Полгода спустя после переворота 18 фрюктидора (4 сентября 1797 г.) в Париже Массена сменил генерала Бертье на посту командующего французскими войсками в Риме и Папской области.
Это назначение явилось для него причиной больших неприятностей. Гарнизон Рима состоял в основном из войск бывшей дивизии генерала Бернадота, которые в прошедшей кампании постоянно соперничали с дивизией Массены, и теперь с большим неудовольствием восприняли весть о назначении нового командующего. Положение усугублялось и тем, что вверенные Массене войска находились в плачевном состоянии. Они уже долгие месяцы не получали жалованья, голодали из-за частых и продолжительных перебоев в снабжении, их одежда превратилась в лохмотья, обувь развалилась. В то же время правительственные комиссары и разного рода чиновники оккупационной администрации почти в открытую занимались хищениями казенного имущества, грабежами и вымогательствами на территории завоеванной страны. Из-за попустительства военных властей все эти негативные явления приняли широкий размах.
Массена, вступив в командование, не принял никаких мер против обнаглевших казнокрадов и всякого рода стяжателей, чем сразу же восстановил против себя войска. Теперь его алчность и лихоимство, которыми он уже давно грешил, впервые встретили отпор со стороны подчиненных. В то время, когда войска терпели неимоверные лишения, вороватые чиновники не жалели денег на сомнительные удовольствия, прожигая огромные суммы в городских притонах, а личные сундуки Массены ломились от награбленных ценностей.
Это все прекрасно знали. Возмущение нарастало.
И вот 23 февраля 1798 г. офицеры римского гарнизона, собравшись на совещание, открыто потребовали от своего командующего прекратить казнокрадство чиновников и все творимые ими безобразия. В своем обращении к командующему они весьма прозрачно указывали на главного виновника сложившегося положения. Однако Массена отверг предъявленные обвинения и приказал вывести большую часть гарнизона из города.
В ответ войска отказались ему повиноваться.
Сложилась обстановка, близкая к бунту.
Офицеры-заговорщики обратились напрямую к Директории, потребовав отстранить Массену от занимаемой должности. В своем обращении к правительству Республики они, в частности, заявляли «о вымогательствах и грабежах, совершаемых повсюду, где Массена командовал». В подтверждение приводился длинный список примеров, обличающих командующего.
Перед угрозой открытого мятежа Директория была вынуждена отозвать скомпрометировавшего себя генерала. Сдав командование генералу Дальманю, Массена уехал в Париж, где употребил все свое влияние, чтобы смягчить участь офицеров-заговорщиков.
Более года он оставался не у дел.
Только в апреле 1799 г. был назначен командующим войсками в Швейцарии в связи с начавшейся войной со Второй антифранцузской коалицией и первыми неудачами республиканских войск. В той кампании 1799 г. во всей полноте раскрылся полководческий талант Массены.
Сразу же со вступлением в должность Массена решил действовать наступательно. Перейдя Рейн, возглавляемая им армия (свыше 70 тыс. чел.) подступила к австрийской крепости Фельдкирх. Но штурм этой крепости окончился неудачей, и Массене пришлось отступить. После того, как Журдан на Рейне и Шерер в Италии потерпели поражения, положение Массены в Швейцарии сделалось угрожающим, и он тоже вынужден был начать отступление. К осени 1799 г. положение на фронтах для Французской республики стало почти катастрофическим. Русско-австрийская армия А. В. Суворова, наголову разгромив французов, овладела почти всей Северной Италией и угрожала вторжением во Францию. На Рейне положение французских войск также было ненамного лучше.
В создавшейся обстановке Директория подчиняет Массене в оперативном отношении Рейнскую и Дунайскую армии (каждая из них имела численность не более 3040 тыс. чел.). К тому же эти малочисленные армии были растянуты на широком фронте. Австрийские войска, которыми командовал эрцгерцог Карл, имели значительное численное превосходство. Когда австрийцы двинулись на Рейн, оставив находившийся в Швейцарии русский корпус генерала А. М. Римского-Корсакова (24 тыс. человек) без должной поддержки, командующий французской Швейцарской армией Массена незамедлительно воспользовался этим и в двухдневном (так называемая Вторая битва) сражении при Цюрихе (2526 сентября 1799 г.) разгромил его. Эта победа Массены окончательно устранила угрозу вторжения союзных войск во Францию.
Затем Массена попытался разгромить пробивавшийся с боями через Альпы на соединение с войсками Римского-Корсакова русский корпус Суворова (ок. 20 тыс. чел.; данные разнятся), но потерпел неудачу. Изумленный беспримерным героизмом суворовских воинов Массена тогда воскликнул, что отдал бы все свои победы только за один Швейцарский поход Суворова. (Правда, хоть и беспримерный, но неэффективный!) Такова была оценка военного искусства русского полководца признанным во Франции мастером горной войны.
Благодаря победам Массены (после победы при Цюрихе его войска нанесли ряд поражений и австрийцам) положение Французской республики значительно улучшилось. Франция как бы негласно признала его «спасителем Отечества» (после измены генерала Пишегрю это звание никому больше во Франции официально не присваивалось). Так его назвал и возвратившийся в это время из Египта Наполеон Бонапарт.
Известие о перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 г.), в результате которого к власти во Франции пришел Наполеон Бонапарт, Массена встретил без энтузиазма. Он не забыл довольно сложные отношения со своим бывшим главнокомандующим и ничего хорошего лично для себя от него нового возвышения не ожидал. Но как человек расчетливый и достаточно осторожный в вопросах политики, и к тому же занимавший должность командующего одной из армий Республики, он проявил сдержанную лояльность к этому событию. Вместе с другими командующими армиями Массена, вероятно, скрепя сердце, приветствовал переворот 18 брюмера и приход Бонапарта к власти.
И интуиция не подвела бывалого бойца. 23 ноября 1799 г. Первый консул Республики генерал Наполеон Бонапарт назначил Массену командующим Итальянской армией. Однако это назначение последний принимает без особого восторга. Дело в том, что разгромленная союзниками в 1799 г. Итальянская армия находилась в крайне незавидном положении, удерживая в районе Генуи последний клочок итальянской земли. Саму Геную оборонял небольшой гарнизон, лишенный самых необходимых запасов.
Перед тем как согласиться на перевод в Италию Массена поставил перед главой государства условие: он не возглавит армию, обреченную на оборонительные действия, и недвусмысленно заявил о своих претензиях на главное командование. Бонапарт удовлетворяет его требование. Массена получает права главнокомандующего, в том числе и по части тех реквизиций, которые он сочтет необходимыми для нужд армии.
Правда, прибыв в армию (январь 1800 г.) и увидев все своими глазами, Массене пришлось распрощаться со своими честолюбивыми намерениями. Противник имел более чем двойное превосходство в силах, побережье блокировал английский флот, армия находилась в ужасающем состоянии, госпитали были переполнены больными и ранеными, моральный дух войск приближался к критической отметке, целые батальоны превратились в неуправляемые банды, промышлявшие грабежами и разбоями. Но не таков был Массена, чтобы пасовать перед трудностями, какими бы непреодолимыми они ни были. Первым делом он энергично взялся за наведение порядка в войсках. Второе, что предпринял новый командующий, отвел все войска в Геную, решив обороняться в ней до последней возможности.