Чуть раньше в Париже, в госпитале Сальпетриер (том самом, где с больных впервые были сняты цепи, и который с тех пор имел несколько фрондерскую репутацию) Шарко изучал явления гипнотизма в связи с проверкой теории и метода металлотерапии. Сама по себе эта проверка была определенным вызовом медицинскому сообществу, потому что Шарко ни много, ни мало, а перепроверял выводы академической комиссии относительно теории Месмера.
Жан Мартин Шарко (Charcot, 18251893?) невропатолог мирового уровня, блестящий клиницист и диагност, описавший ряд неврологических симптомов, цезарь Сальпетриера, основатель Сальпетриерской (Парижской) школы гипноза. Он родился и вырос в Париже, поступил на медицинский факультет Парижского университета и получил степень доктора медицины в 1853 г. С 1860 г. Шарко профессор анатомии Парижского университета работал в госпитале Сальпетриер в Париже, занимался исследованием локализации функций органов в коре головного мозга. В 1862 г. он организовал первую неврологическую клинику в госпитале Сальпетриер, по образному высказыванию Молля «мастерскую Шарко», которая со временем, благодаря клинической, исследовательской и преподавательской деятельности основателя приобрела мировую известность. Изучая нервные болезни, он заинтересовался истерией, многообразием ее клинических проявлений и заметил, что наблюдаемые симптомы соответствовали скорее ожиданиям пациентов, нежели реальным неврологическим моделям. Шарко высказал предположение, что эти симптомы связаны, скорее всего, с нарушениями в сексуальной сфере, чем продолжил идеи Месмера и Лафатера и предвосхитил выводы Фрейда о значении сексуальности в развитии неврозов. В 1878 г. Шарко провел ряд опытов и начал заниматься лечением этих пациентов с помощью гипноза, добившись значительных результатов. С этого времени Шарко проводил регулярные обучающие демонстрации гипноза в Сальпетриере. Он выделил три основные стадии гипноза летаргию, каталепсию и сомнамбулизм, и считал, что эти же явления в той же последовательности наблюдаются и при развитии симптомов истерии, и заключил, что они могут быть вызваны посредством гипноза.
В 1882 г. Шарко представил свои исследования Французской академии наук и получил одобрение и поддержку, т.к. к тому времени гипноз стал вполне признаваемой процедурой (нельзя не вспомнить отрицательный отзыв этой же академии об исследованиях Месмера, данный в 1784 г.). Вокруг Шарко образовался круг талантливых учеников и последователей, таких как Бине, Фере, Жиль де ля Туретт, Бабинский, Барт, Боуневиль, Ренард, которые составили основное ядро школы Сальпетриера. Она называлась также Парижской школой или школой Шарко. В 1881 г. Поль Рише в книге «Grande hysterie» подробно описал технику гипнотизирования Шарко.
С 8 по 12 августа 1889 г. в Париже в отеле Дье проходил Первый интернациональный конгресс «Гипноз экспериментальный и лечебный» под почетным председательством Шарко, Шарля Рише, Азама, Ламброзо и Меснета. Среди участников конгресса, помимо Льебо и Бернгейма, фигурировали Дежерин, Жане, Бабинский, Форель, Маньян, Фрейд, Джеймс и Бехтерев. Действительным президентом конгресса стал генеральный секретарь Биологического общества Дюмонралле. На этом конгрессе была поставлена последняя точка в научном споре двух школ Нансийской и Парижской, двух лидеров в теории гипноза Шарко и Бернгеймом. Научное врачебное сообщество приняло сторону Нансийской школы. Невзирая на это, Шарко продолжал свою линию исследований.
Умер Шарко в Морване (Париже?) в возрасте 68 лет. После его смерти интерес к гипнозу во Франции значительно снизился. По этому поводу один из блестящих учеников Шарко Пьер Жане произнес: «Гипноз мертв Пока не воскреснет!».
Между двумя научными школами и в дальнейшем шла ожесточенная многолетняя борьба, развернувшаяся на страницах медицинской печати и на конгрессах. По характеру взглядов Сальпетриерская школа во главе с Шарко считалась физиологической, а Нансийская, возглавляемая Бернгеймом, психологической. Сальпетриерская школа рассматривала гипнотическое состояние как экспериментально вызванное невротическое расстройство или искусственный невроз, разнообразные проявления которого зависели от воли экспериментатора. Способы получения гипнотического состояния могли быть как физическими, так и психическими. Согласно взглядам Нансийской школы, гипноз это особое психическое состояние или сон, вызванный непосредственно внушением. По мнению ее представителей, состояние гипноза можно вызвать у совершенно здоровых людей, и оно ничего болезненного собой не представляет, а, напротив, благодаря повышению восприимчивости человека к внушению во время гипнотического состояния, является действенным методом лечения различных расстройств.
Необходимо отметить вклад в изучение гипноза физиолога Рудольфа Гейденгайна (Бреславль), который также после посещения выступлений Ганзена в 1880 г. начал опыты и через две с небольшим недели (19 января 1880 г.) прочитал свою знаменитую лекцию, сопровождавшуюся многочисленными демонстрациями и комментариями. Гейденгайн стоял на позициях физиологического подхода к теории гипноза. Через год эта лекция вышла отдельной брошюрой на русском языке с предисловием И.П. Павлова, который стажировался у Гейденгайна.
В России изучением гипноза занимались многие видные ученые своего времени: Данилевский, Токарский, Россолимо, Синани, Бехтерев, Янушкевич, Тарханов, Вяземский, Матвеев, Михайлов, Орлицкий, Мейер, Стембо, Рыбаков, Бродвский, Репман.
В 1878 г. В.Я. Данилевский (1852-1939) на заседании Харьковского медицинского общества сделал официальное сообщение о результатах наблюдения гипноза у лягушки. В своем докладе он высказывал идею о родстве гипноза у животных и человека. В каком-то смысле с этого доклада начала свою историю знаменитая Харьковская школа гипноза. Чуть позже в начале 80-х годов XIX века А.А. Токарский, друг и соратник С.С. Корсакова, впервые в России начал читать курс гипнологии для студентов медицинского факультета Московского университета. Молодой В.М. Бехтерев в 1884 г. находился на стажировке в Сальпетриере у профессора Шарко и по возвращении в Россию много времени уделял изучению гипноза и его лечебного воздействия.
Изучение гипноза в России имело свои препятствия, возникшие из-за одного казуистического случая. В 70-х годах XIX века по Европе гастролировал известный магнетизер Ганзен. Во время выступления в одном, близком к высшим медицинским сферам того времени, доме Санкт-Петербурга, куда были приглашены видные психиатры во главе с профессором И.П. Мержеевским, Ганзен безуспешно пытался магнетизировать двух молодых людей, у которых практически все его действия вызывали насмешку. Сеанс провалился, Ганзен с позором уехал, а профессор Мержеевский с негодованием по поводу такого шарлатанства обратился в Медицинский Совет. Советом были запрещены публичные сеансы гипнотизма и наложены ограничения на применение гипноза врачами (так, сеансы гипнотизации необходимо было проводить в присутствии третьего лица, обязательно врача). Многие врачи отказались от применения гипноза в своей практике, чтобы не рисковать именем и положением, а это привело к тому, что гипноз как лечебное средство начали использовать профессиональные гипнотизеры-шарлатаны. Потребовались годы, чтобы добиться отмены ограничений на использование гипноза в медицинских целях. Будучи уже профессором, В.М. Бехтерев докладывал Медицинскому Совету о необходимости снятия запрета, что и было сделано соответствующим постановлением.