпиризме. Доминирующую концепцию его базельских лекций можно, по словам Весиака (1984), назвать «семиотикой, в центре которой находится пациент».
В 1541 году Парацельс по приглашению герцога Эрнста, архиепископа Зальцбургского и пфальцграфа Баварского переехал в Зальцбург. Как и великий Леонардо, Парацельс в конце жизни был удостоен покоя. Он поселился в маленьком красивом домике, где были хорошо оборудованная лаборатория и кабинет. Его патрон был не новичок в тайных науках и, несомненно, питал определенные надежды, связанные с Парацельсом. Возможно, речь вновь шла о философском камне, рецепт которого Парацельс якобы получил в Палестине. Архиепископ мог рассчитывать, что в благодарность за дарованный покой Парацельс перед смертью поведает ему тайну камня. Однако, все произошло совсем по-другому. Парацельс умер спустя полгода 24.09.1541 года. Дата его смерти в последствии породила большую дискуссию. Говорили, что в ней содержится Число Зверя (666) и это указывает на природу знаний ученого. Другие видели в этом знак того, что лишь в день наибольшей своей силы Дьявол смог справиться с Божьим Человеком, и в качестве подтверждения своей мысли приводили факт принятия ученым перед смертью католицизма. Существуют и версии о насильственной смерти Парацельса от яда (спровоцировавшего сердечный приступ), или в результате смертельной раны (на его черепе, исследованном через несколько столетий, была обнаружена трещина, проходящая через височную кость) (Garrison, 1929).