Это было по большей части скучное и однообразное существование, оживленное лишь — в первый и последний раз — более или менее значительным морским сражением, в котором Кук был вынужден принять участие. В конце мая 1757 года они вступили в бой недалеко от острова Уэссан с большим французским судном водоизмещением 1500 тонн и с пятьюдесятью пушками; это был торговый корабль Ост-Индской компании под названием «Герцог Аквитанский». Французский корабль в бою на отходе, продлившемся сорок минут, получил повреждения и был взят в плен, но сам «Игл» пострадал так сильно, что вынужден был вернуться в Англию для ремонта.
Значение этого периода жизни Кука заключается не в участии в случайных столкновениях с неприятелем, а в том, что именно тогда он совершенствовал и отрабатывал свое мастерство — это совершенно особенное искусство, которое так хорошо послужило ему в последующие годы. Он тогда еще не был картографом, годы картографической работы и съемок были еще впереди, но он углубил свои знания кораблей и моря. Именно поэтому он всего за два года из матроса стал помощником штурмана, боцманом и, наконец, капитаном, человеком, которому поручено управление кораблем и старшими офицерами на корабле. В то же время он продолжал совершенствовать свои знания штурманского дела и математики (а следовательно, и астрономии), и поскольку он был уже вполне квалифицированным специалистом еще до того, как поступил в военно-морской флот, уровень, которого он теперь достиг, должно быть, был исключительно высок.
Овладение этими предметами стало, разумеется, важнейшей опорой в те годы, которые ему предстояло провести в Тихом океане, — без этого он не смог бы пойти в плавание, а Адмиралтейство, без сомнения, никогда бы его не выбрало. Но не менее важным для будущего была его подготовленность к флотской жизни, которая сильно отличалась от образа жизни на «угольщике». Здесь, на флоте, каждый был специалистом, обученным рассчитывать на себя и на других, человеком, в чьем сознании прочно и навсегда запечатлелось, что он является живым звеном в цепи, и самым непростительным прегрешением в тяжелые времена — а Кук и его команда испытали эти тяжелые времена гораздо в большей степени в Тихом океане, чем когда-либо в Атлантике, — было не выдержать и разорвать эту цепь.
Много и совершенно справедливо говорилось о жесткости военно-морской дисциплины в то время, при этом подчеркивалось, что только железная рука может создать высококвалифицированную команду. Лишь плохие команды, с плохими офицерами, требуют подобной грубой дисциплины, в то время как хорошие команды, с хорошими офицерами, нуждаются лишь в дисциплине, идущей изнутри; ясно, что именно такую команду имел в виду Кук.
27 октября 1757 года Кук в качестве капитана вступил на «Пемброук» — шестидесятичетырехпушечное военное судно. Это был его двадцать девятый день рождения. Почти всю зиму это судно вело блокаду в Бискайском заливе. В феврале 1758 года они отправились в Канаду.
Война на Американском континенте для англичан принимала плохой оборот. Армия генерала Бреддока была обращена в бегство французами и индейцами. Считалось необходимым и наиболее важным уменьшить натиск на британские колониальные силы на теперешнем восточном побережье Соединенных Штатов Америки, совершив нападение на французов на севере, с угрозой их главному центру в Квебеке.
Не существует данных о том, что Кук принимал активное участие в этой операции, которая состояла в захвате мощной крепости Луисбург, охранявшей вход в реку Св.Лаврентия. Эта крепость пала под натиском войск генерала Вулфа, который впоследствии погиб при взятии Квебека.