Пограничные с Русью северные земли Ливонии отошли, как тогда говорили, под руку московского царя. Боевые действия переместились на юг владений Ливонского ордена. В Пскове сформировали пять полков под водительством Петра Ивановича Шуйского и Фёдора Ивановича Троекурова, которые двинулись к крепости Нейгаузен (Вастоелийна). В первых числах июня русские войска окружили город. Русские пушкари, ведя плотный огонь, сбили верх одной из башен города и сделали пролом в крепостной стене. Стрельцы, прикрываясь турами, вплотную приблизились к городским укреплениям. Гарнизон потерял всякую возможность обороняться и 30 июня выкинул белый флаг.
В июле 1558 г. русские войска осадили Дерпт. Воевода Шуйский предложил дерптцам сдаться, но собранные епископом Германом войска решили отстоять город до тех пор, пока рыцарские войска не придут к ним на помощь. Против главных ворот русские насыпали земляной вал, установили на нём пушки и повели обстрел города, не прекращавшийся трое суток. За это время валы вокруг города поднялись настолько высоко, что ядра начали разрушать городские строения. Положение осаждённых становилось отчаянным. Шуйский снова предложил сдать город, но ответа не получил. Осада возобновилась. Стены крепости начали рушиться. И тогда магистрат послал гонцов к Шуйскому, чтобы узнать условия капитуляции. Они оказались приемлемыми.
В январе 1559 г. начался новый поход русских войск в Ливонию. В течении месяца (с 15 января по 17 февраля) они, не встречая сопротивления, дошли до Риги»27.
Стяг и оружие Ивана Грозного. Рис. Ф. Солнцева.
Сохранилось свидетельство иностранца, как же выглядела русская конница в то время. Франческо Тьеполо, 1560 г.: «Конница из более знатных и богатых одевается в панцири из тонких и хорошо закалённых металлических пластинок; причём всё это производится в Персии. Эти (конники) в большинстве действуют копьём, прочие же все вместо лат носят толстые (стёганные) кафтаны, очень плотно набитые хлопком, они часто противостоят ударам, особенно стрелам. Среди них есть большой отряд аркебузеров, а все другие действуют луком. Общим для всех оружием является меч и кинжал, а немногие выделяются железными палицами. Лошади у них малорослые, но весьма приспособлены к (воинскому) труду и всяким невзгодам, а сверх всего и к холоду»28. Второй раз описание лошадей в русской армии совпадает с описанием лошадей башкирской породы. Похоже, Иван Грозный не только привлёк башкир к войнам России, но и массово и дёшево закупил у них лошадей для своей армии.
Армия Ивана Грозного быстро сокрушила государство крестоносцев. Но 31 августа 1559 г. Ливонский орден перешёл под протекторат Польши. К поздней осени польские гарнизоны разместились в крепостях Рижского епископства, а датский король Фредерик II послал своего младшего брата Магнуса с войсками в Северную Эстонию. Несмотря на это, «как только закончился срок перемирия (с февраля по декабрь 1559 г.), русские войска в начале 1560 г. возобновили наступление. В феврале воеводы П. Шуйский, И. Мстиславский осадили город Мариенбург (Алуксне), разбили стену, и гарнизон капитулировал.
Башкир военоначальник в походе. Худ. А. О. Орловский. Нач. XIX в.
Летом князь А. М. Курбский по личному повелению Ивана IV пошёл на город Вейсенштейн (Пайде). Сторожевые отряды захватили пленников, от которых Курбский узнал, что противник ждёт его в 8 км от крепости. Бой длился полтора часа. За это время подошли основные силы русского войска, и в ожесточённой рукопашной схватке немцы были опрокинуты. В панике они бежали к единственному мосту, наведённому через реку, протекавшую в тылу ливонцев. Мост не выдержал большой массы людей и проломился. Многие солдаты противника утонули. Когда взошло солнце, (этого) войска ливонцев не существовало.
