Цонкапа имел особую кармическую связь с бодхисаттвой Манджушри, о чем упоминается в колофоне «Океана аргументов», где Чже Цонкапа пишет, что обширным и интенсивным изучением Дхармы он занимался «при постоянной опоре/ На особое божество [Манджушри]» [Tsong-khapa 2012, p. 468]. Как говорится в его биографии, он имел прямое видение ряда идамов, чьи садханы он реализовал, но Манджушри был тем, кто непосредственно вел его как Гуру, кому он задавал вопросы и получал ответы по тонким аспектам Дхармы. Вначале контакт с Манджушри состоялся при посредничестве мистика и отшельника по имени Умапа Паво Дордже, имевшего постоянное видение черного Манджушри и служившего медиумом, а впоследствии Цонкапа сам обрел прямое видение Манджушри [Jinpa 2013, pp. 77, 87, 103-107; Thurman 2009, p. 29].
Так же интенсивно, как Цонкапа учился сам, он преподавал Дхарму своим ученикам, собирая их в условиях коллективных ретритов. Так, например, в течение трех месяцев ежедневно, разделив время от рассвета до заката на пятнадцать сессий, он передал учения по линии Марпы и Миларепы вместе с комментариями к ним семнадцать текстов, включая «Праманаварттику» Дхармакирти, «Абхисамаяланкару» Майтреи, «Абхидхармакошу» Васубандху, «Сутрасамуччаю» Асанги, «Виная-сутру» Гунапрабхи, пять ключевых текстов Нагарджуны, «Мадхьямакаватару» Чандркирти, «Четырехсотенную» Арьядевы и «Бодхичарьяватару» Шантидевы. Причем, все передаваемые тексты он знал наизусть и объяснял их во всей логической глубине и в тонкостях. И все это Чже Ринпоче совмещал с собственной ежедневной практикой и с самопосвящениями в мандалы идамов [Thurman 2009, p. 26]. Учения для своих учеников он совмещал с продолжением собственного обучения у мастеров тантр.
По просьбе учеников после достижения тридцатилетнего возраста им были написаны сотни работ, собрание которых составляет восемнадцать томов. Когда в возрасте тридцати двух лет он приступил к написанию комментария к сутрам праджняпарамиты, он сделал это «на основе синтеза всех индийских комментариев а их насчитывалось двадцать один к трактату Майтреи «Абхисамаяланкара», который сам является комментарием к праджняпарамитским сутрам» [Thurman 2009, p. 25]. Этот его труд называется «Золотые четки благих разъяснений» (legs-bshad-gser-phreng) (13881389). Прочитав этот текст уже в зрелом возрасте, сакьяпинский мастер лоцава Такцанг Шераб Ринчен (Stag-tshang-lotsaba Shes-rab-rin-chen,14051455), который в юношеском возрасте выступал критиком Чже Цонкапы и приписывал ему восемнадцать противоречий, изменил свое мнение. Ранее, в таких сочинениях как «Понимание всех философских систем» (grub-mtha' kun-shes) и «Восемнадцать великих противоречий» ('gal-ba'i-khur-chen-bco-brgyad) он с юношеским высокомерием критиковал позицию Цонкапы о том, что логико-эпистемологическая традиция Дигнаги и Дхармакирти совместима с мадхьямакой, в особенности отрицая такую возможность для прасангики Чандракирти. Такцанг утверждал тогда, что логика (прамана; tsad-ma), так же как и медицина, грамматика и искусства, не относится к внутренним, буддийским, наукам, и что она несовместима с доктриной пустоты как конечной природы реальности. Эта критика со стороны Такцанга вызывала споры на протяжении веков и породила ответные отклики со стороны философов-гелугпинцев: Четвертого Панчена-ламы Лосанга Чокьи Нимы (Pan-chen-blo-bzang-chos-kyi-rgyal-mtshan, 15701662), Джамьянга Шепа Дордже ('Jam-byangs-bzhad-pa'i-rdo-rje, 16481721), Джамьянга Кхьенце Вангпо ('Jam-byangs-mkhyen-brtse'i-dbang po, 18201892). Судя по тому, как об этом писал амдоский ученый Тукан Лосанг Чокьи Ньима (Thu'u-bkwan-blo-bzang-chos-kyi-nyi-ma, 17371802) в своей историко-философской работе «Хрустальное зерцало философских систем», Такцанг-лоцава оказал определенное влияние на тибетских буддистов в эпоху после ухода Чже Цонкапы, поскольку появилась литература, выражавшая взгляды, противоположные позиции Чже Ринпоче. Но ученики и последователи Чже Ринпоче, по словам Туквана, «превратили их в пепел с помощью священного и логического потока алмазного огня», к тому же и сам Такцанг после того, как более внимательно изучил тексты Цонкапы, «потерял свою гору гордости и обрел веру последователя Дхармы в отношении Цонкапы, и искренне хвалил его» [Taktsang-Lotsawa]. Он пришел в восхищение и осыпал трактат и автора хвалебными словами, и написал такие слова: «Когда восходит солнце Вашей мудрости, цветок моей гордыни растворяется» [Ibid.]. Он признал, что ошибался в отношении Цонкапы, потому что был еще незрелым юношей и имел закрытый ум.
