Остававшиеся в стране деятели крупных движений сопротивления «Легальность» и «Национальный фронт» вместе с группой интеллигенции из Шкодера создали Объединенный комитет, координировавший подготовку восстания. Они сознавали слабые стороны антикоммунистического движения сопротивления: рассредоточенность и недостаточную координацию действий. Под лозунгом «За веру и отечество долой коммунистов!» сконцентрированные в Пострибе отряды 8 сентября 1946 года с трех сторон ударили по Шкодеру, чтобы захватить находившиеся в городе военные склады. Главную роль в этом сыграли силы, собранные крупнейшими северными кланами (в общей сложности около 450 человек). Эта нескоординированная атака не была, как ожидали организаторы, поддержана местным населением, ее пресекли уже в пригородах верные правительству воинские части. 12 схваченных повстанцев подверглись публичной казни в Шкодере. Погоня за крупнейшими из оставшихся отрядов вынудила их лидеров Мухаррема Байрактари, Хасана Крюэзиу и братьев Гани бежать из страны вместе с группой самых надежных приверженцев. Большинство антикоммунистических движений сопротивления к концу 1946 года прекратило свою деятельность. Те, что остались, были малочисленны менее чем по 20 человек. Бóльшая их часть действовала в районе Мирдите, население которого отличалось консервативностью.
Пострибское восстание привело к усилению преследований духовенства, однако отношение коммунистов к религиозным объединениям было неодинаковым. Православным и мусульманам удалось найти взаимопонимание с властями: коммунистическое руководство обозначило духовенству допустимые пределы его пастырской деятельности, а религиозные лидеры обещали властям свою пропагандистскую поддержку. В этой ситуации главный удар преследователей пришелся на Католическую церковь, с которой власти связывали повстанческие действия на Севере. Преследование Католической церкви было обусловлено восприятием ее как силы, способной координировать действия потенциальной оппозиции. В первую очередь официальная пропаганда вменяла католикам в вину сотрудничество с Италией. По сути, первая волна репрессий была связана с отказом Католической церкви полностью подчинить свои структуры государству, а также с ее поддержкой антикоммунистических организаций на Севере. В январе 1946 года были арестованы и расстреляны иезуитские священники и монахи. Наибольший размах репрессии против католического духовенства приняли сразу после подавления Пострибского восстания. В период до 1949 года были убиты больше половины священнослужителей. Компромисс был достигнут только в июле 1951 года. Католическая церковь сохранила право поддерживать контакты с Ватиканом, хотя коммунистические власти и старались свести их к минимуму.
В ноябре 1946 года принимается закон 372 «О преступлениях против народа и государства». Он значительно расширял понятие враждебной деятельности против новой политической системы и органов государственной власти, включив в него также недонесение о преступлении. По состоянию на январь 1947 года в албанских тюрьмах, по официальным данным, находились 4749 заключенных, из них 3659 были осуждены на основании закона 372.
Для осужденных за политические преступления была создана сеть трудовых лагерей. Поводом стала переполненность тюрем, а также убеждение, что положение находящихся там заключенных чересчур хорошо. В 1947 году существовали четыре трудовых лагеря. В крупнейшем из них, Малитьи, свыше тысячи заключенных занимались осушением болот. Позже лагеря возникали чаще всего там, где начиналось строительство каналов, аэропортов и железных дорог. Постоянно действовали лагеря, расположенные при рудниках, в том числе пользовавшийся самой дурной славой лагерь в Спаче на пиритовых месторождениях. Условия содержания в лагерях оскорбляли человеческое достоинство, а дневной продовольственный паек на одного заключенного не превышал 300 граммов.
Была распространена и другая форма репрессий «политическое интернирование». Так, в 1947 году интернированию подверглись 1272 человека. Этому наказанию подвергались чаще всего семьи заключенных: их отправляли в отдельные поселения «закрытые деревни» без права свободного передвижения, под надзор сотрудников Департамента защиты народа. Число осужденных в Албании было значительно выше, чем ранее, в период итальянской оккупации, прежде считавшейся крайне жестокой.
Принцип коллективной ответственности стал необыкновенно эффективным способом предупреждения потенциальных угроз. Вся семья могла быть наказана за поступок, совершенный одним из ее членов. Осознание опасности, угрожающей близким, удерживало недовольных от попыток противостоять существующему политическому и общественному порядку.
Из-за невозможности активного сопротивления многие люди, особенно молодежь, избирали другие формы протеста. Чаще всего это было бегство из страны перед призывом в армию. После 1948 года, когда Белград разорвал отношения со странами коммунистического лагеря, бегство в Югославию стало очень опасным предприятием: пойманных при попытке бегства обвиняли в государственной измене. Многие из тех, кому удалось бежать, участвовали в работе албанских организаций, которые особенно активно развивались в Югославии в надежде на свержение режима Ходжи.
Албанские политэмигранты осуществили ряд диверсионых акций. Крупнейшая из таких операций, за которой стоял действовавший во Франции Комитет свободной Албании, проводилась в 19491953 годах и закончилась полным провалом. По албанским источникам, в ней принимали участие около 900 человек, из которых свыше 300 были заброшены на территорию страны. Не меньше 200 были убиты или арестованы. На нескольких показательных процессах большинство обвиняемых были приговорены к смертной казни. Последний процесс прошел 12 апреля 1954 года. Провалом закончилась и попытка диверсии, которую предпринял в 1982 году отряд Джевдета Мустафы, действовавший по указаниям находившегося в эмиграции Леки I Зогу, «короля в изгнании». Успех коммунистов стал возможен, в частности, из‐за сотрудничества или по крайней мере безразличия запуганного населения.
К концу 1940‐х в запуганном албанском обществе было сформировано «пространство репрессий». Примером абсурда репрессивной политики могут служить события, случившиеся после попытки взрыва советского посольства в феврале 1951 года. Хотя взрыв не нанес большого ущерба, в течение нескольких дней Сигурими (албанская спецслужба и тайная политическая полиция) устроила в столице охоту на людей. Несмотря на то что фамилии исполнителей были известны полиции еще до покушения, а динамит диверсантам предоставил агент госбезопасности, дело должно было продемонстрировать эффективность работы албанских органов ГБ. В число подозреваемых были включены 23 человека из числа интеллигенции. Все они, несмотря на невиновность, в ходе этой пародии на судебный процесс были приговорены к смертной казни.
Главной фигурой в стране был Энвер Ходжа, по легенде, главнокомандующий времен партизанской войны. В 1948 году принцип коллегиального управления в партии окончательно уступил место диктату личности. Концепция реальной фракционной борьбы, которая охотно используется албанской историографией, представляется преувеличением. Причиной всех чисток среди представителей государственного и партийного аппарата (при жизни Ходжи больше десяти) были как действительные, так и мнимые проявления неповиновения единовластному правителю. Даже робкая критика руководства или чрезмерная популярность в партии могли поставить крест на политической карьере. Причиной чисток были также изменения внешнеполитического курса. Разрывы с Югославией в 1948 году, с Советским Союзом в 1961 году, с КНР в 1978 году ставили вчерашних союзников в положение врагов, и последствия очередных резких поворотов переносились на тех, кто ассоциировался с отвергнутыми союзниками.