В ответ на слова семинариста, в которых было высказано сочувствие его деятельности, архимандрит Фаддей сказал: «Прежде всего, всё то доброе, что приписывается мне в речах, не мне одному принадлежит, но и прочим делателям, я же был лишь одним из них. Затем мне приписана какая-то особенная педагогическая опытность. Должен сказать, что я более стремился к указанному вами идеалу, в действительности же был нередко немудрым строителем, ибо, как я думаю, не всегда из моих предприятий происходило добро, что в настоящую минуту меня тревожно беспокоит. Тем не менее свидетельствую вам в настоящий день, что я старался обнять в своем сердце и попечениях всех воспитанников; не было таких, о которых бы я никогда не думал сочувственно и о которых не имел бы забот и попечений; я любил не только тех, которые любили меня и были мне приятны, но и тех, которые по разным причинам высказывали неприязнь в отношении ко мне, старался вместить в своем сердце.
Что касается моей любви к науке и к своим предметам, то я должен сказать, что действительно занимался своими предметами с любовью: те учебники, которые во многих возбуждали отвращение, даже ненависть, я изучал терпеливо еще в стенах семинарии, ценя, конечно, не самое содержание их, а те первоисточники, к знакомству с которыми они подготовляли, особенно Священное Писание, изречения которого приводил даже в обычных своих беседах с вами оно служило источником для меня самого, его считал я главным источником назидания и для вас. Сделавшись преподавателем, я горел желанием воспламенить в своих слушателях ту же ревность к словам Божественного Писания, какая воспиталась во мне под сенью храма в Нижегородской семинарии, посвященного святому Иоанну Дамаскину».
Отвечая на речи воспитанников, архимандрит Фаддей сказал: «В ответ на ваши желания сохранить со мной единение я должен сказать следующее. Духовное единение мое с теми, которых я любил и о которых имел попечение в прежних местах своего служения, сохранялось и сохраняется в моем сердце неизменно. Если многие совсем и забыли меня, то я не забыл их и сохраняю к ним свою любовь доселе. Тем более незабвенны навсегда останутся во мне добрые впечатления, заложенные в душе моей в здешней семинарии, в которой я более, чем в других дышал атмосферой любви».
Выслушав слово старшего преподавателя семинарии, в котором тот охарактеризовал его человеком науки и проповедником, архимандрит Фаддей сказал: «Та удивительная для меня самого устойчивость в труде, какую проявлял я в академии и в бытность преподавателем, объясняется любовью моей к юношеству духовному. Когда я был в Смоленске, то, живя в архиерейском доме, постоянно стремился в семинарию, как бы возводя очи свои в горы. Моя частая проповедь объясняется неудержимой потребностью души сказать слово, вызываемое непосредственными требованиями жизни: я чувствовал как бы огонь, горящий в сердце моем, заключенный в костях моих, который истомился, удерживая, и не мог удержать (Иер. 20: 9)».
На другой день состоялся отъезд архимандрита Фаддея из Уфы. По окончании занятий в семинарском храме был отслужен напутственный молебен, на котором присутствовали преподаватели и семинаристы. После молебна архимандрит Фаддей, обращаясь ко всем присутствовавшим в храме, сказал: «Оставляю вас с печалью и потому, что жизнь моя тесно связалась с жизнью вашей, и потому, что в здешней стране чувствовалось тепло и приятно; теперь же иду в северную страну, не зная, что встретит меня там, но заранее уготовляю себя на скорби, ибо на скорби всегда я и уготовлял себя прежде. Однако иду туда с верой во Христа, Который есть истинный путь и живот (Ин. 14: 6). Надеюсь, что с отъездом моим туда не прекратится совершенно мое единение с вами. Если кто получил через меня что-либо доброе, что дано было мне сделать по благодати Божией, то прошу воздать мне за это своими молитвами. Прочих же и всех вообще прошу простить меня».
И архимандрит Фаддей всем поклонился земным поклоном. Поклонились и ему все предстоящие, а затем стали подходить к нему под благословение и дружески прощаться. Но расставаться не хотелось. И вечером семинаристы и преподаватели собрались еще раз проститься с ним на вокзале.
«Ликуй, Фиваида Русская, красуйтеся, пустыни и дебри Олонецкие»
В Олонецкой семинарии, находившейся в городе Петрозаводске, в обязанности архимандрита Фаддея входило административное управление учебным заведением с разрешением всех вопросов, возникавших как у корпорации преподавателей, так и у учащихся, и преподавание порученных ему предметов. 31 марта он был назначен редактором неофициальной части «Олонецких епархиальных ведомостей», в которых публиковались тогда исторические и богословские материалы, а также местная хроника значимых епархиальных событий.
Архимандрит Фаддей служил часто и всегда проповедовал. 22 февраля 1903 года, в субботу, после поздней литургии в петрозаводском Святодуховском кафедральном соборе он в сослужении соборного духовенства отслужил благодарственный молебен Господу в память освобождения крестьян от крепостной зависимости. 23 февраля, в Неделю 1-ю Великого поста, богослужение в кафедральном соборе отличалось особой торжественностью. Божественную литургию служил епископ Олонецкий Анастасий (Опоцкий) в сослужении архимандрита Фаддея и соборного духовенства. Вместительный Святодуховский собор был полон молящихся. После литургии было совершено Последование Недели Православия. «Возглашавшаяся диаконом и исполненная певчими Анафема переносила мысли молящихся ко временам отдаленной христианской древности, когда могучий голос Церкви служил авторитетным выразителем суда над лжемыслящими и когда суд этот чувствовался и сознавался всеми» писал очевидец.
В Петрозаводске в Братском Назарьевском доме в то время были заведены на регулярной основе воскресные религиозно-нравственные чтения; в этих чтениях архимандрит Фаддей стал принимать деятельное участие. 2 марта в Братском доме проходило, казалось бы, рядовое религиозно-нравственное чтение, но оно привлекло в этот раз большое число слушателей. «Не только громадный зал здания, но и левая от входа боковая комната и вестибюль были переполнены народом. Причиной такого скопления публики было желание послушать в первый раз выступавшего с чтением нового ректора семинарии отца архимандрита Фаддея. Отец ректор прочитал О начале христианской жизни (по Феофану Затворнику)».
В следующее воскресенье вечером в Братском доме состоялись религиозно-нравственные чтения на темы, предложенные архимандритом Фаддеем: «Как начинается в нас христианская жизнь (по преосвященному Феофану Затворнику)», «Состояние грешника и действие благодати», «Торжественное шествие Господа Иисуса Христа на крестные страдания (объяснение 12-й главы Евангелия от Иоанна)». «Житие сорока мучеников» прочитал кафедральный протоиерей А. П. Надежин. Все чтения были прослушаны с большим вниманием.
«Очевидно, подвижнические писания святых отцов, писал архимандрит Фаддей, издавна любимые русским народом, как непосредственно касающиеся духовной жизни, и изъяснение Священного Писания, этого первоисточника последней в его непосредственном виде, могут при более или менее умелом выборе предметов для чтения и объяснения и ныне увлекать наш народ».
Через неделю архимандрит Фаддей предложил чтение на тему: «Что требуется от человека для того, чтобы вселилась благодать в его сердце».