За полгода вышло двадцать семь номеров, после чего Матвеева арестовали по обвинению в социал-демократической пропаганде, а журнал закрыли. Вроде бы дело состояло в том, что полученные им из Японии от тех самых друзей из «Воли» наборные формы для журнала были завёрнуты в нечто нелегальное
Отсидел Матвеев около полутора лет. Ещё за решёткой был выдвинут в гласные, то есть депутаты городской думы, и вскоре стал таковым; характерный штрих к описанию нравов тех лет. Вспоминается кстати, как полувеком раньше генерал-губернатор Восточной Сибири Муравьёв-Амурский привечал декабристов, а ссыльный революционер Петрашевский, по свидетельству военного географа Венюкова, «был даже одно время чем-то вроде хозяйки дома Муравьёва, за отсутствием уехавшей в Париж жены».
Что касается жены самого Матвеева, то её звали Марией Даниловной Поповой. Замуж Николай Петрович взял её совсем юной пятнадцати не то шестнадцати лет. Её отец был одним из первых переселенцев в Приморье, искусным охотником и тигроловом. Для воспитания характера, как пишет один из внуков Матвеева-Амурского, летописец рода Валерий Евтушенко, Данила Попов стрелял в яблоко, которое клал на голову одиннадцатилетней Маше. Характер воспитался: в 1906 году она с детьми буквально штурмом взяла тюрьму, сбив с ног часового, и, прорвавшись к начальнику, угрожала ударить его чернильницей. Тот пошёл гневной гостье навстречу и разрешил свидание с мужем. Мария Даниловна любила читать наизусть Лермонтова, прекрасно пела, разводила цветы. По воскресеньям готовила пирог с кетой и визигой, пельмени или сдобную домашнюю лапшу.
Выйдя на свободу, Матвеев в 1909 году по поручению градоначальника едет в Японию: изучает опыт городского управления, жилищно-коммунальное хозяйство, социальную сферу. Выходит, факт отсидки по политической статье тогда вовсе не был «волчьим билетом».
К этому времени Матвеев стал известным и уважаемым в городе человеком. Руководил публичной библиотекой, несколько раз избирался гласным Думы, входил в комитет защиты бедных, попечительский совет женской гимназии имени цесаревича Алексея, представлял город в попечительском совете Владивостокского коммерческого училища, учреждал детсады, возглавлял финансовый отдел городской управы, служил секретарём Общества изучения Амурского края и так далее, и так далее, и так далее. Когда Владивосток готовился отметить 50-летие, именно Матвеев возглавил юбилейную комиссию. В 1910 году он написал и отпечатал в своей типографии «Краткий исторический очерк г. Владивостока» первую хронику города, первый труд по его истории. Это не парадная, «датская» книга она публицистична, трезва, часто скептична и критична: «Пьянство, картёж и сплетня вот три кита, на которых держалось тогдашнее местное даже высшее общество». Матвеев касается таких тем, как «манзовская война» (стычки между китайскими хунхузами и русскими войсками в 1868 году), участие России в подавлении Боксёрского восстания в Китае в 1900 году. Завершая свой труд, Матвеев пишет о Владивостоке: «Реальных оснований к улучшению его положения в недалёком будущем не видно. Есть какие-то туманные надежды на что-то Но надобно надеяться, что здоровые силы жизни возьмут верх» (вот и сегодня ровно так же: «надобно надеяться» даже если не всегда получается).
В том же 1910 году Дума присвоила Матвееву звание почётного гражданина Владивостока несмотря опять-таки на всю политику.
