Поражение в Крымской войне (18531856) и падение Севастополя произвели ужасающее впечатление на современников. Это поражение остро поставило вопрос об отмене крепостного права и других преобразованиях. Как писал историк В. О. Ключевский, «Севастополь ударил по застоявшимся умам». Именно после Крымской кампании, участником которой был и Н. И. Пирогов, уже в 46 лет, будучи блестящим хирургом, глубоко занялся проблемами воспитания, научной педагогикой для создания условий учиться человеку свободно и самостоятельно мыслить.
Выражение его идей началось со статьи в «Морском сборнике», который в то время лично патронировался Великим князем Константином прогрессивным государственным деятелем, убежденным реформатором. Статья Н. И. Пирогова в таком значимом журнале сразу придавала ей государственный, почти императорский статус. Более того, статья была незамедлительно перепечатана в приложении за 1856 год в педагогическом официозе «Журнале Министерства народного просвещения» (9) с многозначительной сноской «печатается по указанию Министра народного просвещения». Все это придало «Вопросам жизни» чуть ли не статус официальной педагогической концепции, новой государственной философии образования, которую педагогам необходимо было не только изучать, но и выполнять.
При этом, окончательно ввела «Вопросы жизни» в круг самых обсуждаемых публикаций, статья Н. А. Добролюбова «О значении авторитета в воспитании», вышедшая в майском номере 1857 года самого популярного тогда общественно-литературного журнала «Современник», где была дана её благожелательная оценка: «статья поразила всех и светлостью взгляда, и благородным направлением мысли автора, и пламенной, живой диалектикой, и художественным представлением затронутого вопроса». Собственно, благодаря Н. А. Добролюбову широкие круги читателей, далекие от таких изданий как «Морской сборник» и «Журнал Министерства народного просвещения» познакомились с содержанием «Вопросов жизни». В целом, высокую оценку статья получила и у другого тогдашнего властителя дум Н. Г. Чернышевского.
Самым непосредственным образом сказалась та тяжелая общественно-политическая обстановка, которая сложилась в России после поражения в Крымской войне и унизительного Парижского мира. И в обществе, и в правительственных кругах крепло убеждение, что «так жить нельзя», что необходимы кардинальные реформы. И эти Великие реформы 1860-х годов, начались с освобождения крестьян в феврале 1861 года, от крепостного права.
По выражению Н. П. Сакулина: «Пирогов явился перед лицом русского общества в качестве публициста-мыслителя тогда, когда началось духовное пробуждение страны; с суровой прямотой и непобедимой искренностью поставил он вопросы: так ли мы живем, как нужно? Чего мы желаем? Он призывал русского человека к грозной исповеди перед своей совестью, к принципиальному пересмотру основ жизни». В результате, статья существенным образом изменила и судьбу самого Николая Ивановича Пирогова.
После публикации «Вопросов жизни» в России стала издаваться педагогическая литература, которой практически не существовало. «В чем состоит цель нашей жизни? каково наше значение? к чему мы призваны? чего должны искать мы?» были первые вопросы жизни, выдвигаемые Н. И. Пироговым в его статье. Он считал, что система образования, обеспечивающая развитие личности, должна строиться на научной основе, от начальной до высшей школы, и обеспечивать преемственность всех систем образования.
В основе педагогической системы Н. И. Пирогова лежала глубокая любовь к человеку и человечеству, определяющая его доведенный до высшего напряжения идеализм. Он так писал об этом: «Итак, я остаюсь при моем убеждении, что, задавая себе вопрос, чего мы желаем, мы открываем себе путь к идеальной стороне каждого дела; решая этот вопрос, мы узнаем, насколько мы еще отделены от идеала, и с тем вместе узнаем самих себя. Ясно ли это для других не знаю; но я, при моем складе ума, никогда не пойму, чтобы идеал, как ложный признак недосягаемого совершенства, не мог руководить нами ни в действиях, ни в суждениях Как идея времени, пространства, числа и меры, так и идея совершенства, служащая незримою мерою наших действий, присущи человеку» (Пирогов Н. И. Избранные педагогические сочинения).
В педагогику Николай Иванович Пирогов пришёл человеком зрелым, со сложившимися глубокими и стойкими убеждениями, оригинальной и целостной философской картиной мира, продуманной концепцией реформирования процессов воспитания молодежи. Учёным был подробно обоснован процесс подготовки «юного атлета жизненной борьбы» прежде всего, он должен «иметь от природы хотя какое-нибудь притязание на ум и чувства». Мыслитель подчеркивал, что «убеждения может иметь тот, кто приучен с ранних лет проницательно смотреть в себя, кто приучен с первых лет жизни любить искренно правду, стоять за нее горою и быть непринужденно откровенным как с наставниками, так и со сверстниками. А эти свойства достигаются верой, вдохновением, нравственной свободой мысли, способностью отвлечения, упражнением в самопознании».
По его убеждению, «именно школа несёт в себе идеальную составляющую, которая противостоит предметно-утилитарной направленности жизни». Но для этого школа должна была «чётко определиться с целями и задачами своей не только текущей, но и перспективной деятельности, поскольку школа не иначе может совершенно и нераздельно слиться с жизнью, как приняв на себя дело и общечеловеческого, и специального образования» (Пирогов Н. И. Избранные педагогические сочинения).
Разрешение сложившегося противоречия виделось Н. И. Пирогову в превращении школы в лабораторию выращивания государственных и общественных идеалов и последовательного распространения этих высоких идеалов на жизнь общества. Для этого школа должна была «восстановить свое прямое предназначение быть руководителем жизни на пути к будущему». Николай Иванович считал, что школа получит «нравственное право на гегемонию в прогрессе», когда «все дарования и способности, все благие и высокие стремления найдут в школе средства к бесконечному и всестороннему развитию, без забот об их приложении».
Центральной категорией в педагогической системе Н. И. Пирогова являлось понятие «человечность», определившей направленность его педагогических устремлений и определяло идеальную конструкцию образовательного процесса. По мнению В. А. Волковича: «основная задача воспитательной теории Пирогова: осуществление идеала, носителем которого является человек, путем борьбы, процесса жизненного делания добра во имя любви для лучшего грядущего, социального и культурного переворота. Отсюда вытекала центральная педагогическая задача предотвратить или, как минимум, насколько возможно отсрочить столь опасный и чреватый, по убеждению Пирогова, раскол личности, ее дуализм, выраженный им в известном противоречии Быть и Казаться. По Пирогову Быть осознавать себя самоценной и самодостаточной человеческой личностью, стремиться к идеалам Веры, Добра, Справедливости, Патриотизма. Казаться значит не жить полноценной самостоятельной жизнью, а играть, исполнять отведенную тебе роль».
Для Н. И. Пирогова это было, конечно, очень серьёзное решение. Ведь не только кардинально менялась сфера его профессиональной деятельности педагогика на медицину, но изменилось и её содержание. Как писал Н. П. Сакулин, «знаменитый хирург проникся чисто евангельской верой в воспитание и решается на настоящий жизненный подвиг: он круто порывает со своим славным прошлым и делается педагогом».