Возглавляет ЕРС ПВО командующий, назначаемый Президентом Республики Беларусь и Президентом Российской Федерации по представлению Министров обороны обеих стран.
Порядок использования и развития объектов военной инфраструктуры, создания запасов материальных средств для ЕРС ПВО, а также поддержания их в готовности к использованию в интересах обеспечения безопасности Сторон определяется Соглашением о совместном использовании объектов военной инфраструктуры Беларуси и России, заключенном 16.10.1998, которое вступило в силу 14.01.2000.
Совместная охрана Государственной границы Беларуси
27.07.1990 Верховный Совет еще Белорусской Советской Социалистической Республики принял Декларацию о государственном суверенитете, в статье 6 которой указывалось, что территория республики «является неделимой и неприкосновенной», а все вопросы о ее границах решаются только на основе взаимного согласия между республикой и смежными с ней суверенными государствами путем заключения соответствующих договоров. Однако Закон о Государственной границе, согласно которого все «участки Государственной границы с сопредельными государствами, не оформленные в международно-правовом отношении» подлежали договорному закреплению, был принят только 04.11.1992, а статус «Государственная граница», «до заключения соответствующих договоров о государственной границе Республики Беларусь с Российской Федерацией, Украиной, Литовской Республикой и Латвийской Республикой», бывшей административной границе БССР с союзными республиками СССР, а ныне независимыми государствами, был придан только 11.07.1993 Постановлением Верховного Совета Республики Беларусь 2379.
К этому времени статус Государственной границы имела только граница с Польшей, а границ с Литвой, Латвией, Россией и Украиной не было, так как для их установления требовалось проведение делимитации и демаркации.
К настоящему времени полностью завершена демаркация Государственной границы Беларуси с Литвой (02.02.2007) и Латвией (06.11.2008) и ведутся работы по демаркации Государственной границы Беларуси с Украиной (с 2013 г.). Государственная граница Беларуси с Россией остается не обозначенной, хотя в точках стыка границ Беларуси, России и Латвии, а также Беларуси, России и Украины установлены пограничные знаки. Кроме того, 04.09.2014 Президентом Беларуси подписан Указ 433, которым устанавливается приграничная территория в пределах административно-территориальных единиц, примыкающих к госгранице Беларусь с Россией. Однако подразделения органов пограничной службы Беларуси охрану границы с Россией и контроль приграничной территории не осуществляют, а охрана Государственной границы Беларуси с другими странами ее органами пограничной службы осуществляется в сотрудничестве с органами Федеральной пограничной службы России.
Начало этому было положено заключением 15.03.1994 Соглашения между правительствами Беларуси и России о сотрудничестве по пограничным вопросам и подписанием 15.04.1994 трехстороннего Меморандума о сотрудничестве в охране государственных границ Беларуси, России и Украины. В развитии положений Меморандума, 21.02.1995 между Беларусью и Россией был заключен Договор о совместных усилиях в охране Государственной границы Республики Беларусь, причем, применительно к данному Договору термин «Государственная граница Республики Беларусь» означает Государственную границу Республики Беларусь только с Латвийской Республикой, Литовской Республикой и Республикой Польша. Таким образом, с 11.05.1995 даты вступлением в силу этого Договора, был снят вопрос о статусе государственной границы с Россией ни одно подразделение пограничных войск органов пограничной службы Беларуси никогда не выступило на охрану Государственной границы Беларуси и России, поэтому и вопросы о ее делимитации и демаркации не возникали, а единственный пограничный столб был установлен у пункта пропуска «Редьки» в 1995 г. и буквально на следующий день был выкопан Александром Лукашенко и премьер-министром России Виктором Черномырдиным.
Для обеспечения практического взаимодействия пограничных ведомств Беларуси и России Соглашением от 15.03.1994 был создан совместный Координационный Совет. Также, в целях проведения согласованной пограничной политики, в 1997 г. был создан Пограничный комитет Союза Беларуси и России, переименованный в 2000 г. в Пограничный комитет Союзного государства.
В целях реализации согласованных решений, обеспечения практического взаимодействия пограничных войск Беларуси и России в охране Государственной границы Беларуси, при Главном управлении Пограничных войск Республики Беларусь была создана Оперативная группа Пограничных войск Российской Федерации, а при Федеральной пограничной службе Российской Федерации Группа представителей Главного управления Пограничных войск Республики Беларусь. Численность, структура и порядок комплектования Оперативной группы определяются совместно главами пограничных ведомств Беларуси и России.
Кроме того, Соглашением от 15.03.1994 устанавливалось, что Беларусь и Россия «на основе равного долевого участия будут осуществлять финансирование обустройства и оборудования Государственной границы Республики Беларусь с Латвийской Республикой и Литовской Республикой», и что Россия будет оказывать Беларуси необходимую помощь «в материально-техническом обеспечении ее пограничных войск, а также в разработке, размещении заказов, изготовлении, внедрении и ремонте вооружения, техники и оборудования, применяемых в охране Государственной границы Республики Беларусь» и «в подготовке кадров, в том числе младших специалистов».
Для реализации положений Договора командующим Пограничными войсками Беларуси и главнокомандующим Пограничными войсками России были подписаны соответствующие протоколы.
Вскоре после заключения Договора о совместных усилиях по охране Государственной границы Беларуси, была утверждена союзная программа по обустройству границ на 19962001 гг., для реализации которой из союзного бюджета выделялось 222,7 млн. российских рублей.
Дальнейшее развитие Договор о совместных усилиях по охране Государственной границы Беларуси получил с принятием 08.12.1999 Программы действий Республики Беларусь и Российской Федерации по реализации положений Договора о создании Союзного государства.
Согласно данной Программы, реализация долгосрочной стратегии пограничного сотрудничества осуществлялась в три этапа. В ходе первого, в 19992000 гг., осуществлялась выработка подходов и подготовка предложений по сближению нормативно-правовой базы и определение первоочередных мер по интеграции пограничных ведомств; в ходе второго, в 20012005 гг. унификация нормативно-правовой базы, а также проведение реформ в области пограничной политики обоих государств; с 2005 г. начался третий этап, в ходе которого было завершено формирования системы охраны границ Союзного государства и создание унифицированной системы пограничного и таможенного контроля на границах.
Также в 1995 г., после подписания Беларусью и Россией Договора о совместных усилиях по охране Государственной границы Беларуси, была принята союзная программа по обустройству границ на 19962001 гг. Для реализации этой программы из союзного бюджета было выделено 222,7 млн. российских рублей, которые были использованы на строительство комендатуры «Опса», застав «Савейки» и «Лынтупы», погранпостов «Заболоть», «Росица», «Субботники», «Пакульня», «Крейванцы», «Друя», питомника на 100 служебных собак в Сморгони, два шестиквартирных дома в н. п. Верхнедвинск, а также на реконструкцию военного городка в г. Лида. и других объектов пограничной инфраструктуры. Всего в этот период было введено в эксплуатацию 28 объектов пограничной инфраструктуры, при этом доля финансирования Россией составила почти 80%.