Когда случился Февраль, Матвеева избрали в первый Владивостокский Совет рабочих и военных депутатов и одновременно в параллельный орган власти Комитет общественной безопасности. В марте в «Известиях Совета рабочих и военных депутатов» вышли его стихи:
После прихода к власти большевиков Матвеева избрали в Приморский закупочно-сбытовой комитет Закупсбыт, посылали в командировки в Китай, Корею, Японию. Принципиальных противоречий с новой властью, судя по всему, у него не было. В ходе японской командировки местная полиция держала его под контролем. В полицейском отчёте префектуры Фукуи сообщалось: «Матвеев давно является социалистом, во времена Российской империи он через газеты пропагандировал идеи, за что несколько раз попадал в тюрьму. Поэтому за ним следует вести надзор».
В мае 1918 года Матвеев с сыном Венедиктом попытался возродить журнал «Природа и люди Дальнего Востока», но сумел выпустить всего два номера. В это же время он организовал «Издательство Матвеевых», где в основном печатал стихи своих детей, прежде всего Венедикта, который позже станет известен под псевдонимом Март.
Принято считать, что покинувшие Россию в смутные годы Гражданской войны бежали от большевиков. В случае с Матвеевым всё обстоит иначе.
Советы в Приморье пали уже в июне 1918 года, в ходе белочешского мятежа, и были восстановлены лишь в конце 1922-го.
Матвеев покинул Россию в 1919 году выходит, если и бежал, то не от Советов, а от колчаковских властей. Валерий Евтушенко указывает: «В годы Гражданской войны дом на Абрекской попал под наблюдение тайной полиции. Над Н.П. Матвеевым готовилась расправа. В июне 1919 года, когда в городе свирепствовали колчаковцы, Николай Петрович уехал в Японию». Моргун и Хияма приводят объяснение самого Матвеева: «После Октябрьской революции на политическую арену во Владивостоке выдвинулся Суханов Я помогал ему в составлении планов деятельности, будучи в дружеских отношениях с семьёй Сухановых с давнего времени. Но во время мятежа белочехов Суханов был схвачен, брошен в тюрьму, расстрелян». Получается, Матвеев не просто симпатизировал Константину Суханову как давнему знакомому, но и помогал ему как главе Владивостокского совета. Самого Матвеева, однако, не тронули ни белые, ни интервенты он более или менее спокойно жил во Владивостоке ещё целый год после падения сухановского Совета.
Среди многочисленных детей Матвеева белых не было (по крайней мере, данных об этом нет), красные были точно. В общем, на врага советской власти он никак не тянет, даром что в своё время баллотировался в городскую думу от кадетов. Матвеев был деятелем скорее общественным, чем политическим. Или же у него вообще не было чётких политических взглядов, что неудивительно в условиях революционного хаоса, а бежал он просто от смуты?
Возможно, думал уехать на время получилось навсегда. Отношения Москвы и Токио, и без того натянутые, начали стремительно портиться. В 1931 году Япония захватила Маньчжурию северо-восток Китая, выйдя на рубежи СССР и создав здесь марионеточное государство Маньчжоу-Го. Ожидалось, что новая большая война разгорится именно здесь, а не на западе. В сторону Забайкалья, Амура, Приморья шли воинские эшелоны, на Дальнем Востоке укреплялась граница, спешно восстанавливался Тихоокеанский флот, расконсервировалась Владивостокская крепость, демилитаризованная по заключённому с японскими интервентами в 1922 году соглашению.
Матвеев, оказавшийся жителем враждебного государства, в Россию не вернулся.
Когда-то в стихах памяти Чехова он писал:
Уезжал Матвеев с женой и младшими сыновьями Глебом, Анатолием и Михаилом. Жил в городах Цуруга, Осака, в деревне Сэйдо, потом обосновался в Кобе.
Масштабы русской эмиграции первой волны в Японию, разумеется, несопоставимы с исходом в Европу или даже в Китай. По данным Моргун и Хиямы, численность русских в Японии в 1925 году составляла 1176 человек, в 1940-м около 1300. И всё-таки, как справедливо пишет профессор, историк Пётр Подалко, такое число иностранцев в столь сжатый срок не попадало в Японию за всю её историю.