29 июня артиллеристы «Новика» израсходовали все снаряды. Арцишевский увёл отряд в сопки. Артиллерия была уничтожена, чтобы не досталась врагу. Отступали с боем, атака японцев окончилась рукопашной. Лейтенант Александр Максимов с матросами прикрывал отход с тыла и во время боя попал в плен.
Партизаны укрылись в тайге. Японцы пытались окружить и разгромить отряд. Дружинники несли в боях серьёзные потери. 3 июля после переговоров с противником его остатки 135 человек сложили оружие. 22 человека вырвались из окружения и под командованием капитана Бориса Стерлигова сумели переправиться на материк.
Вот как объясняет в отчёте своё решение полковник Арцишевский: «Японцы заняли селение Владимировка и другие селения к северу по почтовому тракту до селения Галкино-Врасское*. Таким образом, отряд был окружён с трёх сторон. Оставалась ещё свободной западная сторона, о которой не имелось сведений, но возможно было предположить, что Маука и Косунай заняты флотом противника. Итак, на 137 находящихся в строю было 29 человек больных и раненых, кроме того, значительное число слабых последствия быстрого отступления перед неотступно следовавшим неприятелем при неблагоприятной погоде. Люди, семь дней питавшиеся кое-как, нёсшие бессменно боевую службу, мокшие под дождём без походных палаток и не имевшие возможности обсушиться, так как нельзя было разводить огня вследствие близости неприятеля, не видящие ничего впереди, сильно изнурились, упали духом, легко поддавались панике Взвесив всё это и принимая во внимание недостаточность имевшегося запаса патронов (около 150 штук на ружьё), а также и то, что отряд был окружён и невозможно было ожидать какой-либо помощи со стороны, я с горечью вынужден был признать вверенный мне отряд неспособным к дальнейшему сопротивлению».
Уже после принятия решения и отправки в село Владимировка парламентера отряд снова принял бой. В этом бою, скорее всего, и было потеряно ещё два человека.
Из отчёта полковника Арцишевского: «Будучи уже в плену в селении Владимировка, я имел возможность собрать сведения, что японцы понесли значительные потери за время от 24 июня по 3 июля, сражаясь с нашим отрядом. У них выбыло из строя около 400 человек нижних чинов и несколько офицеров».
24 июня командир второго отряда Гротто-Слепиковский увидел японскую эскадру, которая направлялась к Корсаковскому посту, и принял решение увести свой отряд к одному из таёжных складов, чтобы японцы не отрезали их от баз.
На южном берегу озера Тунайча партизаны построили земляную крепость. Группы разведчиков вступали в бои с захватчиками. Японцы долго не могли отыскать партизанский лагерь.
20 июля к укреплениям подошёл японский полубатальон численностью в 400 человек. Описания событий разными участниками противоречат друг другу и содержат много неясностей. Согласно общепринятой версии, 20 июля весь день шло сражение. Однако молодёжное поисковое объединение «Франтирер», которое проводило на месте лагеря исследования, опровергло эту версию. Исследователи пришли к выводу, что на самом деле японцы в этот день действовали нерешительно. Они не ожидали встретить на берегу озера земляную крепость. Кроме того, они не имели данных о численности отряда и его вооружении и сильно завышали цифры. В перестрелке неприятель потерял десяток, а возможно, и несколько десятков человек. По версии МПО «Франтирер», действия японцев иначе как разведывательными назвать трудно.
Грото-Слепиковский послал разведку в село Дубки, чтобы связаться с отрядом Быкова и соединиться с ним. Однако разведчики наткнулись на засаду, и связь установлена так и не была.
Озеро Тунайча сообщается с морем. 27 июля сюда на броненосном крейсере были доставлены сапёры и артиллеристы. Японцы разделили батарею пополам и установили её с двух сторон от укрепленного лагеря. 28 июля артиллеристы начали обстреливать окопы дружины. По озеру к лагерю пытались приблизиться два баркаса, но партизаны отгоняли их ружейным огнём с редута. Затем на русские укрепления пошла пехота. Таким образом, партизанам пришлось отбиваться сразу с трёх фронтов.
Согласно версии МПО «Франтирер», бой продолжался 4 часа 49 минут, из них приблизительно две трети пришлись на артиллерийский обстрел.
Командир отряда Гротто-Слепиковский был убит осколком снаряда во время артиллерийского обстрела. Из статьи 1905 года в журнале «Русский инвалид»: «Штабс-капитан Слепиковский с биноклем в руках стоял на валу и бесстрашно наблюдал за огнем, ободряя людей. Более двух часов длилось обстреливание. Около 9 час. утра одним из снарядов Слепиковский был поражён в поясницу и убит на месте; с ним поранено осколками четыре дружинника». Командование принял зауряд-прапорщик Горецкий, который в итоге был вынужден прекратить сопротивление.
Гротто-Слепиковского японцы похоронили с воинскими почестями, остальных расстреляли, как бандитов. Среди расстрелянных были и жёны нескольких добровольцев.
Таким образом, второй партизанский отряд продержался 38 дней.
Здесь я снова сделаю небольшое отступление. В международном праве имеется такое понятие: комбатант. Это человек, который входит в состав вооружённых сил и имеет право участвовать в военных действиях. Если человек взялся за оружие по собственному почину и попал в руки врага, тот обойдётся с ним не как с военнопленным, а как с бандитом. Таковы правила войны. Человек в составе вооружённых сил, как правило, одет в форму и имеет знаки отличия, чего не скажешь о партизанах, воевавших против японских захватчиков на Сахалине в 1905 году. Японцы видели перед собой «не комбатантов», отсюда и отношение, которое можно расценить как возмутительное.
Третий отряд под командованием капитана Полуботко базировался в районе села Севастьяновка. Японцы сосредоточили здесь значительные силы, поэтому Полуботко решил идти на соединение с отрядом Арцишевского. Партизаны двинулись к селу Христофоровка. Узнав, что японцы его уже заняли, дружинники повернули на Владимировку.
Ночью в отряде неожиданно началась паника. Многие убежали в тайгу. На следующий день партизаны подошли к Владимировке, но и там оказались японцы. Полуботко приказал дружинникам составить винтовки в козлы и объявил о решении сдаться. Часть ополченцев отказалась подчиниться приказу. Пока шли прения, японцы тихо окружили стоянку. 49 человек прорвалось сквозь окружение и укрылось в тайге. Впоследствии они присоединились к отряду Быкова, чтобы воевать дальше. Остальные во главе с Полуботко сдались в плен.
Действия 3-го отряда могут показаться бестолковыми, однако даже полковник Арцишевский отказался осуждать партизан и их командира и под отчётом капитана Полуботко сделал приписку: «Вышла в общем неудача благодаря проводнику, сбившемуся с пути, а от форсированного марша растеряно много людей отряда, и капитан Полуботко заболел до такой степени, что не мог идти от распухших ног».
Отряд штабс-капитана Даирского продержался полтора месяца, ведя рейдовые бои с захватчиками. С самого начала к отряду присоединилось несколько матросов «Новика». Японцы вынудили партизан отступить от села Петропавловское. К концу июля дружинники вышли на лодках по реке Лютоге на западное побережье и захватили две японские рыбацкие шхуны. Отряд вдоль берега поплыл на север, чтобы добраться до поста Александровского и соединиться с главными силами. Их заметил вражеский крейсер и открыл огонь. Партизаны зашли в устье небольшой речки, бросили шхуны и скрылись в высокой траве.