Командир батареи 11-го отдельного зенитно-артиллерийского дивизиона (11-го ОЗАД) старший лейтенант Яков Дмитриев в 03.40 тоже получил донесение о приближении немецких самолетов. Подбежав к дальномеру, он быстро убедился в правильности доклада. В предутренней мгле Дмитриев увидел большую группу самолетов, показавшихся ему похожими на «Дорнье» Do-215, которые летели на высоте 300400 м длинной растянутой колонной. Подлетая к фарватеру, они сбрасывали какие-то продолговатые предметы, которые на парашютах опускались в воду и тонули. Поскольку действия самолетов носили явно враждебный характер, командир батареи приказал начать стрельбу. Артиллеристы, бежавшие сквозь рассветный туман к своим пушкам, еще не знали, что сейчас будут делать первые выстрелы в предстоящей долгой и страшной войне!
Самолетами, «похожими на До-215», в действительности были 14 Ju-88A-5 из l./KGr.8O6 и 4 Ju-88A-5 из l./KGr.5O6. Еще в полной темноте они взлетели со своих аэродромов в Восточной Пруссии и, пролетев над Балтийским морем и Финским заливом, подошли к Кронштадту со стороны Финляндии. Каждый самолет нес по две мины ВМ1000, оснащенные магнитным взрывателем. То обстоятельство, что бомбардировщики летели на низком уровне около 500 м, объяснялось ограничениями по высоте сброса мин этого типа. При сбросе на парашюте с высоты 2000 м минимальная глубина воды должна была быть 12 м, при сбросе с высоты 1000 м 8 м, а при сбросе с высоты 500 м не менее 6 м. Восточная часть Финского залива мелководная, поэтому немцам и требовалось производить сброс мин с наименьшей высоты.
Экипажи люфтваффе не ожидали, что Советы начнут стрелять так быстро, поэтому пилотам Ju-88 пришлось выполнять противозенитный маневр. Впрочем, ни один самолет не пострадал, хотя советские зенитчики и утверждали, что сбили два из них. Сбросив мины в фарватеры на подходах к Кронштадту, бомбардировщики повернули в сторону Финляндии и совершили посадку на авиабазе Утти, расположенной в районе города Коувола.
Береговая авиационная группа KGr.806 майора Ханса Эмига входила в состав «Авиационной группы Балтийского моря» (Flugzeug uber fuhrungs gruppe Ostsee, Fl. Fii. Ostsee). Она была сформирована 1 апреля 1941 г. в составе 1-го воздушного флота и была предназначена специально для борьбы с советским флотом на Балтике. Помимо KGr.806 в Fl. Fii. Ostsee входили 1-я эскадрилья учебно-боевой группы JG54 (Erg.Gr./JG54) обер-лейтенанта Еггерса (истребители Bf-109E), 125-я морская разведывательная авиагруппа (Aufkl.Gr. 125) оберст-лейтенанта Герхарда Колбе (гидросамолеты Не-114, Не-60 и Аг-95А) и 9-я морская поисково-спасательная эскадрилья (9.Seenot-staffel), использовавшая летающие лодки Do-23 и гидросамолеты He-59.
Противовоздушная оборона Кронштадта к началу войны состояла из 1-го зенитно-артиллерийского полка (1-го ЗенАП) майора С.А. Игнатовского, в котором имелись двенадцать батарей 76-мм зенитных пушек. Кроме того, в состав полка входили три батареи 27-го ОЗАД, зенитно-прожекторная рота и зенитно-пулеметная рота, расположенные на острове Койвисто, в 75 км северо-западнее Кронштадта. Южные подступы к Кронштадту, а также корабли и береговые артиллерийские батареи на берегу Финского залива прикрывал 2-й ЗенАП майора Н.Я. Рычкова. В его составе было десять батарей 76-мм орудий, зенитно-прожекторный батальон и зенитно-пулеметный батальон. Все эти подразделения входили в состав сектора противовоздушной обороны Кронштадтской военно-морской базы, командный пункт коего располагался в Петергофе. До войны этот район считался тыловым, так как основные силы Балтийского флота находились в передовых базах в Эстонии, Латвии и на полуострове Ханко.