В начале августа русские обложили Феллин, в котором находились огромные запасы продовольствия и военного снаряжения. Крепость имела на вооружении 18 тяжёлых орудий и 450 пушек разного калибра. Русские насыпали валы, расставили артиллерию и в течении трёх недель вели интенсивный огонь по городу. Попытки союзных польско-литовских войск прийти на помощь осаждённой крепости были отбиты Курбским. 21 августа Феллин подвергся особенно интенсивному обстрелу. Под давлением горожан бывший магистр ордена Фюрстенберг вынужден был принять условия капитуляции. Русские войска вошли в город.
Ливонские власти спешили найти себе (новых) покровителей. Северная Эстония с городом Таллинном 6 июня 1561 г. подчинилась Швеции, а 5 марта 1562 г. магистр ордена и рижский архиепископ присягнули на верность Польше. С подписанием этого договора Ливонский орден прекратил своё существование. В конце 1562 г. против России выступили (уже) Польша и Литва. Иван IV решил лично возглавить русские войска и 14 января 1563 г. из Великих Лук двинулся с войсками к Полоцку. 31 января началась осада Полоцка. Русские пушки после интенсивного обстрела «стены пробили, и ворота выбили». Однако гарнизон сопротивлялся. Всё же массированный огонь русских орудий, не прекращавшийся ни днём, ни ночью, обрушил 500-метровый участок крепостной стены, и 15 февраля 1563 г. город сдался. В 1564 г. военные действия возобновились. В январе на реке Улла и в июле под Оршей русские войска потерпели поражение. Начались измены бояр и воевод, не разделявших политику Ивана IV. В апреле 1564 г. перешёл на сторону противника и князь А. М. Курбский, возглавлявший русские войска в Прибалтике с 1562 г.»29.
То есть, «эта победа нарушила расстановку сил на Балтийском море и поэтому настроила против России целый ряд стран. Одной из них была Швеция. Ещё более сложным оказался конфликт с Литвой, с которой Москву связывало длительное соперничество за наследие Древней Руси. Московские великие князья ещё ранее провозгласили желание воссоединить все бывшие княжества Руси, значительная часть которых, ослабленных монголо татарским вторжением, попала под власть Литвы. Литва, понимая, что сил удержать русские земли у неё не хватает, объединилась с Польшей в одно государство (Люблинская уния 1569 г.-авт.). Так на западных границах России возникла могущественная держава Речь Посполитая.
Ожидаемой быстрой победы не получилось. Началась изнурительная война, продолжавшаяся четверть века, и не столько против крестоносцев, сколько против новых противников Польши и Швеции, стремившихся не допустить закрепления России на Балтийском побережье. В результате Россия вышла из войны пусть и без больших территориальных потерь, но очень ослабленной. Территорию Ливонии между тем поделили между собой Швеция, Речь Посполитая и Дания»30. Ливонская война была самой крупной из всех войн, которые вело Московское царство и потребовала напряжения всех сил царства. (Лишь в 1583 г. Иван IV заключил трёхлетнее перемирие со Швецией). По данным профессора А. Н. Усманова в Ливонской войне участвовали и башкиры: в 1558 г. в передовом полку Д. Ф. Адашева и «большом полку Шиг-Алея»31.
Получив от польско-литовского короля Сигизмунда II Августа подстрекательское письмо о том, что Московское царство увязло в большой войне в Прибалтике, крымский хан Девлет Гирей в 1571 году двинулся на Москву с 40-тысячной ордой. Они разграбили и сожгли ремесленные слободы, столица выгорела практически дотла. Десятки тысяч русских людей были угнаны в рабство. Только Кремль устоял. Крымский хан был уверен, что после этого удара Московия уже не оправится. В следующем 1572 году он шёл уже «царствовать» в Москве. Татарские мурзы заранее разделили между собой русские земли. «Выступившее в июне войско хана насчитывало до 120 тыс. человек, в том числе 7 тысяч турецких янычар. Под Серпуховым ханские войска встретили отпор со стороны основных сил русской рати под командованием М. И. Воротынского. Девлет Гирей, оставив небольшие отряды у Серпухова, с основными силами переправился через Оку при впадении в неё Лопасни и направился по Серпуховской дороге к Москве.