Люди Хабарова похоронили своих павших товарищей возле Ачанского городка, починили стены и продолжили собирать ясак. После победы над маньчжурами это стало проще, так как сильных всегда уважают. А когда Амур освободился ото льда, участники похода починили свои дощаники и пустились 22 апреля 1652 года вверх по течению, в земли дючеров. В прошлом году Ерофей Павлович не останавливался в них, торопясь найти место для зимовки. А теперь намеревался собрать с дючеров ясак.
В том месте, где река Сунгари впадает в Амур, русских поджидало новое войско маньчжуров, ещё большее по численности (6 тысяч человек). И только чудо спасло людей Хабарова от новой кровавой битвы, победить в который было бы крайне сложно. Ни русские, ни маньчжурские дозорные не заметили вражеского войска, а дощаники прошли это место под парусами при хорошем попутном ветре.
В июне Ерофея Павловича нагнал отряд Терентия Чечигина. Получив подкрепление и пополнив запасы пороха и свинца, участники похода собирали ясак с дючеров, потом с дауров. В конце июля 1652 года Хабаров и его люди остановились во владениях князька Кокурея, сына Турончи в устье реки Зеи. Ерофей Павлович хотел построить там острог и зазимовать в нём. Но более сотни человек из отряда выступили против этого. 1 августа они захватили три дощаника с казной и запасами и пустились вниз по Амуру. Попытки догнать их на лодках и убедить вернуться успеха не имели.
В этих обстоятельствах оставаться на зимовку в устье Зеи было опасно. Хабаров составил докладную записку Францбекову и отправил её в Якутский острог с надёжными людьми. Помимо всего прочего, он попросил военной помощи от Сибирского приказа. Затем распустил среди дауров слух, что вот-вот на Амур придёт огромное войско из Москвы. Это известие дошло до маньчжуров и заставило их отвести свой отряд от устья Сунгари вглубь страны, чтобы избежать нежелательной войны. После проигранного сражения у Ачанского городка они побаивались русских.
Собрав оставшихся людей, Хабаров 9 августа вышел из устья Зеи и направился вниз по течению Амура. 30 августа 1652 года он обнаружил острог, построенный беглецами из его отряда. По приказу Ерофея Павловича рядом был сооружён второй городок, в котором установили пушки. По беглецам дали залп, но это их не напугало. И тогда Хабаров собрал своих людей с оружием рядом с острогом и скомандовал начать штурм. Этого оказалось достаточно, чтобы беглецы сдались.
Ерофей Павлович учинил суд и приговорил 12 человек к наказанию палками. По некоторым данным их "батогами били вместо кнута, без рубах насмерть". Четверых зачинщиков бунта заковали в кандалы по рукам и ногам и посадили на несколько дней в тесной каморке.
В этом самом городке и зазимовали. До весны 1653 года люди Хабарова добывали пушнину, ловили рыбу для собственного пропитания и собирали ясак с гиляков.
Тем временем в Сибирском приказе шло расследование действий воеводы Францбекова и всех его людей. Начало этому процессу положил донос, поступивший 18 февраля 1652 года от дьяка Петра Григорьевича Стеншина. У Стеншина с Францбековым были давние счёты, начавшиеся ещё на прежней службе. Став ленским воеводой, Францбеков припомнил своему неприятелю былое и учинил тщательную проверку всех дел. Разумеется, вскрылись многочисленные нарушения, за которые Стеншина посадили в тюрьму, конфисковав всё его имущество.
Пётр Григорьевич этого не забыл и тщательно собирал компромат на Францбекова. Поскольку в его доносе было очень много конкретных фактов, Сибирский приказ не мог оставить такое без рассмотрения. И в феврале 1652 года в Якутский острог отправили государственного сыщика стольника Ивана Павловича Акинфова.
Прибыв на место, сыщик обнаружил, что казна воеводства пуста, зато в доме Францбекова при обыске нашлось денег, соболей, имущества и кабальных расписок на сумму 12 742 рублей. При этом самым главным должником воеводы оказался Хабаров: он задолжал 7 000 рублей.
Не осталась без рассмотрения и просьба Хабарова прислать на Амур большой военный отряд. Глава Сибирского приказа, боярин князь Алексей Никитич Трубецкой, повелел начать подготовку к этому, а для проверки информации на месте отправил на Амур Дмитрия Ивановича Зиновьева, дав ему 150 стрельцов, и позволив набрать по пути ещё столько же.
Когда на Амуре весной 1653 года сошёл лёд, отряд Хабарова двинулся вверх по течению Амура до владений князька Кокурея в устье реки Зеи. То место приглянулось Ерофею Павловичу ещё в прошлом году. Он намеревался всё-таки построить там острог и посеять хлеб на окрестных землях. 25 августа 1653 года туда же пришёл Зиновьев с тремя сотнями стрельцов и тридцатью охотниками.
Хабаров устроил высокому гостю из Москвы торжественную встречу. Тот раздал царские награды всем участникам похода. На следующий день Зиновьев встретился с местными князьками, пообещал им праведный суд и защиту, после чего одарил тканями и посудой. А на третий день Дмитрий Иванович, прочитавший в Москве донос Стеншина, сместил Хабарова с должности и направил в Москву для разбирательства.
Ерофей Павлович попросил показать бумагу, в которой бы это было написано. Его опыт общения с сибирскими воеводами слишком наглядно показывал, что посланцы из столицы часто позволяют себе заниматься самоуправством. Но Зиновьев только побил дерзкого приказного и посадил его под стражу. А затем начал собирать с людей Хабарова любые свидетельства злоупотреблений Ерофея Павловича. И таких набралось немало.
Командовать амурской экспедицией оставили есаула и пушкаря Онуфрия Степанова. Ему дали распоряжение завести пашни в устье реки Урки и в следующем году посеять там хлеб для пропитания шести тысяч человек. А ещё в устьях рек Зея и Урка следовало построить укреплённые городки.
15 сентября 1653 года Зиновьев отправился в обратный путь, захватив с собой Хабарова, полторы сотни стрельцов, весь собранный ясак и ясачные книги. Также с ним отправились зачинщики августовского бунта 1652 года, бывшие главными критиками и обвинителями Ерофея Павловича.
По пути Зиновьев грабил служилых людей, которых встречал, чем вызвал ненависть даже у врагов Хабарова. Поэтому Дмитрий Иванович устроил всё так, чтобы прибыть в Москву первым. В декабре 1654 года он отчитался перед главой Сибирского приказа Алексеем Никитичем Трубецким и его помощником дьяком Григорием Протопоповым. Так что когда Хабаров приехал в феврале 1655 года, в Сибирском приказе уже были настроены против него. Но его опрос Трубецким и Протопоповым показал, что Ерофей Павлович сделал много полезного для государства и его проступки на фоне всего этого выглядят слишком мелкими и малозначительными.
Почувствовав поддержку главы Сибирского приказа, Хабаров подал жалобу на Зиновьева, обвинив того в издевательствах, вымогательстве взяток и присвоении имущества. Следствие по этой жалобе вёл боярин Григорий Семёнович Куракин. Он оказался достаточно объективным, чтобы понять все обстоятельства дела, не испытывая сословных пристрастий. Зиновьев отпирался и лжесвидетельствовал, но его всё равно признали виновным в злоупотреблениях служебным положением. Но так как Дмитрий Иванович был московским дворянином, его лишь предупредили и повелели вернуть имущество, незаконно отнятое у Хабарова. Вернуть удалось в лучшем случае четверть или даже меньше. Остальное хитрый Зиновьев успел продать, а часть вещей, опознанных Ерофеем, называл своими и давал об этом клятву на кресте.