Задачи противовоздушной обороны флота и его береговых объектов также лежали на военно-воздушных силах Балтийского флота (ВВС КБФ) под командованием генерал-майора Михаила Самохина. К началу войны в их состав входила 61-я истребительная авиационная бригада (5-й ПАП, 13-й ПАП и 71-й ПАП) и две отдельные истребительные авиационные эскадрильи (ОИАЭ). Суммарно в этих подразделениях насчитывалось 368 истребителей И-16, И-153 и И-15бис.
В ночь на 23 июня «Юнкерсы» из KGr.806 снова появились над Кронштадтом. На этот раз они вылетели с финского аэродрома Утти и заходили на цель с северного направления. Но фактор внезапности в этот раз не помогал противнику, а наши зенитчики своевременно открыли стрельбу по самолетам, летевшим на высоте 500 м. В результате еще на подходе к цели в районе Сестрорецка бомбардировщики попали под мощный обстрел батарей 115-го и 194-го зенитно-артиллерийских полков. И KGr.806 потеряла сразу 4 своих самолета:
Ju-88A-5 W.Nr. 6357 «M7+DH» из l./KGr.8O6 был сбит в районе Ускелы (Финляндия). Экипаж (пилот гауптман Зеедорф) сумел скрыться и 26 июня достиг финской территории в районе Реболы;
Ju-88A-5 W.Nr. 4186 «M7+FK» из 2./KGr.806 был поврежден зенитным огнем и совершил аварийную посадку на фюзеляж на аэродроме Утти. Один член экипажа погиб. Самолет был признан не подлежащим ремонту (60 % повреждений) и списан;
Ju-88A-4 W.Nr. 4577 «M7+FH» из l./KGr.8O6 был подбит зенитным огнем и тоже совершил аварийную посадку на аэродроме Утти. Повреждения машины оценили в 60 % и списали;
Ju-88A-5 W.Nr. 6300 «M7+GL» из 3./KGr.806 в 00.10 был сбит зенитным огнем в районе Юкки (ныне поселок Песочный) и совершил аварийную посадку на брюхо на советской территории. При этом бортстрелок и бортмеханик погибли, а пилот лейтенант Эрнст Заториус и штурман лейтенант Ханс Турмаер попали в плен.
По утверждению ленинградского писателя Виссариона Саянова, присутствовавшего на допросе Турмаера, тот насмешливо заявил, что вылетел на прогулку, заблудился в тумане, после чего случайно и оказался в районе Кронштадта. И никаких мин он не сбрасывал. На следующий день газета «Ленинградская правда» напечатала сообщение: «23 июня 6 германских самолетов, вылетевших с финской территории, пытались бомбардировать район Кронштадта. Самолеты были отогнаны. Один самолет был сбит, и взяты в плен четыре немецких офицера».
Минные постановки создали серьезные трудности. Уже утром 22 июня тральщики, базировавшиеся в Кронштадте, начали разведывательное траление на имеющейся сети фарватеров. Однако наши ничего не знали об электромагнитных минах! До начала августа инженеры Балтийского флота считали, что немцы и финны используют только контактные взрыватели. Поэтому проведенное траление и оказалось неэффективным.
Утром 24 июня недалеко от Кронштадта подорвался советский тральщик Т-208 «Шкив» водоизмещением 450 тонн. От мощного гидродинамического удара в корпусе корабля образовались большие трещины, и, несмотря на работу всех водоотливных средств, через 40 минут он утонул. При этом некоторые матросы заметили, что взрыв произошел не непосредственно под днищем корабля, а в стороне от него. Но им попросту никто не поверил. 7 июля напротив маяка «Толбухин» подорвался и утонул тральщик ТЩ-39 «Петрозаводск». В этом случае взрыв тоже произошел в стороне от борта, тем не менее причиной катастрофы опять объявили «якорную мину». После этого фарватеры КБ-1а и КБ-16 были закрыты для плавания и снова протралены обычными контактными тралами. Мин опять обнаружить не удалось. Специальных электромагнитных тралов в распоряжении Балтийского флота не было, а единственным способом борьбы с электромагнитными донными было сбрасывание глубинных бомб в фарватер. Это сводило уничтожение мины к чистой случайности.