Второй ректор КПИ Ставер Анатолий Михайлович был приглашен из СО РАН (г. Новосибирск). Он проделал большую работу по переходу института в статус университета. В новом статусе вуза получили развитие не только технические специальности, но и гуманитарные, было укреплено взаимодействие с институтами СО РАН, развивались международные связи. Все это усилило ранее заложенный фундамент политехнического образования. А. М. Ставер задал высокую планку для будущей кандидатуры ректора. Поэтому после его смерти встал вопрос о выборе достойной кандидатуры.
В России ученая степень является весомой предпосылкой для вступления в соответствующую должность (даже при отсутствии управленческого опыта, организаторских способностей и связей с профессиональной средой). Претенденты на должность ректора со степенью доктора наук проявляли большую активность, обрисовывали перспективы по работе с предприятиями и профильным министерством в части НИР и грантов. Некоторые из них вели крупные проекты. Это многих привлекало в условиях безденежья того времени.
В свою очередь, Сергей Антонович, кандидат технических наук, профессор, имея 10-летний опыт работы проректором по учебной работе и первым проректором, хорошо знал коллектив и проблемы университета, обладал громадной работоспособностью, активно взаимодействовал с профильным министерством. В должности и. о. ректора он сформулировал базовые разделы программы развития университета на ближайшие пять лет и привлек к ее разработке ректорат. На расширенном заседании ученого совета подготовленные программы развития университета представили все кандидаты на должность ректора. Программа Сергея Антоновича получилась целостной, а в процессе ее разработки сформировалось управленческое ядро университета, что и определило результат избрание Сергея Антоновича ректором.
По итогам выборов было частично обновлено управленческое ядро университета, и начались трудовые будни по реализации программы. Процесс обновления команды проходил деликатно, путем консультаций с членами ректората, деканами. Не было такого «Я принял решение», даже если были рабочие конфликты. На первом месте были деловые качества сотрудника от проректора до преподавателя, тем более, что очереди высококвалифицированных сотрудников в университет ни тогда, ни в настоящее время нет.
Развал СССР и переход к «капитализму», хроническое недофинансирование требовали новых подходов к стратегии развития университета, реализация которых нуждалась в определенной перестройке фундамента университета, сформированного в предыдущие этапы его становления и развития. Вызовы внешней среды, характерные для 1990-х годов, предполагали разработку миссии и стратегии университета, в соответствии с которыми в вузе активно формировались инновационные структуры, велась организация деятельности по предоставлению платных услуг в сфере высшего образования, повышения квалификации, поддержки НИР и грантов различных уровней.
Все это в совокупности обеспечило развитие университета даже в те непростые годы, когда система высшего образования была вынуждена выживать в рыночных условиях, столь не характерных для нее прежде. Время показало, что в тот период коллектив сделал правильный выбор.
Исполняя обязанности ректора, Сергей Антонович детально разбирался во всех сферах деятельности университета в учебном процессе, НИР, в инновационной и международной деятельности, в хозяйственных вопросах всех уровней от кафедры до кампуса Студгородка, в различных аспектах корпоративной культуры и т. д. Нельзя не отметить системную работу Сергея Антоновича над развитием и укреплением таких функций корпоративной культуры университета, как развивающая и образовательная, адаптивная и управления качеством; трансформация стиля управления на различных уровнях на основе методов фасилитации.
В новых реалиях на первом месте были источники финансирования: госбюджет, внебюджетная деятельность (платное обучение, выполнение НИР, оказание образовательных услуг), федеральные целевые программы, работа с предприятиями, которым тоже было непросто выживать. Проблемы набора абитуриентов и поддержания высокого уровня подготовки студентов и аспирантов в тот период деградации отечественной промышленности и науки могли быть решены деканами и заведующими кафедрами только при самом активном участии ректората. Каждому руководителю хоздоговора по возможности оказывали содействие в реализации контракта. Выполнение федеральных целевых программ требовало непосредственного участия в них ректора и проректора по научной работе, а также команды, способной их реализовать. Эта команда окончательно сформировалась к концу первого срока ректорства Сергея Антоновича. Через публикации статей, подготовку докладов на конференциях, участие в совещаниях различного уровня, формирование инновационной инфраструктуры университета КГТУ стал узнаваем во внешней среде, в том числе и международной (проекты с КНР, Францией, Германией). Личное участие Сергея Антоновича во всех этих процессах и доверие к руководителям подразделений университета с его стороны позволили закрепить ряд основных ценностей в корпоративной культуре университета, а также обеспечили прорыв по основным направлениям деятельности университета. Полученные при реализации этих программ знания и опыт совместной творческой деятельности, ранее сформированные ценности корпоративной культуры позволили перейти к элементам системного подхода в вопросах управления университетом, формированию его миссии и стратегии развития.