В тот период, когда Чже Цонкапа находился в реципрокных отношениях Учитель-Ученик с ньингмапинским ламой-махасиддхой Кхенчен Намкха Гьялценом по приглашению того учителя в монастыре Лходрак, у него зародилось намерение отправиться в Индию к Майтрипе с целью развеять с его помощью свои сомнения в понимании мадхьямаки. Но Намкха Гьялцен, посоветовавшись со своим идамом Ваджрапани, сказал, что Цонкапа принесет больше пользы живым существам и своим ученикам, оставаясь в Тибете, а свои сомнения он может рассеять, задавая вопросы непосредственно идаму [Цонкапа 2012, с. XLVI]. Как сказал когда-то Кьябдже Триджанг Ринпоче, младший наставник Его Святейшества Далай-ламы XIV, «мы обязаны созданием «Ламрим-ченмо» и других трудов этому ньингмапинскому ламе, потому что если бы Цонкапа ушел из Тибета, он был бы для нас потерян» [Thurman 2009, p. 33].
Прислушавшись к совету Намкха Гьялцена, Чже Цонкапа остался в Тибете. В монастыре Раденг, который был основан Дромтонпой и откуда происходит традиция групповых ретритов, в этом месте, где жили великие геше, он, пребывая в ретрите, написал в 1402 г. в возрасте 46 лет по просьбе учеников и ради помощи многим живым существам свой великий энциклопедический труд «Ламрим-ченмо», который является коренным руководством к практике постепенного пути. Позже были написаны еще «Средний Ламрим» и «Малый Ламрим» («Песнь духовного опыта»), а также множество комментариев к практикам. В трех текстах «Ламрим» объясняется полная система поэтапной практики Пути, основанная на преданности Гуру как корне всех реализаций. Учитывая, что в Тибете в то время наблюдался упадок нравственной дисциплины практикующих, Лама Цонкапа написал комментарий к главе о винае «Уровней бодхисаттв» Асанги. Для того чтобы подчеркнуть, что для тантрической практики преданность Гуру имеет еще большее значение, чем для общего Пути, он написал комментарий к «Пятидесяти строфам почитания Учителя» Ашвагхоши. В Тибете до Чже Цонкапы трудам Дигнаги и Дхармакирти не придавалось должного значения в контексте Пути, поскольку логика, как уже было сказано выше, считалась «внешней» дисциплиной. С целью подвигнуть учеников к пониманию значения буддийской логики и эпистемологии на пути просветления, он преподал ряд соответствующих курсов во время коллективных ретритов.
И все это время он не прекращал передавать учения тантр и проводить тантрические ретриты. Так, в его биографии говорится, что в монастыре Вёлка Джампа Линг он дал учение о стадиях высших тантр, совмещая это с объяснением «Ламрим чен-мо» [см.: Thurman 2009, p. 39]. Здесь указан принципиальный момент: практики Ламрима постепенной системы реализации общего Пути являются фундаментом постепенной реализации быстрого Пути тантр. Именно к Чже Цонкапе восходит система совмещенной практики сутраяны и ваджраяны, позже получившая название «линия Венсапы» по имени махасиддха Гьялва Венсапы Лобсанг Дондруба (15041566). Он был главным держателем традиции устных учений, которые были напрямую получены Чже Цонкапой от Манджушри, как говорится об этом в биографии Цонкапы. Намтар (агиография) шести первых махасиддхов устной традиции школы гелуг [Willis 1995], в которой содержится биография Гьялва Венсапы, является свидетельством того, что благодаря разработанной Чже Цонкапой уникальной системе тантрической медитации его последователи достигали высших реализаций, образуя непрерывную линию махассиддхов школы гелуг. Устные учения (gsung-chos), сущностные наставления (gdams-ngag) и тайные инструкции (man-ngag) этой линии трансмиссии Дхармы, восходящей к Чже Ринпоче, служат «ключом» к пониманию буддийского философского наследия Индии и методологической основой системной практики Пути (трех этапов, пяти путей) в единстве сутраяны и ваджраяны.