По всем основным направлениям деятельности университета были разработаны программы развития, обсуждение и результаты которых регулярно представлялись на заседаниях ученого совета. Это были активные обсуждения. На многие новации университет оперативно откликался. Так было и с системой менеджмента качества ИСО 9001:2000. В рамках ее реализации много полезного было сделано в сфере электронного документооборота, проработки базовых бизнес-процессов, формализации процедур взаимодействия структурных подразделений университета до уровня матриц RACI и т. п. В системе управления кафедра позиционировалась как ведущее звено, определяющее качество образовательного и научного процессов через коллектив, материальную базу лабораторий, через связи с предприятиями. Сергей Антонович, прошедший все ступени управленца в вузе, прекрасно это понимал и поддерживал большинство начинаний по совершенствованию работы кафедр (модульный подход в фундаментальном образовании на первых двух курсах, широкое применение математического моделирования, оптимизационных подходов, теории систем, рассмотрение в блоках специальных дисциплин энергосберегающих технологий, альтернативных источников энергии, принципов работы электронных конструкторских бюро, внедрение в учебный процесс дистанционных образовательных технологий и т. п.), в том числе и через гранты КГТУ.
Второй срок ректорства Сергея Антоновича пришелся на небогатую, но относительно стабильную экономическую обстановку в университете. Узнаваемость университета на всех уровнях, сложившаяся команда позволили ежегодно выполнять по 57 проектов по федеральным и региональным программам, в т. ч. под непосредственным руководством ректора. Проекты были направлены на поиск путей инновационного развития региона, формирование устойчивой связи вузов с работодателями и рынком труда, на усиление роли вузов в инновационном сегменте экономики. Коллективный труд позволил сформулировать ряд перспективных подходов к развитию региона. Результаты исследований обсуждались на конференциях, в правительстве Красноярского края, администрации г. Красноярска, на предприятиях, на ученом совете университета. Предпринимались шаги по внедрению результатов исследований через создание совместных структур: городской бизнес-инкубатор, интегрированный учебно-научно-производственный комплекс с участием СО РАН, региональный Центр тестирования Минвуза РФ, региональный инновационный центр «Центр технологий National Instruments», региональный Центр энергоэффективности, Энергетический центр TACIS по программам Евросоюза. В этом процессе была также задействована инновационная структура университета: филиалы кафедры ЮНЕСКО «Новые материалы и технологии» в Томске и Барнауле, научно-производственный центр «Магнитная гидродинамика», НИИ «Радиотехника», молодежный инновационный центр, лаборатория по разработке мультимедийных электронных образовательных ресурсов, испытательный Центр в Системе добровольной сертификации средств и систем в сфере информатизации «РОСИНФОСЕРТ» в составе Сибирского регионального учебно-методического центра ВПО (СибРУМЦ), лаборатория энергосбережения в программе «Энергосбережение вузов РФ», виртуальный выставочный комплекс научно-технической продукции КГТУ и его стратегических партнеров и др. Было понимание, что университет должен быть примером для студентов и работников промышленных предприятий в части применения инноваций в учебной, научной и хозяйственной деятельности, своего рода центром компетенций. При этом в первую очередь университет позиционировался в регионе в качестве центра компетенции в области учебно-методической работы и управления образовательным процессом. В этом направлении большую роль играл СибРУМЦ. Сергей Антонович активно поддерживал многие инновации, предлагаемые по линии СибРУМЦа: разработка научных принципов и технологии сопровождения ГОС ВПО нового поколения; анализ зарубежных и российских учебных планов и содержания основных образовательных программ в области техники и технологий, разработка нормативной базы для электронных образовательных ресурсов; развитие сетевых систем лабораторных исследований с удаленным доступом; разработка электронных учебно-методических комплексов; сертификация электронных образовательных ресурсов и др.